Administrator's Manual

1. RemoteClientのインストール
   
   
   1. 前提条件
   2. Windows端末へのインストール (KRPのデフォルト設定を利用)
   3. Unix端末へのインストール (KRPデータセンタのUnixクラスタへのインストール)
   4. Windows端末へのインストール (詳細)
   5. Unix端末へのインストール (詳細)
   
   
2. コンパイル端末の設定
   
   
   1. 役割
   2. cvs pserverの許可
   3. ssh agentの設定
   4. build.xmlの編集
   5. scpの設定

前提条件

1. JavaSpaceワーカ設定(モジュールのインストールやプロパティファイルの設定)が終了していることを前提とします。

Windows端末へのインストール (KRPのデフォルト設定を利用)

1. 下記デフォルト設定でインストールする方法を記します。
   
   

   RemoteClientのインストールディレクトリ	C:\lib\RemoteClient
   simBioのインストールディレクトリ	C:\lib\simBio
   simBio実行時のベースディレクトリ (log4jで作成される.logファイルはこのディレクトリをベースとする)	C:\lib\simBio
   simBioのコンパイル済みモジュールが保存されているディレクトリ (RemoteGUIのupdateコマンド実行時、ここからコピーする)	\\fs\public\worker

   
   
2. Eclipse等を使ってcvsサーバ(krpsvr:/pub/cvsroot)からRemoeteClientをチェックアウトまたは更新します。
   
   
3. RemoteClientプロジェクト直下のbuild.xmlを右クリックし、[Run]->[1 Ant Build]を実行します。
   BUILD SUCCESSFULと表示されればインストール成功です。
   
   
4. simbioのインストールディレクトリ(C:\lib\simBio)をエクスプローラ等で開くと、binディレクトリがあります。
   その中のcommandServer.batをダブルクリックしてください。
   
   DOSプロンプトが表示され、"CommandServer start"と表示されれば起動成功です。
   
   
   
   
5. 他の端末からRemoteGuiを動かし、テストしてください。
   
   
6. 終了する場合は、[Ctrl]+[C]を押します。
   
   

Unix端末へのインストール (KRPデータセンタのUnixクラスタへのインストール)

1. 下記設定でインストールする方法を記します。
   
   

   RemoteClientのインストールディレクトリ	/data/RemoteClient
   simBioのインストールディレクトリ	/opt/simBio
   simBio実行時のベースディレクトリ (log4jで作成される.logファイルはこのディレクトリをベースとする)	/opt/simBio
   simBioのコンパイル済みモジュールが保存されているディレクトリ (RemoteGUIのupdateコマンド実行時、ここからコピーする)	/data/simbio
   cvsワークスペース	/data/simbio/cvswork

   
   
2. java、cvs、antが使えることを確認してください。
   
   
3. TeraTerm等でログインします。
   
   
4. 管理ユーザ"jsadmin"になります。
   

   $ su jsadmin
   password:********
   

5. cvsのワークスペース(/data/simbio/cvswork)に移動し、cvsサーバ(krpsvr:/pub/cvsroot)からRemoteClientをチェックアウトします。
   
   "oka"は各自のアカウントに置き換えて実行してください。
   

   $ cd /data/simbio/cvswork
   $ export CVS_RSH=ssh
   $ cvs -d:ext:oka@krpsvr.off.biosim.med.kyoto-u.ac.jp:/pub/cvsroot checkout RemoteClient
   password:********
   

6. RemoteClientのbuild.xmlを開き、tools.homeとsimBio.homeプロパティの"for Unix"の設定を有効にします。
   "for Windows"の設定はコメントアウトし無効にします。
   

   $ cd /data/simbio/cvswork/RemoteClient
   $ vi build.xml
   <property name="tools.home"
     value="\data\RemoteClient"
     description="for Unix" />
   <property name="simBio.home"
     value="\data\simbio"
     description="for Unix" />
   

7. antを使ってビルドします。
   

   $ ant -f build.xml
   

8. シェルスクリプトのパーミッションを変更し、実行権限を与えます。
   

   $ cd /data/simbio/bin
   $ chmod 750 *.sh

9. ベースディレクトリ(/opt/simBio)にbinディレクトリを作り、/data/simbio/binのスクリプトに対しシンボリックリンクを作ります。
   

   $ cd /opt/simBio
   $ mkdir bin
   $ cd bin
   $ ln -s /data/simbio/bin/commandServer.sh commandServer.sh		
   $ ln -s /data/simbio/bin/cvsUpdate.sh cvsUpdate.sh		
   $ ln -s /data/simbio/bin/check.sh check.sh		
   $ ln -s /data/simbio/bin/deploy.sh deploy.sh		
   

10. シェルを実行します。
    "CommandServer start"と表示されれば起動成功です。
    

    $ cd /opt/simBio/bin
    $ ./commandServer.sh
    2006/05/08 18:20:31 CommandServer start.

