概要
パッケージ
クラス
使用
階層ツリー
非推奨 API
索引
ヘルプ
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フレームあり
フレームなし
すべてのクラス
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
V
Va
- クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.
GapJunction
の変数
potential alpha (mV)
val
- クラス org.simBio.sim.ps.serialize.
ParseXMLs.NameVal
の変数
valence
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function.
PA2MS
の変数
ion valence
valence
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
ConstantField
の変数
valence
valence
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
Current
の変数
ion valence
valence
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
ReversalPotential
の変数
valence
valence
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function.
Current
の変数
valence
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function.
ReversalPotential2
の変数
value
- クラス org.simBio.core.
Parameter
の変数
present value.
ValueChangeObserver
-
org.simBio.sim.gui
の インタフェース
DataListTableModelで、setValue()により値が変更された時に、監視オブジェクトに通知を行う.
values
- クラス org.simBio.bio.function.
StepChanger
の変数
設定する値のリスト。
values
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
BasicGraph
の変数
時系列データの保管場所
values_
- クラス org.simBio.sim.dm.exchange.
ListExchanger
の変数
valuesBuffer
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
AbstractGraph
の変数
計算結果を一時格納するバッファ
Vanderpol_model_1928
-
org.simBio.bio.cor
の クラス
Conversion from CellML 1.0 to Java was done using COR (0.9.31.28)
Copyright (c) 2002-2005 Oxford Cardiac Electrophysiology Group
Vanderpol_model_1928()
- クラス org.simBio.bio.cor.
Vanderpol_model_1928
のコンストラクタ
Variable
-
org.simBio.core
の インタフェース
VariableList
-
org.simBio.core
の クラス
include euler engine & dt adjuster
VariableList()
- クラス org.simBio.core.
VariableList
のコンストラクタ
Vb
- クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.
GapJunction
の変数
potential beta (mV)
Vc
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.complex.
SR
の変数
vC1
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.
OxidativePhosphorylation
の変数
rate of complex I
vC3
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.
OxidativePhosphorylation
の変数
rate of complex III
vC4
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.
OxidativePhosphorylation
の変数
rate of complex IV
VH
- クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.
GapJunction
の変数
potential at high state (mV)
VHL
- クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.
GapJunction
の変数
voltage across hemichannel at HL state (mV)
Vi
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex.
SR
の変数
Vi
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.
ICaPump
の変数
cell volume accessible for ion diffusion
Vi
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.
INaK
の変数
cell volume accessible for ion diffusion[um^3]
Vi
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.
IPMCA
の変数
cell volume accessible for ion diffusion
Vi
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function.
PA2MS
の変数
internal volume (um^3)
Vi
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.
ICaPump
の変数
cell volume accessible for ion diffusion
Vi
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.
INaK
の変数
cell volume accessible for ion diffusion[um^3]
Vi
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
Current
の変数
internal volume (um^3)
Vi
- クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.carrier.
IPMCA
の変数
cell volume accessible for ion diffusion
Vi
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function.
Current
の変数
Vi
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.
TotalVolume
の変数
the osmotically active cell volume (um^3)
Viewer
-
org.simBio.sim.analyzer.graph.simple
の クラス
graph viewer.
Viewer()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
Viewer
のコンストラクタ
Viewer
-
org.simBio.sim.analyzer.graph
の クラス
Graph viewer.
Viewer()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.
Viewer
のコンストラクタ
visit(Component)
- クラス org.simBio.core.
Conductor
のメソッド
Add Variables to the list.
visit(Composite)
- クラス org.simBio.core.
Conductor
のメソッド
add Reactors to ReactorList, and Analyzers to AnalyzerList.
visit(Component)
- インタフェース org.simBio.core.
Visitor
のメソッド
visit(Composite)
- インタフェース org.simBio.core.
Visitor
のメソッド
visit(Component)
- クラス org.simBio.serialize.
Collector
のメソッド
visit(Composite)
- クラス org.simBio.serialize.
Collector
のメソッド
visit(Component)
- クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.
Total
のメソッド
visit(Composite)
- クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.
Total
のメソッド
visit(Component)
- クラス org.simBio.sim.gui.
DataListTable
のメソッド
visit(Composite)
- クラス org.simBio.sim.gui.
DataListTable
のメソッド
visit(Component)
- クラス org.simBio.sim.gui.
GUI
のメソッド
Visitor Pattern Interface : do nothing
visit(Composite)
- クラス org.simBio.sim.gui.
GUI
のメソッド
Visitor Pattern Interface : set this to container of Viewer NOTICE: org.simBio.sim.analyser.graph.RateGraph#getJButton を、ToolBarに載せる場合は、 DnDActionの組み込みと、Save/Load 処理の対応が必要。
Visitor
-
org.simBio.core
の インタフェース
Visitor pattern.
