A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z

A

a - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function.Diffusion の変数

A - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction.CrossBridgeForce の変数

force of cross bridge and parallel elastic comp.

a - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.ICaPump の変数

A - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function.KoDependency_IK1 の変数

A - クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.CrossBridge の変数

A - クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp.Model の変数

a - クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics.MultiStateModel の変数

forward rate constant

a2 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexIV の変数

cytochrome a2+ (reduced) concentration

A2RCI - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.PKA の変数

A2RCI concentration (mM)

A2RI - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.PKA の変数

A2RI concentration (mM)

AbstractAppender - org.simBio.sim.analyzer.csv.result の クラス

append the parameters to CSV file at the end of calculation.

AbstractAppender() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.result.AbstractAppender のコンストラクタ

AbstractGraph - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

Graphのフレームワークを提供する. 本クラスでは、画面の再描画機能などは提供せずに、継承したGraph系クラスを シンプルに実装できるようにフレームワークを構成する。

AbstractGraph() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph のコンストラクタ

AbstractMeasure - org.simBio.sim.analyzer.measure の クラス

Measuring.

AbstractMeasure() - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AbstractMeasure のコンストラクタ

AbstractPlot - org.simBio.sim.analyzer.graph.plot の クラス

グラフ、描画対象（画面／プリンタ）毎の描画処理を行うための基底クラス.

AbstractPlot(AbstractGraph) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のコンストラクタ

AbstractPlot - org.simBio.sim.ps.view の クラス

jFreeChartのグラフで表示する。

AbstractPlot(String) - クラス org.simBio.sim.ps.view.AbstractPlot のコンストラクタ

AC - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.CAMP の変数

Adenylate cyclase concentration (mM)

aCa - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function.Electroneutrality の変数

amount of intracellular Ca²⁺ [pEq]

accept(Visitor) - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

use visitor pattern
visitorを受け容れ、訪問する。

accept(Visitor) - クラス org.simBio.core.Composite のメソッド

use visitor pattern
Visitorを受け容れ、訪問する。

ACh - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.IKACh の変数

ACh - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IKACh の変数

Acidity - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function の クラス

calculation of pH (acidity) of the optional solution.

Acidity() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.Acidity のコンストラクタ

aCl - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function.Electroneutrality の変数

amount of intracellular Cl^- [pEq]

Acoef - クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.GapJunction の変数

coefficient of rate constant alpha (ms-1)

activation - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.Ist の変数

gate variable

activation - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.ICaT の変数

open probability of activation gate

activation - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.Ist の変数

gate variable

activation - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.ICaT の変数

open probability of activation gate

activation - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.Ist の変数

ActivityFactor - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.Acidity の変数

ACtot - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.CAMP の変数

total adenylate cyclase concentration (mM)

add(Object) - クラス org.simBio.core.ReactorList のメソッド

IResetBeforeCalcをimplimentsしているクラスはリセットする必要があるReactorとして登録する。

add(Component, int) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJToolBar のメソッド

add(Component) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJToolBar のメソッド

addCalculationObserver(CalculationObserver) - クラス org.simBio.core.Conductor のメソッド

計算を開始・終了した時に、通知が行われる監視オブジェクトを追加します。

addCellEditorListener(CellEditorListener) - クラス org.simBio.sim.gui.CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer のメソッド

addDoubles(double[]) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

double 配列を書き出す.

addDydt(double) - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

always throws UnsupportedOperationException, need to implement 'Node'

addDydt(double) - クラス org.simBio.core.integrator.Concentration のメソッド

addDydt(double) - クラス org.simBio.core.integrator.Euler のメソッド

addDydt(double) - クラス org.simBio.core.integrator.RungeKutta のメソッド

addDydt(double) - インタフェース org.simBio.core.Node のメソッド

add parameter to the dydt
実数を受け取りdydtに足し合わせておく。

addEval(String, double) - インタフェース org.simBio.sim.ps.IReciever のメソッド

Add evaluation name and value.

addKey(String, double) - インタフェース org.simBio.sim.ps.IReciever のメソッド

Add changing parameter's name and value.

addLongs(long[]) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

long 配列を書き出す.

addParamSpaceObservers(IParamSpaceObserver) - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

addValue(double) - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

always throws UnsupportedOperationException, need to implement 'Node'

addValue(double) - クラス org.simBio.core.integrator.Concentration のメソッド

addValue(double) - クラス org.simBio.core.integrator.Euler のメソッド

log warn, this Method should not be used.

addValue(double) - クラス org.simBio.core.integrator.RungeKutta のメソッド

log warn, this Method should not be used.

addValue(double) - インタフェース org.simBio.core.Node のメソッド

add value to the current value
実数を受け取り現在値に足し合わせる。

addValue(double) - クラス org.simBio.core.Parameter のメソッド

add value to the current value
実数を受け取り現在値に足し合わせる。

addValue(double, double[]) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues のメソッド

現在時刻の計算結果を追加する.