11. 他の端末からRemoteGuiを動かし、テストしてください。
    
    
12. 終了する場合は、[Ctrl]+[C]を押します。
    
    
13. バックグラウンドで実行する場合は、下記のように&をつけて実行してください。
    

    $ cd /opt/simBio
    $ ./commandServer.sh &

    この場合、終了するには、psコマンドでプロセスIDを調べ、killコマンドで終了させます。
    

    $ ps ux
    USER       PID %CPU %MEM   VSZ  RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND
    jsadmin   6785  0.0  0.0  6080  980 pts/2    S    20:00   0:00 /bin/sh ./commandServer.sh
    jsadmin   6786  9.7  0.5 219560 14748 pts/2  Sl   20:00   0:00 java -cp /data/RemoteClient
    $ kill -9 6786

    
    

Windows端末へのインストール (詳細)

1. Eclipse等を使ってcvsサーバ(krpsvr:/pub/cvsroot)からRemoeteClientを更新します。
   
   
2. RemoteClientプロジェクト直下のbuild.xmlをAntエディタで開きます。
   
   
3. tools.homeとsimBio.homeのディレクトリパスを端末にあわせて編集します。
   tools.homeはRemoteClientのプログラム本体がインストールされるディレクトリです。
   simBio.homeはJavaSpaceのモジュールなどがインストールされているディレクトリです。
   

   <property name="tools.home"
     value="c:\lib\RemoteClient"
     description="for Windows" />
   <property name="simBio.home"
     value="c:\lib\simBio"
     description="for Windows" />
   

4. src/main/resourcesのSystem.propertiesを開きます。
   keyStore.winとpath.script.winを端末にあわせて編集します。
   
   keyStore.winはSSL通信に用いる暗号鍵・証明書ファイルのパスを指します。
   ファイル自体はsrc/main/resources/org/simBio/tools/remoteにあり、build.xmlの${conf.dir}で定義されるディレクトリに コピーされます。
   
   path.script.winはstartWorker.bat等のバッチファイルがあるディレクトリを指します。
   build.xmlの${simBio.home}/binで定義されるディレクトリです。
   RemoteClientプロジェクトのsrc/main/resources/org/simBio/tools/remote内にある*.batやbuild.xmlもこのディレクトリにコピーされます。
   
   

   [for Windows settings]
   keyStore.win=C:\\lib\\RemoteClient\\conf\\serverKeys
   path.script.win=c:\\lib\\simbio\\bin\\
   

5. src/main/resources/org/simBio/tools/remote/commandServer.batを開きます。
   
   TOOLS_HOMEをRemoteClientのインストールディレクトリに変更します。
   build.xmlの"tools.home"と同じです。
   

   SET TOOLS_HOME=C:\lib\RemoteClient
   

6. src/main/resources/org/simBio/tools/remote/check.batを開きます。
   
   STATUS_FILEPATHをcalclulation.logファイルが作成されるディレクトリに変更します。
   通常startWorker.bat実行時のベースディレクトリです。
   (startWorker.bat内でcdしている場合は、そのディレクトリを指し、cdしていない場合はbatファイルがあるディレクトリ)
   

   SET STATUS_FILEPATH=C:\lib\simBio
   

7. src/main/resources/org/simBio/tools/remote/deploy.batを開きます。
   
   SIMBIO_HOMEをsimBioのインストールディレクトリに変更します。
   build.xmlの"simBio.home"と同じです。
   
   またXCOPYの第一引数(\\FS\PUBLIC\WORKER)をコンパイル済みのsimBioモジュールがあるルートディレクトリに変更します。
   

   SET SIMBIO_HOME=C:\lib\simBio
   ...
   XCOPY \\FS\PUBLIC\WORKER %SIMBIO_HOME% /E /Y
   

8. build.xmlを右クリックし、[Run]->[1 Ant Build]を実行します。
   BUILD SUCCESSFULと表示されればインストール成功です。
   
   
9. src/main/resourcesのSystem.propertiesのsocket.portを通信用ポートとして利用します。
   [スタート]->[コントロールパネル]->[Windows ファイアウォール]を開き、上記ポートを許可してください。
   
   
10. simbioのインストールディレクトリ(C:\lib\simBio)をエクスプローラ等で開くと、binディレクトリがあります。
    その中のcommandServer.batをダブルクリックしてください。
    
    DOSプロンプトが表示され、"CommandServer start"と表示されれば起動成功です。
    
    
    
    
11. 他の端末からRemoteGuiを動かし、テストしてください。
    
    
12. 終了する場合は、[Ctrl]+[C]を押します。
    
    

Unix端末へのインストール (詳細)

