A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z

O

O1 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.Iha の変数

O2 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexIV の変数

oxygen concentration

O2 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.Iha の変数

O3 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.Iha の変数

observedCurrent - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette.VoltageClamp の変数

current through the cell membrane

observedCurrent - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.VoltageClamp の変数

total current through the cell membrane (pA)

ODE - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca の クラス

Ca buffer, using ordinary differential equation (ODE).

ODE() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.ODE のコンストラクタ

ODE - org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState の クラス

Created on 2003/10/30

ODE() - クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState.ODE のコンストラクタ

offset - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function.Stimulus の変数

offset - クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.I_stim の変数

stimulus onset (milliS)

offset - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette.Pipette の変数

offset (msec) of the test pulse

offset - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp.Anoxia の変数

offset - クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.VoltageClamp の変数

offset - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.pipette.Pipette の変数

offset (msec) of the test pulse

offset - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.StepChanger の変数

offset - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.StepChanger2 の変数

offset - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.CsvMaker の変数

offset - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AbstractMeasure の変数

offsetTime - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.TonicityChange の変数

OneTimeListExchanger - org.simBio.sim.dm.exchange の クラス

毎回子ExchangerもExchangeさせるListExchangerクラス。

OneTimeListExchanger(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.OneTimeListExchanger のコンストラクタ

OnScreen - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

Graph window on screen

OnScreen(IViewer, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.OnScreen のコンストラクタ

コンストラクタ

onset - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function.Stimulus の変数

onset - クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.I_stim の変数

stimulus onset (milliS)

onset - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette.Pipette の変数

onset (msec) of the test pulse

onset - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp.Anoxia の変数

onset - クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp.LChange の変数

start time for shortning

onset - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.VoltageClamp の変数

onset (msec) of the clump

onset - クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.VoltageClamp の変数

onset - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.pipette.Pipette の変数

onset (msec) of the test pulse

onset - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.StepChanger の変数

onset - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.StepChanger2 の変数

onset - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.CsvMaker の変数

onset - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AbstractMeasure の変数

onset - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APD の変数

onset - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Vmax の変数

onsetTime - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.TonicityChange の変数

open - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.IRyR の変数

open state probability

open - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel.IRyR の変数

open state probability

open - クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics.MultiStateModel の変数

open state probability

open - クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics.TwoStateModel の変数

open state probability

open - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.IRyR の変数

open state probability

open(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

ファイル名を指定してオープンする

openDialogBox() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

ファイルを開くための、ダイアログボックスを開く

openDlg() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

ダイアログを開き、ファイル名を指定してオープンする

openState1 - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.Iha の変数

openState1 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.Iha の変数

openState2 - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.Iha の変数

openState2 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.Iha の変数

optimumHSL - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.enzyme.CrossBridgeNL の変数

org.simBio - パッケージ org.simBio

simBio: biological DYNAMIC simulation platform.

org.simBio.bio - パッケージ org.simBio.bio

for the biologists.

org.simBio.bio.cor - パッケージ org.simBio.bio.cor

org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current - パッケージ org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current

org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function - パッケージ org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function

org.simBio.bio.faber_rudy_2000.molecule - パッケージ org.simBio.bio.faber_rudy_2000.molecule

org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure - パッケージ org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure

org.simBio.bio.function - パッケージ org.simBio.bio.function

org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001 - パッケージ org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001

org.simBio.bio.himeno_et_al_2008 - パッケージ org.simBio.bio.himeno_et_al_2008

org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952 - パッケージ org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952

Modifyed Hodgkin Huxley Squid Axon Model 1952 Explanation from CellML is as;
This is Hodgkin and Huxley's inspirational work on a mathematical description of currents through the membrane of a nerve fibre (axon) in a giant squid, and their application to the modelling of excitation in the nerve.

org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex - パッケージ org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex

org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current - パッケージ org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current

org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux - パッケージ org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux

org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.molecule - パッケージ org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.molecule

org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier - パッケージ org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction - パッケージ org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current - パッケージ org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier - パッケージ org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf - パッケージ org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function - パッケージ org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule - パッケージ org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003 - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003

The cardiac cell model proposed by Matsuoka et al, 2003.