AdenosineTotal - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationAMP の変数

adjustDt() - クラス org.simBio.core.VariableList のメソッド

restrict maximum dy/Y and adjust time step
全てのVariableの最大のdy/yが閾値に合うように、time stepを決定する。

adjustDyOverY - クラス org.simBio.core.Conductor の変数

for variable time step, empirical method

ADP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction.Troponinmit の変数

ADP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.ICaPump の変数

ADP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.INaK の変数

ADP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.IPMCA の変数

ADP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.PLB の変数

ADP concentration (mM)

ADP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.current.carrier.ICaPump の変数

ADP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.current.carrier.INaK の変数

ADP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer.Ca.TroponinNL_RK の変数

ADP - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.carrier.IPMCA の変数

intracellular ADP concentration (mM)

ADPfcell - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

Mg free ADP concentration in cytosol (mM)

ADPfmito - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

Mg free ADP concentration in mitohocndria (mM)

ADPfree - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.AK の変数

free ADP concentration in cytosol

ADPmg - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.AK の変数

Mg binding ADP concentration in cytosol

ADPtcell - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationAMP の変数

ADPtcell - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationPi の変数

total ADP concentration in cytosol

ADPtcell - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

total ADP concentration in cytosol (mM)

ADPtmit - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationPi の変数

total ADP concentration in mitochondria

ADPtmito - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ATPsynthase の変数

total ADP concentration in mitochondrial matrix

ADPtotal - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function.ConcentrationAMP の変数

ADPtotal - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.AK の変数

total ADP concentration in cytosol

ADPtotal - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.CK の変数

total ADP concentration in cytosol

AK - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme の クラス

Adenylate Kinase (AK) System vAK = kf*[ADP]free_cell*[ADP]mg_cell - kb*[ATP]mg_cell*[AMP]cell

AK() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.AK のコンストラクタ

aK - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function.Electroneutrality の変数

amount of intracellular K⁺ [pEq]

aLA - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function.Electroneutrality の変数

amount of intracellular LA [pEq]

ALaCarte - org.simBio.sim.analyzer.csv の クラス

Writes a numerical value of selected nodes to csv file.

ALaCarte() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.ALaCarte のコンストラクタ

ALaCarte - org.simBio.sim.analyzer.csv.result の クラス

writes only chosen parameters, variables and nodes to csv file One has to write targets of desirable parameters in the xml file
特定のパラメータをCsvに書き込むクラス。

ALaCarte() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.result.ALaCarte のコンストラクタ

alfa - クラス org.simBio.bio.function.Analytic2state の変数

alfa - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IK1 の変数

rate constant

alfa - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.INaCa の変数

alfa - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.IK1 の変数

rate constant

alfa1 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL の変数

alfa2 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL の変数

alfa3 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL の変数

alfa4 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL の変数

alfa5 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL の変数

This value is 9000 in Negroni and Lascano, 1996.

alpha - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.molecule.CaBuffer_RK の変数

association constant (/ms)

alpha - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.ODE の変数

association constant (/ms)

alpha - クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics.TwoStateModel の変数

forward rate constant

AMP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationPi の変数

AMP concentration in cytosol

AMP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.AK の変数

AMP concentration in cytosol

Amp - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ATPsynthase の変数

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

Amp - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexI の変数

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

Amp - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexIII の変数

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

Amp - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexIV の変数

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

Amp - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.SubstrateDehydrogenation の変数

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

Amp - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

Amp - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.PhosphateCarrier の変数

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

Amp - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ProtonLeak の変数

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

amplitude - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.IK1 の変数

amplitude - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function.Stimulus の変数

amplitude - クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.I_stim の変数

amplitude of the stimulus current (microA_per_cm2)

amplitude - クラス org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

amplitude factor (A/F)

amplitude - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function.KoDependency_IK1 の変数

amplitude factor

amplitude - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

amplitude factor (A/F)

amplitude - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette.CurrentClamp の変数

amplitude of the stimulus current.

amplitude - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.KoDependency の変数

amplitude factor

amplitude - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.Ist の変数

amplitude factor

amplitude - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf.ICaL の変数

amplitude factor

amplitude - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.INaCa の変数

amplitude factor [A/F]

amplitude - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.INaCa の変数

amplitude - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.INaK の変数

amplitude - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.pipette.CurrentClamp の変数

amplitude of the stimulus current.

amplitude - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.KoDependency の変数

amplitude factor

amplitude - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.KoDependency2 の変数

amplitude

Amplitude - org.simBio.sim.analyzer.measure の クラス

get the difference between the maximum and minimum value of the target.

