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S

s - クラス org.simBio.bio.noble_et_al_1998.Model の変数

s - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.Ito の変数

s - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.Ito_endo の変数

save() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

現在のファイル名で保存する

saveAs() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

ダイアログを開いて保存する

saveDialogBox(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

名前を付けてファイルを保存するための、ダイアログボックスを開く

saveProc(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

ファイルの書き込み処理を行う

saveProc() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

saveSelectDialogBox() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

現在のファイルを破棄するか保存するかを選択するダイアログボックスを開く

scale - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Amplitude の変数

scaling factor

scale - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AmplitudeInCycle の変数

scaling factor

scales - クラス org.simBio.sim.ps.view.AbstractPlot の static 変数

scale factor to plot each evaluation

SecantMethod - org.simBio.util.numerical.methods の クラス

This class provides Secant method to solve a nonlinear equation.

SELECTED_CANCEL - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

SELECTED_DISCARD - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

SELECTED_OK - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

SelectedValuesExchanger - org.simBio.sim.dm.exchange の クラス

指定した値を順に設定するExchanger

SelectedValuesExchanger() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.SelectedValuesExchanger のコンストラクタ

Serializer - org.simBio.serialize の インタフェース

serialize and deserialize.

SerializerFactory - org.simBio.serialize の クラス

SerializerFactory.

setAction(Action) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDTransferBean のメソッド

setAreaChanged() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph のメソッド

表示されているデータ範囲が変化したことを知らせる. Graph等、計算データを加工してキャッシュしている場合、表示範囲がスクロールした場合や、 解像度が変わった場合等で、キャッシュを破棄する必要のある場合がある。

setAreaChanged() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Graph のメソッド

Notifies that the displayed area has changed.

setAttributes(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.LogRatioExchanger のメソッド

setChild(Exchanger) - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.Exchanger のメソッド

setClassName(String) - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Sets the className.

setColor(Color) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AttributeString のメソッド

色を設定する.

setContainer(Container) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.IViewer のメソッド

setContainer(Container) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

Sets the container.

setContainer(JPanel) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

setContainer(Container) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

Sets the container.

setData(double, int, double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.GraphReplotBuffer のメソッド

計算結果を、再描画バッファに登録する. Graph の analyze() 内で呼び出す。

setDocumentLocator(Locator) - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

ClassCastException is thrown by IBMJDK142 + Xerces-J causes for Locator2 Sun J2SDK1.4.1 + Xerces-J or Sun J2SE5.0 is OK.

setEncoding(String) - クラス org.simBio.serialize.xml.XMLSerializer のメソッド

Set source encoding.

setEvalLabels(String[]) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

setEvalValues(double[]) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

setFileName(String) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.IViewer のメソッド

setFileName(String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

XMLファイル名を設定する.

setFileName(String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

XMLファイル名を設定する.

setFont(Font) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AttributeString のメソッド

フォントを設定する.

setIconFileName(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDAction のメソッド

アイコンファイル名を設定する

setInitializer(Initializer) - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

set parent, root, level, name and valueString and attend to the parent's Children.

setInitializer(Initializer) - クラス org.simBio.core.integrator.Concentration のメソッド

set initial amount.

setInitializer(Initializer) - クラス org.simBio.core.Parameter のメソッド

setInitialValue(String) - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Sets the initialValue.

setJComponent(JComponent) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDTransferBean のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState.MonteCarlo のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState.NaChannel のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState.ODE のメソッド

set arias for gates

setLinks() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

called after instance tree was constructed, getNode, getLink here,
インスタンスツリー作成後に呼び出される,

setLinks() - クラス org.simBio.core.Conductor のメソッド

call after instance tree has constructed.

setLinks() - クラス org.simBio.core.Link のメソッド

called after instance tree was constructed, getNode, getLink here,
インスタンスツリー作成後に呼び出される, 親に自分と同じ名前のNodeがあったら、自分自身をリンクと見なし、 自分の値（リンク先を表す文字列）を引数に親のgetLinkを呼んでリンクを張ります

setLinks(ReactorList) - クラス org.simBio.core.VariableList のメソッド

set reactor list for calculate dydt

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph のメソッド

Link to the Viewer, AxisX, AxisY and count number of the target, get array.

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

Set link to the Viewer to get scale factor later.