1. java、cvs、antが使えることを前提とします。
   
   
2. TeraTerm等でログインします。
   
   
3. cvsのワークスペースに移動し、cvsサーバ(krpsvr:/pub/cvsroot)からRemoteClientをチェックアウトします。
   
   下は、/data/simbio/cvsworkをcvsワークスペースとした例です。
   

   $ cd /data/simbio/cvswork
   $ export CVS_RSH=ssh
   $ cvs -d:ext:oka@krpsvr.off.biosim.med.kyoto-u.ac.jp:/pub/cvsroot checkout RemoteClient
   password:********
   

4. RemoteClientのbuild.xmlを開きます。
   
   tools.homeとsimBio.homeのディレクトリパスを端末にあわせて編集します。
   tools.homeはRemoteClientのプログラム本体がインストールされるディレクトリです。
   simBio.homeはJavaSpaceのモジュールなどがインストールされているディレクトリです。
   

   $ cd /data/simbio/cvswork/RemoteClient
   $ vi build.xml
   <property name="tools.home"
     value="\data\RemoteClient"
     description="for Unix" />
   <property name="simBio.home"
     value="\data\simbio"
     description="for Unix" />
   

5. src/main/resourcesのSystem.propertiesを開きます。
   keyStore.linuxとpath.script.linuxを端末にあわせて編集します。
   
   keyStore.winはSSL通信に用いる暗号鍵・証明書ファイルのパスを指します。
   ファイル自体はsrc/main/resources/org/simBio/tools/remoteにあり、build.xmlの${conf.dir}で定義されるディレクトリに コピーされます。
   
   path.script.linuxはstartWorker.sh等のバッチファイルがあるディレクトリを指します。
   build.xmlの${simBio.home}/binで定義されるディレクトリです。
   

   $ cd /data/simbio/cvswork/RemoteClient/src/main/resources
   $ vi System.properties
   [for Linux settings]
   keyStore.linux=/data/simbio/conf/serverKeys
   path.script.linux=/data/simbio/bin/

6. src/main/resources/org/simBio/tools/remote/commandServer.shを開きます。
   TOOLS_HOMEをRemoteClientのインストールディレクトリに変更します。
   WORK_DIRはRemoteClientのカレントディレクトリです。
   

   $ vi /data/simbio/cvswork/RemoteClient/src/main/resources/org/simBio/tools/remote/commandServer.sh
   TOOLS_HOME=/data/RemoteClient
   ...
   WORK_DIR=/data/simbio
   

7. src/main/resources/org/simBio/tools/remote/check.shを開きます。
   STATUS_FILEPATHをcalculation.logが生成されるディレクトリに変更します。
   org.simBio.sim.js.Workerの実行時カレントディレクトリを/opt/simBioとして、 log4j.xmlのファイルパスでディレクトリを指定しない場合、/opt/simBio直下にcalculation.logが生成されます。
   

   $ vi /data/simbio/cvswork/RemoteClient/src/main/resources/org/simBio/tools/remote/check.sh
   STATUS_FILEPATH=/data/simBio
   

8. src/main/resources/org/simBio/tools/remote/deploy.shを開きます。
   SIMBIO_HOMEをsimBioのインストールディレクトリに変更します。
   SERVER_ROOTをコンパイル済みモジュールがあるホストのディレクトリに変更します。
   

   $ vi /data/simbio/cvswork/RemoteClient/src/main/resources/org/simBio/tools/remote/deploy.sh
   SIMBIO_HOME=/data/simBio
   SERVER_ROOT=/pub/simbio
   

9. antを使ってビルドします。
   cvswork/RemoteClientがコンパイルされ、tools.homeにRemoteClientプログラムが、simBio.homeにシェルスクリプトがコピーされます。
   

   $ ant -f build.xml
   

10. シェルスクリプトのパーミッションを変更し、実行権限を与えます。
    

    $ cd /data/simbio/bin
    $ chmod 750 *.sh

11. 通信ポートの設定を行います。
    設定方法はOSマニュアル等を参考にしてください。
    
    
12. シェルを実行します。
    "CommandServer start"と表示されれば起動成功です。
    

    $ cd /data/simbio/bin
    $ ./commandServer.sh
    2006/05/08 18:20:31 CommandServer start.

13. 他の端末からRemoteGuiを動かし、テストしてください。
    
    
14. 終了する場合は、[Ctrl]+[C]を押します。
    
    
15. バックグラウンドで実行する場合は、下記のように&をつけて実行してください。
    

    $ cd /data/simbio/bin
    $ ./commandServer.sh &

    この場合、終了するには、psコマンドでプロセスIDを調べ、killコマンドで終了させます。
    

    $ ps ux
    USER       PID %CPU %MEM   VSZ  RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND
    jsadmin   6785  0.0  0.0  6080  980 pts/2    S    20:00   0:00 /bin/sh ./commandServer.sh
    jsadmin   6786  9.7  0.5 219560 14748 pts/2  Sl   20:00   0:00 java -cp /data/RemoteClient
    $ kill -9 6786