Amplitude() - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Amplitude のコンストラクタ

amplitude0 - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.INaK の変数

control amplitude

amplitude0 - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.IPMCA の変数

amplitudecAMPf - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.Iha の変数

to modulate cAMP effect

AmplitudeInCycle - org.simBio.sim.analyzer.measure の クラス

get the difference between the maximum and minimum value of the target in a cycle.

AmplitudeInCycle() - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AmplitudeInCycle のコンストラクタ

AmplitudeNaK - org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function の クラス

Calculate volume-dependency of INaK amplitude.

AmplitudeNaK() - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.AmplitudeNaK のコンストラクタ

amplitudeNaK - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.AmplitudeNaK の変数

factor to define the maximum INaK [pA msec/pF]

amplitudePKAf - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.ICaL の変数

to modulate PKA effect

amplitudePKAf - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.IKs の変数

to modulate PKA effect

amplitudePKAf - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.Ist の変数

to modulate PKA effect

amplitudePKAf - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.ICaPump の変数

to modulate PKA effect

amplitudePKAf - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.INaK の変数

to modulate PKA effect

amplitudePKAf - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.IPMCA の変数

to modulate PKA effect

aNa - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function.Electroneutrality の変数

amount of intracellular Na⁺ [pEq]

Analytic - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca の クラス

instantaneous Ca buffer, using analytic equation as for Zeng et al, 1995 J.

Analytic() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.Analytic のコンストラクタ

Analytic2state - org.simBio.bio.function の クラス

2 state gateの解析解を求めて現在の解に設定する。

Analytic2state() - クラス org.simBio.bio.function.Analytic2state のコンストラクタ

Analytic_RK - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca の クラス

instantaneous Ca buffer using analytic equation as for Zeng et al, 1995.

Analytic_RK() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.Analytic_RK のコンストラクタ

analyze(double) - クラス org.simBio.core.Analyzer のメソッド

Please implements this Method to manipulate Nodes.

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.CsvMaker のメソッド

Call MakeValueLine() to write current value.

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.result.ALaCarte のメソッド

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph のメソッド

デフォルトの analyze処理

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

Do nothing

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.AxisX のメソッド

reset scaling factor if elapsed time is over the range.

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.AxisXFix のメソッド

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.AxisY のメソッド

do nothing

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Graph のメソッド

plot targets.

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Graph4State のメソッド

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph のメソッド

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph_KA のメソッド

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RelationGraph のメソッド

plot targets.

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.StepChart のメソッド

plot targets.

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

do nothing

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

再描画が必要な場合のみ、再描画処理を行う.

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AbstractMeasure のメソッド

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APD のメソッド

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Vmax のメソッド

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.StopWatch のメソッド

analyze(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.VisualizeAnalyzer のメソッド

Analyzer - org.simBio.core の クラス

Please inherit this Class to manipulate every Node.

Analyzer() - クラス org.simBio.core.Analyzer のコンストラクタ

analyzeSub(double, double[], IPlot) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph のメソッド

サブクラスに記述するための analyze処理

analyzeSub(double, double[], IPlot) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.BasicGraph のメソッド

Plot targets.

analyzeSub(double, double[], IPlot) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Graph のメソッド

Plots targets.

analyzeSub(double, double[], IPlot) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.RelationGraph のメソッド

Plot targets.

Anoxia - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp の クラス

Anoxia condition on ventricular cell model was occured to regulate the oxygen concentration.

Anoxia() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp.Anoxia のコンストラクタ

ANT - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter の クラス

ADP/ATP carrier, ADP/ATP translocase, SLC25A4.

ANT() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT のコンストラクタ

APA - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APD の変数

APA - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APDforSA2 の変数

活動電位の大きさ (mV)

APD - org.simBio.sim.analyzer.measure の クラス

Measuring Action Potential Duration.