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisXFix のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.BasicGraph のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.RelationGraph のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Axis のメソッド

set link to the Viewer to get scale factor later.

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.AxisX のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Graph のメソッド

link to the Viewer, and count number of the target, get array.

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph_KA のメソッド

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RelationGraph のメソッド

link to the Viewer, and count number of the target, get array.

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

When there are no container, construct OnScreen, and clear.

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

When there are no container, construct OnScreen, and clear.

setLinks() - クラス org.simBio.sim.analyzer.StopWatch のメソッド

setMaxThreads(int) - クラス org.simBio.Run の static メソッド

Sets the maximum number of threads.

setName(String) - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Sets the name.

setNumSeries(int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues のメソッド

系列数をセットする.

setParamLabels(String[]) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

setParamValues(double[]) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

setParent(Composite) - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Sets the parent.

setPrintableRect(Rectangle) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.IViewer のメソッド

setPrintableRect(Rectangle) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

setPrintableRect(Rectangle) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

プリンタ固有の印刷可能領域をセットする. javax.print.attribute.standard.MediaPrintableArea で得られる、プリンタ固有の印刷可能領域の 情報を、印刷前にセットして下さい。

setPrintRect(Rectangle) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.IViewer のメソッド

setPrintRect(Rectangle) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

setPrintRect(Rectangle) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

ダイアログで指定した印刷領域をセットする. java.awt.print.PageFormat で得られる、印刷可能領域(Imageable)の情報を、印刷前にセットして下さい。

setRectanglePage(Rectangle) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のメソッド

setRectanglePage(Rectangle) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot のメソッド

ページ全体の領域をセットする.

setRepaintFlag() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

画面の再描画を指示する。

setSelected(Object, boolean) - インタフェース org.simBio.sim.gui.CheckedJTreeModel のメソッド

node にチェック状態を設定します.

setSeries(int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

系列数を設定する.

setShortDescription(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDAction のメソッド

短い説明文字列を設定する ツールチップの表示に使われます。

setSizePage(Dimension) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のメソッド

setSizePage(Dimension) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot のメソッド

左上座標を(0,0)として、ページ全体のサイズをセットする.

setTargetAttribute(Node, String) - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.Exchanger のメソッド

setTargetAttribute(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.NullExchanger のメソッド

setTargetAttribute(Node, String) - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.UniformRatioExchanger のメソッド

setText(String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AttributeString のメソッド

テキスト文字列を設定する.

setText(AttributeString) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotPrinter.TitleItem のメソッド

(内部用)文字列を設定する.

setText(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDAction のメソッド

見出し文字列を設定する

setTexts(AttributeString[]) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotPrinter.LegendItem のメソッド

(内部用)文字列配列を設定する.

setTimeSeriesLabel(String) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

settings() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.figure.Fig1 の static メソッド

Settings for the protocol XML-file.

settings() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.figure.Fig2A の static メソッド

Settings for the protocol XML-file.

settings() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.figure.Fig2B の static メソッド

Settings for the protocol XML-file.

settings() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.figure.HR_APD の static メソッド

Base settings for protocol XML-files.

settings() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.figure.ATPonNCXvsPMCA の static メソッド

Settings for the protocol XML-file.

settings() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.figure.CaFigure の static メソッド

Base settings for protocol XML-files.

settings() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.figure.CaLvsPMCAwoNCX の static メソッド

Settings for the protocol XML-file.

settings() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.figure.NCXvsCaL の static メソッド

Settings for the protocol XML-file.

settings() - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.figure.NCXvsPMCA の static メソッド

Settings for the protocol XML-file.

setUnits(String) - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Sets the units.

setURL(URL) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.HTMLViewJDialog のメソッド

setValue(double) - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

always throws UnsupportedOperationException, need to implement 'Node'

setValue(double) - クラス org.simBio.core.integrator.Concentration のメソッド

setValue(double) - クラス org.simBio.core.integrator.Euler のメソッド

log warn, this Method should not be used.

setValue(double) - クラス org.simBio.core.integrator.RungeKutta のメソッド

TODO setValueで更新出来た方がよいでしょうか？

setValue(double) - インタフェース org.simBio.core.Node のメソッド

set current value
引数を現在値に設定する。

setValue(double) - クラス org.simBio.core.Parameter のメソッド

setValueString(String) - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

文字列を受け取り現在値に設定する。

setValueString(String) - クラス org.simBio.core.integrator.Concentration のメソッド

setValueString(String) - クラス org.simBio.core.Parameter のメソッド

setValueToField() - クラス org.simBio.core.Parameter のメソッド

親が自分と同じ名前のpublic doubleを持っていれば、自分の値を設定する。

setWriteBufferCapacity(int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

書き込みバッファの容量を設定する.

