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R
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.
ICaL
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.
IKs
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.
INaCa
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.
INaK
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
ICab
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
IK1
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
IKr
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
IKs
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
INa
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
INab
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
INaCa
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
INaK
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
Ito
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier.
INaCa
の変数
gas constant default value is 8.3143[C*mV/K/mmol]
R
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.
INaK
の変数
gas constant default value is 8.3143[C*mV/K/mmol]
R
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.
INaCa
の変数
gas constant default value is 8.3143[C*mV/K/mmol]
R
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.
INaK
の変数
gas constant default value is 8.3143[C*mV/K/mmol]
R
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
ConstantField
の変数
Gas constant
R
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
ReversalPotential
の変数
Gas constant
R
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.
Zvalue
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp.
Model
の変数
r
- クラス org.simBio.bio.noble_et_al_1998.
Model
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.
INaCa
の変数
gas constant default value is 8.3143[C*mV/K/mmol]
R
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.
INaCa
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.
INaK
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
ICa
の変数
r
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
Ito
の変数
r
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
Ito_endo
の変数
R
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function.
ReversalPotential2
の変数
r1
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction.
Troponin
の変数
r2
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction.
Troponin
の変数
adjusted by 2.5 * r1
radius
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure.
Cell
の変数
ramda
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.
INaK
の変数
relative depth of access channel
ramda
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.
INaK
の変数
relative depth of access channel
Rate
-
org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function
の クラス
Rate.
Rate()
- クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function.
Rate
のコンストラクタ
RateConstant
-
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function
の クラス
function, c1/(c2*exp((x+c3)/c4)+c5*exp((x+c6)/c7))
RateConstant()
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
RateConstant
のコンストラクタ
RateConstantCaGate
-
org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics
の クラス
Calculate the forward and backward rate constans of two-state model by using time constant, pKd and Hill coefficient
RateConstantCaGate()
- クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics.
RateConstantCaGate
のコンストラクタ
RateConstantK
-
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function
の クラス
RateConstantK()
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
RateConstantK
のコンストラクタ
RateConstantVm
-
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function
の クラス
RateConstantVm()
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
RateConstantVm
のコンストラクタ
RateGraph
-
org.simBio.sim.analyzer.graph.simple
の クラス
sample graph for bio.function
RateGraph()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
RateGraph
のコンストラクタ
RateGraph_KA
-
org.simBio.sim.analyzer.graph.simple
の クラス
sample graph for bio.function
RateGraph_KA()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
RateGraph_KA
のコンストラクタ
ratio
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.
INaK
の変数
ratio
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
Volume
の変数
ratio
ratio
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.
PartialPotential
の変数
ratio of partial potential
ratio
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.
VolumeRatio
の変数
volume ratio
Ratio
-
org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function
の クラス
Ratio.
Ratio()
- クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function.
Ratio
のコンストラクタ
ratio
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.
Volume
の変数
ratio
ratio()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.
StopWatch
のメソッド
rbuffermito
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.
ATPsynthase
の変数
buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
rbuffermito
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.
OxidativePhosphorylation
の変数
buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
rbuffermito
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.
ANT
の変数
buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
rbuffermito
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.
PhosphateCarrier
の変数
buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
rbuffermito
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.
ProtonLeak
の変数
buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
RCI
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.
PKA
の変数
RCI concentration (mM)
Rcm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.
ConcentrationPi
の変数
volume ratio between cytosol and mitochondrial matrix
Rcm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.
ATPsynthase
の変数
ratio of cytosol volume and mitochondria volume
Rcm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.
OxidativePhosphorylation
の変数
ratio of cytosol volume and mitochondria volume
Rcm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.
SubstrateDehydrogenation
の変数
ratio of cytosol active volume and mitochondria volume
Rcm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.
ANT
の変数
ratio of cytosol volume and mitochondria volume
Rcm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.
PhosphateCarrier
の変数
ratio of cytosol volume and mitochondria volume
Rcm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.
ProtonLeak
の変数
ratio of cytosol volume and mitochondria volume
Reactor
-
org.simBio.core
の クラス
set of equations.
Reactor()
- クラス org.simBio.core.