APD() - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APD のコンストラクタ

APDforSA - org.simBio.sim.analyzer.measure の クラス

ペースメーカモデルの活動電位持続時間を計測する。

APDforSA() - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APDforSA のコンストラクタ

APDforSA2 - org.simBio.sim.analyzer.measure の クラス

ペースメーカモデルの活動電位持続時間を計測する。

APDforSA2() - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APDforSA2 のコンストラクタ

ARCI - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.PKA の変数

ARCI concentration (mM)

arel - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.Release の変数

ATP - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.ICaL の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction.Troponin の変数

ATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.ICaPump の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.INaK の変数

concentration of ATP[mM]

ATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.IPMCA の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.ICaL の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.ICFTR の変数

concentration of intracellular ATP [mM]

ATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.CAMP の変数

ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.PLB の変数

ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex.ATPsynthesis の変数

ATP concentration ([ATP]).

ATP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.ICaPump の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.INaK の変数

concentration of ATP[mM]

ATP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.ICaL の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL の変数

ATP - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.carrier.IPMCA の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf.ICaL の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.ICaL の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.ICaL の変数

intracellular ATP concentration (mM)

ATP - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.ICFTR の変数

concentration of intracellular ATP [mM]

ATPconsumingRate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.ICaPump の変数

consuming rate of ATP; (mM/min)

ATPconsumingRate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.INaK の変数

rate of ATP consumption

ATPconsumingRate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL の変数

ATPconsumption - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.ICaPump の変数

ATP consumed at the time t (mM)

ATPconsumption - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.INaK の変数

ATP consumption[mM]

ATPconsumption - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL の変数

ATPfcell - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

Mg free ATP concentration in cytosol (mM)

ATPfmito - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

Mg free ATP concentration in mitohocndria (mM)

ATPi - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IKATP の変数

concentration of intracellular ATP[mM]

ATPi - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.IKATP の変数

concentration of intracellular ATP[mM]

ATPmg - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.AK の変数

Mg binding ATP concentration in cytosol

ATPonNCXvsPMCA - org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.figure の クラス

Make Figure 4 in Sarai et al. 2006 Visualize dATP.

ATPonNCXvsPMCA() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.figure.ATPonNCXvsPMCA のコンストラクタ

ATPsynthase - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain の クラス

Mitochondrial F1/F0 ATP Synthase.

ATPsynthase() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ATPsynthase のコンストラクタ

ATPsynthesis - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex の クラス

The lumped model of ATP synthesis.

ATPsynthesis() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex.ATPsynthesis のコンストラクタ

ATPtcell - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationAMP の変数

ATPtcell - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationPi の変数

total ATP concentration in cytosol

ATPtcell - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

total ATP concentration in cytosol (mM)

ATPtmit - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationPi の変数

total ATP concentration in mitochondria

ATPtmito - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ATPsynthase の変数

total ATP concentration in mitochondrial matrix

ATPtmito - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

total ATP concentration in mitohocndria (mM)

ATPtotal - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function.ConcentrationAMP の変数

ATPtotal - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.AK の変数

total ATP concentration in cytosol

ATPtotal - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.CK の変数

total ATP concentration in cytosol

attributeDecl(String, String, String, String, String) - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Logs attribute details of elements when debugging.

AttributeString - org.simBio.sim.analyzer.graph.plot の クラス

描画用にテキスト,フォント,色を組にして管理するクラス

AttributeString() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AttributeString のコンストラクタ

Average - org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function の クラス

Average() - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function.Average のコンストラクタ

Axis - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

座標軸の基底クラス.

Axis() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のコンストラクタ

Axis - org.simBio.sim.analyzer.graph.simple の クラス

Axis() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Axis のコンストラクタ

axisX - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph の変数

座標軸オブジェクト(横方向)

AxisX - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

X座標軸クラス

AxisX() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のコンストラクタ

AxisX - org.simBio.sim.analyzer.graph.simple の クラス

x axis

AxisX() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.AxisX のコンストラクタ

axisX - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Graph の変数

horizontal axis

AxisXFix - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

x axis (do not scroll) for RelationGraph.

AxisXFix() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisXFix のコンストラクタ

AxisXFix - org.simBio.sim.analyzer.graph.simple の クラス

AxisXFix() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.AxisXFix のコンストラクタ

axisXFix - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RelationGraph の変数

axisXFix - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RelationGraph_LP の変数

AxisXLog - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

x axis by log scale.

AxisXLog() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisXLog のコンストラクタ

axisY - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph の変数

座標軸オブジェクト(縦方向)

AxisY - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

Y座標軸クラス

AxisY() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のコンストラクタ

AxisY - org.simBio.sim.analyzer.graph.simple の クラス

y axis

AxisY() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.AxisY のコンストラクタ

axisY - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Graph の変数

vertical axis

axisY - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RelationGraph の変数

axisY - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RelationGraph_LP の変数

AxisYLog - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

y axis by log scale.

AxisYLog() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisYLog のコンストラクタ