setXmlLabel(String) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

setXmlRootDir() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Add XML root dir (if exist) to XML-file path.

setXYSeriesCollection(XYSeriesCollection) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

shouldSelectCell(EventObject) - クラス org.simBio.sim.gui.CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer のメソッド

Siblings - org.simBio.sim.analyzer.csv の クラス

should be placed into the xml file of the parent node from which one wants to get the childrens' parameters
親Reactorの持つ全てのVariableとReactorの値をcsv形式で書き出す

Siblings() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.Siblings のコンストラクタ

sim_analyzer_measure - クラス org.simBio.util.DevelopmentMode の static 変数

org.simBio.sim.analyzer.measureパッケージ用開発モード定数

SimpleGUIFrameWork - org.simBio.sim.gui.toolKit の クラス

GUIでのファイル／状態を表すクラス.

SimpleGUIFrameWork() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のコンストラクタ

sinfi - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.Ito の変数

sinfi - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.Ito_endo の変数

SingleCurrentAMP - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.ICaL の変数

to see single current amplitude

SingleCurrentAMP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.ICaL の変数

to see single current amplitude

skippedEntity(String) - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Reports a skipped entity.

slope - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.IVRCC の変数

slope

slope - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.AmplitudeNaK の変数

slope [um^3]

slowInact - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.Ist の変数

slowInactivation - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.Ist の変数

gate variable

slowInactivation - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.Ist の変数

gate variable

sodium_channel_g_Na - クラス org.simBio.bio.cor.Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified の変数

sodium_channel_g_Na (milliS_per_cm2).

sodium_channel_h_gate_h - クラス org.simBio.bio.cor.Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified の変数

sodium_channel_h_gate_h (dimensionless).

sodium_channel_m_gate_m - クラス org.simBio.bio.cor.Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified の変数

sodium_channel_m_gate_m (dimensionless).

SolubilityCoefficient - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.PressureToConcentration の変数

solve(MathFunction[], Node[]) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.BroydenMethod の static メソッド

Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.

solve(MathFunction[], Node[], double, int) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.BroydenMethod の static メソッド

Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.

solve(MathMultivariableFunction[], Node[]) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.BroydenMethod の static メソッド

Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.

solve(MathMultivariableFunction[], Node[], double, int) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.BroydenMethod の static メソッド

Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.

solve(MathMultivariableFunction[], double[]) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.BroydenMethod の static メソッド

Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.

solve(MathMultivariableFunction[], double[], double, int) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.BroydenMethod の static メソッド

Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.

solve(double[], double[], double[]) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.LUdecomposition の static メソッド

Solves the specified linear equations.

solve(MathFunction, Node) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.SecantMethod の static メソッド

Solve the specified nonlinear equation.

solve(MathFunction, Node, double) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.SecantMethod の static メソッド

Solve the specified nonlinear equation.

solve(MathUnivariableFunction, Node) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.SecantMethod の static メソッド

Solve the specified nonlinear equation.

solve(MathUnivariableFunction, Node, double) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.SecantMethod の static メソッド

Solve the specified nonlinear equation.

solveWithLU(int, double[], double[], int[], double[]) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.LUdecomposition の static メソッド

Solves the system of linear equations with LU array.

SPM - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.IK1 の変数

the concentration of Spermine (mM)

SR - org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex の クラス

SR() - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex.SR のコンストラクタ

SR - org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.complex の クラス

SR() - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.complex.SR のコンストラクタ

SRCA - org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current の クラス

SR calcium pump.