Reactor
のコンストラクタ
ReactorList
-
org.simBio.core
の クラス
List of the Reactors
ReactorList()
- クラス org.simBio.core.
ReactorList
のコンストラクタ
reactors
- クラス org.simBio.core.
VariableList
の変数
list of reactors
read()
- インタフェース org.simBio.serialize.
Serializer
のメソッド
deserialize.
read()
- クラス org.simBio.serialize.xml.
XMLSerializer
のメソッド
Deserialize from xml file.
read()
- クラス org.simBio.sim.dm.util.
StringInputStream
のメソッド
readToolBarConfig(Properties, JFrame, String)
- クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.
DnDJToolBar
のメソッド
ツールバーの設定を Properties から復元する。
rebuild()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
GraphReplotBuffer
のメソッド
再描画バッファの再構築を行う. TimeSeriesValues オブジェクトから、Graph.AxisX で表示する時間の計算結果を、 取得し、内部の再描画バッファを再構築する。
rectangleBounds
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.
AbstractPlot
の変数
rectanglePage
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.
AbstractPlot
の変数
rectangleView
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.
AbstractPlot
の変数
rectPrintableArea
- クラス org.simBio.sim.gui.
GUI.JPrintablePanel
の変数
RedoxPotential
-
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function
の クラス
Calculation of the redox potential.
RedoxPotential()
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.
RedoxPotential
のコンストラクタ
RedoxPotentialCyta
-
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function
の クラス
Calculation of the redox potential of cytochrome a Ema = Emc + dP * (2 + 2 * u) / 2
RedoxPotentialCyta()
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.
RedoxPotentialCyta
のコンストラクタ
referenceHeight
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
Viewer
の変数
referenceHeight
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
Viewer
の変数
referenceWidth
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
Viewer
の変数
referenceWidth
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
Viewer
の変数
register(Map)
- クラス org.simBio.util.taglets.
EnOff
の static メソッド
Register this Taglet.
register(Map)
- クラス org.simBio.util.taglets.
EnOn
の static メソッド
Register this Taglet.
register(Map)
- クラス org.simBio.util.taglets.
JaOff
の static メソッド
Register this Taglet.
register(Map)
- クラス org.simBio.util.taglets.
JaOn
の static メソッド
Register this Taglet.
RelationGraph
-
org.simBio.sim.analyzer.graph
の クラス
2D graph of relation between two parameters.
RelationGraph()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
RelationGraph
のコンストラクタ
RelationGraph
-
org.simBio.sim.analyzer.graph.simple
の クラス
2D graph of relation between two parameters
RelationGraph()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
RelationGraph
のコンストラクタ
RelationGraph_LP
-
org.simBio.sim.analyzer.graph.simple
の クラス
2D graph of relation between two parameters for org.simBio.sim.analyzer.measure.LeadPotential.
RelationGraph_LP()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
RelationGraph_LP
のコンストラクタ
relativeP
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
Ito
の変数
relative permeability of sodium to potassium
relativePK
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
ILCCa
の変数
ratio of K+ conductance to Na+ conductance
relativePK
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
Ist
の変数
relativePNa
- クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.
IKs
の変数
the permeability ratio of K
+
and Na
+
relativePNa
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.
IKs
の変数
the permeability ratio of K
+
and Na
+
relativePNa
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.
IKs
の変数
the permeabilities ratio of K+ and Na+
relativePNa
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
Ito
の変数
relative
relativePNa
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.
IKs
の変数
the permeability ratio of K
+
and Na
+
Release
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex.
SR
の変数
Release
-
org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux
の クラス
Release()
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux.
Release
のコンストラクタ
Release
-
org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux
の クラス
The calcium induced calcium release (CICR) current.
Release()
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.
Release
のコンストラクタ
reload()
- クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.
SimpleGUIFrameWork
のメソッド
オープンしているファイルを再読み込みする。
remove(int)
- クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.
DnDJToolBar
のメソッド
ツールバーのボタンを削除する。
remove(Component)
- クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.
DnDJToolBar
のメソッド
ツールバーのボタンを削除する。
removeCalculationObserver(CalculationObserver)
- クラス org.simBio.core.