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function

The common functions among models

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.enzyme - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.enzyme

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.current.carrier - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.current.carrier

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.chemical - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.chemical

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer.Ca - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer.Ca

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter - パッケージ org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter

org.simBio.bio.negroni_lascano_1996 - パッケージ org.simBio.bio.negroni_lascano_1996

The contraction model proposed by Negroni and Lascano, 1996.

org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp - パッケージ org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp

org.simBio.bio.noble_et_al_1998 - パッケージ org.simBio.bio.noble_et_al_1998

org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function - パッケージ org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function

org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics - パッケージ org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics

org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure - パッケージ org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure

org.simBio.bio.sarai_et_al_2003 - パッケージ org.simBio.bio.sarai_et_al_2003

org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.figure - パッケージ org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.figure

org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.carrier - パッケージ org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.carrier

org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf - パッケージ org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf

org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.figure - パッケージ org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.figure

org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function - パッケージ org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function

org.simBio.bio.sarai_noma_2004 - パッケージ org.simBio.bio.sarai_noma_2004

Single Na channel model, Sarai and Noma, 2004.

org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState - パッケージ org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState

org.simBio.bio.sarai_noma_2004.structure - パッケージ org.simBio.bio.sarai_noma_2004.structure

org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current - パッケージ org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current

org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function - パッケージ org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.complex - パッケージ org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.complex

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current - パッケージ org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier - パッケージ org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.pipette - パッケージ org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.pipette

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux - パッケージ org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function - パッケージ org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.complex - パッケージ org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.complex

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current - パッケージ org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current

Classes for membrane currents.

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.carrier - パッケージ org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.carrier

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf - パッケージ org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.channel - パッケージ org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.channel

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium - パッケージ org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment - パッケージ org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment

Classes for experimental manipulation.

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function - パッケージ org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function

The common functions among models

org.simBio.core - パッケージ org.simBio.core

The basal Classes of the simBio
simBioの基盤クラス群。

org.simBio.core.integrator - パッケージ org.simBio.core.integrator

org.simBio.serialize - パッケージ org.simBio.serialize

serializer
直列化と復元

org.simBio.serialize.xml - パッケージ org.simBio.serialize.xml

XML serializer

org.simBio.sim.analyzer - パッケージ org.simBio.sim.analyzer

analyzers which inherit core.Analyzer,
core.Analyserを継承するクラス群

org.simBio.sim.analyzer.csv - パッケージ org.simBio.sim.analyzer.csv

CSV maker
計算結果をCSV形式で書き出します。

org.simBio.sim.analyzer.csv.result - パッケージ org.simBio.sim.analyzer.csv.result

org.simBio.sim.analyzer.graph - パッケージ org.simBio.sim.analyzer.graph

org.simBio.sim.analyzer.graph.plot - パッケージ org.simBio.sim.analyzer.graph.plot

org.simBio.sim.analyzer.graph.results - パッケージ org.simBio.sim.analyzer.graph.results

org.simBio.sim.analyzer.graph.simple - パッケージ org.simBio.sim.analyzer.graph.simple

2D Graph maker
計算結果を2次元グラフで表示する。

org.simBio.sim.analyzer.measure - パッケージ org.simBio.sim.analyzer.measure

org.simBio.sim.dm - パッケージ org.simBio.sim.dm

Database Manager
created by Hido.

org.simBio.sim.dm.exchange - パッケージ org.simBio.sim.dm.exchange

org.simBio.sim.dm.util - パッケージ org.simBio.sim.dm.util

org.simBio.sim.gui - パッケージ org.simBio.sim.gui

Graphical user interface

org.simBio.sim.gui.toolKit - パッケージ org.simBio.sim.gui.toolKit

org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu - パッケージ org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu

org.simBio.sim.ps - パッケージ org.simBio.sim.ps

org.simBio.sim.ps.serialize - パッケージ org.simBio.sim.ps.serialize

org.simBio.sim.ps.view - パッケージ org.simBio.sim.ps.view

org.simBio.util - パッケージ org.simBio.util

org.simBio.util.numerical - パッケージ org.simBio.util.numerical

org.simBio.util.numerical.methods - パッケージ org.simBio.util.numerical.methods

org.simBio.util.taglets - パッケージ org.simBio.util.taglets

origin - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis の変数

origin location & Length (0.01mm)

origin - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Axis の変数

other - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MassConservation の変数

other concentration of the same molecular group

other1 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MassConservation2 の変数

other concentration of the same molecular group

other2 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MassConservation2 の変数

other concentration of the same molecular group

Ouabain - org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function の クラス

Calculate ouabain effect on amplitude of INaK.

Ouabain() - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function.Ouabain のコンストラクタ

ouabain - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function.Ouabain の変数

concentration of extracellular ouabain [mM]

out - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.ConstantField の変数

extracellular ion concentration (mM)

out - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.Current の変数

external ion concentration (mM)

out - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.ReversalPotential の変数

extracellular ion concentration (mM)

OverShoot - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APDforSA2 の変数

活動電位のピーク (mV)

OxidativePhosphorylation - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain の クラス

Differential equation for reactions of oxidattive phosphorylation.

OxidativePhosphorylation() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.OxidativePhosphorylation のコンストラクタ

oxygen - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp.Anoxia の変数

Oxygen - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.OxidativePhosphorylation の変数

oxygen concentration