SRCA() - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.SRCA のコンストラクタ

srca - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure.NSR の変数

ssActivation - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.INa の変数

ssInactivation - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.INa の変数

start() - インタフェース org.simBio.core.CalculationObserver のメソッド

計算を開始するときに、このメソッドが呼び出されます。

start() - クラス org.simBio.core.Conductor のメソッド

start calculation. set calculate flag = true

start(Serializer, String, Reader) - クラス org.simBio.Run の static メソッド

Creates the model instance and starts the calculation.

startCDATA() - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Reports the start of a CDATA section.

startDocument() - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Reports the beginning of a document.

startDTD(String, String, String) - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Reports the start of a DTD declaration.

startElement(String, String, String, Attributes) - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Reports the start of an element.

startElement(String, String, String, Attributes) - クラス org.simBio.sim.ps.serialize.TocReader のメソッド

startEntity(String) - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Reports the start of some XML entities.

startExchange() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.Exchanger のメソッド

exchange()の後で、indexIteration_ をincrement

startExchange() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.FileNameExchanger のメソッド

startExchange() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.OneTimeListExchanger のメソッド

startFix - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.LeadPotential の変数

startPrefixMapping(String, String) - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Begin scope of prefix-URI mapping.

STATUS_CLOSED - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

STATUS_MODIFIED - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

STATUS_OPENED - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

statusChangedProc(String, int) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

状態が変更された時に呼ばれる このメソッドでは、変更結果を元に画面の再描画を行う

stau - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.Ito の変数

stau - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.Ito_endo の変数

step - クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics.MultiStateModel の変数

the number of reaction steps

step - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.StepChanger の変数

step - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.StepChanger2 の変数

step - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph_KA の変数

StepChanger - org.simBio.bio.function の クラス

値を設定時刻に順に変更する。

StepChanger() - クラス org.simBio.bio.function.StepChanger のコンストラクタ

StepChanger - org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment の クラス

Change the value in a step manner.

StepChanger() - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.StepChanger のコンストラクタ

StepChanger2 - org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment の クラス

step change

StepChanger2() - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.StepChanger2 のコンストラクタ

StepChart - org.simBio.sim.analyzer.graph.simple の クラス

targetをずらして表示する。

StepChart() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.StepChart のコンストラクタ

StepChart - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

targetをずらして表示する。

StepChart() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.StepChart のコンストラクタ

Stimulus - org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function の クラス

Constructor for Stimulus.

Stimulus() - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function.Stimulus のコンストラクタ

stoichiometryCa - クラス org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

stoichiometry for Ca²⁺

stoichiometryCa - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

stoichiometry for Ca²⁺

stoichiometryCa - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.INaCa の変数

stoichiometry for Ca²⁺

stoichiometryCa - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.Carrier の変数

stoichiometryK - クラス org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

stoichiometry for K⁺

stoichiometryK - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

stoichiometry for K⁺

stoichiometryK - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.Carrier の変数

stoichiometryNa - クラス org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

stoichiometry for Na⁺

stoichiometryNa - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

stoichiometry for Na⁺

stoichiometryNa - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.INaCa の変数

stoichiometry for Na⁺

stoichiometryNa - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.Carrier の変数

stop() - インタフェース org.simBio.core.CalculationObserver のメソッド

計算を終了するときに、このメソッドが呼び出されます。

stop() - クラス org.simBio.core.Conductor のメソッド

stop calculation. set calculate flag = false

stopCellEditing() - クラス org.simBio.sim.gui.CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer のメソッド

StopWatch - org.simBio.sim.analyzer の クラス

StopWatch() - クラス org.simBio.sim.analyzer.StopWatch のコンストラクタ

StringInputStream - org.simBio.sim.dm.util の クラス

StringをInputStreamに変換するクラス

StringInputStream(String) - クラス org.simBio.sim.dm.util.StringInputStream のコンストラクタ

stringToColor(String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.ColorUtil の static メソッド

色を表す文字列から、Color オブジェクトを返す。

stringToColor(String, Color) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.ColorUtil の static メソッド

色を表す文字列から、Color オブジェクトを返す。

Substrate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.RedoxPotential の変数

product and substrate concentrations of reaction

SubstrateDehydrogenation - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule の クラス

NADH dehydrogenation.

SubstrateDehydrogenation() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.SubstrateDehydrogenation のコンストラクタ

suffix_ - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.FileNameExchanger の変数

sum - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function.Average の変数

total amount

sum - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function.Rate の変数

total amount

Sum - org.simBio.sim.analyzer.measure の クラス

targetsの和を求める。

Sum() - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Sum のコンストラクタ

sumCa - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.ICaL の変数

integration of ICaL

sumCa - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel.IRyR の変数

integration of IRyR

sumCa - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf.ICaL の変数

integration of ICaL