Conductor
のメソッド
計算を開始・終了した時に、通知が行われる監視オブジェクトを削除します。
removeCellEditorListener(CellEditorListener)
- クラス org.simBio.sim.gui.
CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer
のメソッド
repaint()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
Viewer
のメソッド
repaint()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.
VisualizeAnalyzer
のメソッド
再描画パラメータの取り込みと、再描画を行う.
replotBuffer
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
Graph
の変数
再描画バッファ
rerativePK
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
INa
の変数
ratio of K+ conductance to Na+ conductance
rerativePK
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
INa
の変数
ratio of K+ conductance to Na+ conductance
reset()
- インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
ICanvas
のメソッド
get graphics and clear.
reset()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
Viewer
のメソッド
get graphics and clear.
reset()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.
StopWatch
のメソッド
reset()
- クラス org.simBio.sim.dm.util.
StringInputStream
のメソッド
resetBuffer()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
BasicGraph
のメソッド
resetBuffer()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
Graph
のメソッド
Resets the screen state.
resetBuffer()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.
VisualizeAnalyzer
のメソッド
画面状態をリセットする.
resize(IPlot)
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
AbstractGraph
のメソッド
現在の親ウィンドウの大きさに応じて、Graphサイズを再計算する.
resize(IPlot)
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
BasicGraph
のメソッド
resize(IPlot)
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
Graph
のメソッド
Recalculates the Graph size, based on the size of the parent window.
resolveEntity(String, String, String, String)
- クラス org.simBio.serialize.xml.
LogSax2
のメソッド
Maps references to external entities into input sources.
resolveEntity(String, String)
- クラス org.simBio.serialize.xml.
LogSax2
のメソッド
Calls the EntityResolver2 resolveEntity method.
resting
- クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.
APD
の変数
Result
-
org.simBio.sim.ps
の クラス
一つの結果には、 - パラメータの値 double[] - 評価値 double[] - 時系列データ XYSeriesCollection が含まれる。
Result()
- クラス org.simBio.sim.ps.
Result
のコンストラクタ
ResultGenerator
-
org.simBio
の クラス
Apply different protocols to a model, and change the parameters such as magnitude of the currents.
ResultGenerator()
- クラス org.simBio.
ResultGenerator
のコンストラクタ
reversalPotential
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.
PureKchannel
の変数
reversal potential
reversalPotential
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
RateConstantK
の変数
ReversalPotential
-
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function
の クラス
calculate reversal potential of the specific ion.
ReversalPotential()
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
ReversalPotential
のコンストラクタ
reversalPotential
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.
PureKchannel
の変数
reversal potential
ReversalPotential2
-
org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function
の クラス
calculate reversal potential of the specific Ion.
ReversalPotential2()
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function.
ReversalPotential2
のコンストラクタ
RG
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.
BetaAR_Gs
の変数
receptor-gs_protein complex concentration
rinfi
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
Ito
の変数
rinfi
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
Ito_endo
の変数
rNaCa
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
INaCa
の変数
rtau
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
Ito
の変数
rtau
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
Ito_endo
の変数
run()
- クラス org.simBio.core.
Conductor
のメソッド
main entry of this thread.
Run
-
org.simBio
の クラス
Automatically calculates models.
Run()
- クラス org.simBio.
Run
のコンストラクタ
RungeKutta
-
org.simBio.core.integrator
の クラス
RungeKutta法で計算される変数
the variable calculated by RungeKutta method
RungeKutta()
- クラス org.simBio.core.integrator.
RungeKutta
のコンストラクタ
RungeKuttaList
-
org.simBio.core.integrator
の クラス
Runge-Kutta engine (& dt adjuster)
RungeKuttaList()
- クラス org.simBio.core.integrator.
RungeKuttaList
のコンストラクタ
RunGUI
-
org.simBio
の クラス
Main entry of simBio with GUI.
RunGUI()
- クラス org.simBio.
RunGUI
のコンストラクタ
RyR
-
org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current
の クラス
Calcium release channel on SR Faber GM, Rudy Y.
RyR()
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.
RyR
のコンストラクタ
ryr
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure.
JSR
の変数
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パッケージ
クラス
使用
階層ツリー
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???(C) 2002-2007 ?????????????????????