A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z

U

UniformRatioExchanger - org.simBio.sim.dm.exchange の クラス

既定値の倍率を一様に変化させるExchanger

UniformRatioExchanger(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.UniformRatioExchanger のコンストラクタ

UniformValueExchanger - org.simBio.sim.dm.exchange の クラス

値を一様に変化させるExchanger

UniformValueExchanger(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.UniformValueExchanger のコンストラクタ

UNITS - クラス org.simBio.core.Initializer の static 変数

attribute name of the units

units - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Axis の変数

unparsedEntityDecl(String, String, String, String) - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Receives notification of an unparsed entity declaration

update(double) - クラス org.simBio.core.integrator.Euler のメソッド

calculate new y = old y + dy/dt * dt, clear dy/dt
new y = old y + dy/dt * dtを計算し、dy/dtを0にする

update(double) - クラス org.simBio.core.integrator.EulerList のメソッド

call all Euler's update()
全てのVariableのupdate()を呼び出す。

update(double) - クラス org.simBio.core.integrator.Positive のメソッド

keep the value positive.

update(double) - クラス org.simBio.core.integrator.PositiveRK のメソッド

keep the value positive.

update(double) - クラス org.simBio.core.integrator.Probability のメソッド

keep the value less than 1.

update(double) - クラス org.simBio.core.integrator.RungeKuttaList のメソッド

RungeKuttaの制御ルーチン 入力：t_n,dt_n 出力：(y_{n+1}),dt_{n+1} 現在は固定刻み幅だが，rk4を呼び出す部分を制御することにより 変動刻み幅のRungeKuttaにできるはず そのためにdt_{n+1}も出力するようにしている tは内部では変更しているが，値渡しなのでConductorのtはt=t_nのまま

update(double) - クラス org.simBio.core.VariableList のメソッド

solve ordinary differential equations

update(Component, OutputStream, InputSource) - インタフェース org.simBio.serialize.Serializer のメソッド

update serialized.

update(Component, String, Reader) - クラス org.simBio.serialize.xml.XMLSerializer のメソッド

Updates an XML file.

update(Component, OutputStream, InputSource) - クラス org.simBio.serialize.xml.XMLSerializer のメソッド

Updates an XML file.

update(Component) - インタフェース org.simBio.sim.gui.ValueChangeObserver のメソッド

値が変更された時に、このメソッドが呼び出されます。

update(ICollection) - インタフェース org.simBio.sim.ps.IParamSpaceObserver のメソッド

データが更新されたことを通知。

update(ICollection) - クラス org.simBio.sim.ps.serialize.TocWriter のメソッド

結果をXML fileに書き出す。

update() - クラス org.simBio.sim.ps.view.AbstractPlot のメソッド

データを更新する。

update() - クラス org.simBio.sim.ps.view.PlotContour のメソッド

データを更新する。

update() - クラス org.simBio.sim.ps.view.PlotLine のメソッド

Update the plot.

update(ICollection) - クラス org.simBio.sim.ps.view.PlotLouncher のメソッド

update() - クラス org.simBio.sim.ps.view.PlotTimeSeries のメソッド

UpTake - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex.SR の変数

Uptake - org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux の クラス

Uptake() - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux.Uptake のコンストラクタ

UpTake - org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux の クラス

Pump current taking up calcium into SR.

UpTake() - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.UpTake のコンストラクタ

UQH2 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.OxidativePhosphorylation の変数

ubiquinol (UQH2) concentration