VisualizeAnalyzer
-
org.simBio.sim.analyzer
の クラス
base class for visualized Node(Viewer, Graph, Axis).
VisualizeAnalyzer()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.
VisualizeAnalyzer
のコンストラクタ
Vj
- クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.
GapJunction
の変数
junctional potential (mV)
VL
- クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.
GapJunction
の変数
potential at low state (mV)
VL
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
RelationGraph_LP
の変数
VLH
- クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.
GapJunction
の変数
voltage across hemichannel at LH state (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.
Current
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.
RyR
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure.
Cell
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.
ICaL
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.
Iha
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.
IKs
の変数
Membrane Potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.
Ist
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.
I_K
の変数
membrane potential, V, initial value = -75.0 (millivolt)
Vm
- クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.
I_L
の変数
membrane potential, V, initial value = -75.0 (millivolt)
Vm
- クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.
I_Na
の変数
membrane potential, V, initial value = -75.0 (millivolt)
Vm
- クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.
Membrane
の変数
membrane potential, V, initial value = -75.0 (millivolt)
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
ICab
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
ICaL
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
IK1
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
IKr
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
IKs
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
INa
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
INab
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
INaCa
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
INaK
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.
Ito
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux.
Release
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier.
INaCa
の変数
membrane potential of cell[mV]
Vm
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.
INaK
の変数
membrane potential of cell[mV]
Vm
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.
ICaL
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.
IKs
の変数
Membrane Potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.
INaCa
の変数
membrane potential of cell[mV]
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.
INaK
の変数
membrane potential of cell[mV]
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
ICaL
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
ICaT
の変数
membrane potential
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
Iha
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
IKpl
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
INa
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
Ist
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
Ito
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel.
Channel
の変数
effective Vm.
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette.
VoltageClamp
の変数
membrane potential
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.
IKs
の変数
Membrane Potential(mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.
PureKchannel
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
Charge
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
ConstantField
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
RateConstantK
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
RateConstantVm
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.
VoltageClamp
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf.
ICaL
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.
VoltageClamp
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.
ICaL
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.
INaCa
の変数
membrane potential [mV]
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.
INaCa
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.
INaK
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
IbCa
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
IbNa
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
ICa
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
IK1
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
IKr
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
IKs
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
INa
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
IpK
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
Ito
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.
Ito_endo
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.
Release
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function.
Charge
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
ICaL
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
ICaT
の変数
membrane potential
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
Iha
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
IKpl
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
INa
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
Ist
の変数
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
Ito
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
IVRCC
の変数
membrane potential [mV]
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.
IKs
の変数
Membrane Potential(mV)
Vm
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.
PureKchannel
の変数
membrane potential (mV)
Vm
- クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.
RelationGraph_LP
の変数
Vm
- クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.
APD
の変数
Vm
- クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.
APDforSA
の変数
膜電位 (mV)
Vm
- クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.
LeadPotential
の変数
Vm1
- クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.
JunctionalPotential
の変数
membrane potential of cell no 1
Vm1
- クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure.
GapJunction
の変数
membrane potential of cell #1 (mV)
Vm1
- クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.structure.
GapJunction
の変数
membrane potential of cell #1
Vm2
- クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.
JunctionalPotential
の変数
membrane potential of cell no 2
Vm2
- クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure.
GapJunction
の変数
membrane potential of cell #2 (mV)
Vm2
- クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.structure.
GapJunction
の変数
membrane potential of cell #2
Vmax
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.
Leak
の変数
Vmax
-
org.simBio.sim.analyzer.measure
の クラス
Measuring dV/dt max.
Vmax()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.
Vmax
のコンストラクタ
Vmax
- クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.
VmaxTime
の変数
Vmax: maximum rate of rise (mV/ms)
VmaxPP2A_Inhib1
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.
PLB
の変数
rate constant
VmaxTime
-
org.simBio.sim.analyzer.measure
の クラス
measure Vmax and timing of Vmax.
VmaxTime()
- クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.
VmaxTime
のコンストラクタ
Vmaxup
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.
UpTake
の変数
Vn
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.
TotalVolume
の変数
the osmotically inactive cell volume (um^3)
Vo
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
Current
の変数
external volume (um^3)
VoltageClamp
-
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette
の クラス
voltage clamp protocol.
VoltageClamp()
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette.
VoltageClamp
のコンストラクタ
VoltageClamp
-
org.simBio.bio.sarai_et_al_2003
の クラス
Voltage clamp.
VoltageClamp()
- クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.
VoltageClamp
のコンストラクタ
VoltageClamp
-
org.simBio.bio.sarai_noma_2004
の クラス
apply square voltage pulse
VoltageClamp()
- クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.
VoltageClamp
のコンストラクタ
Volume
-
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function
の クラス
Volume()
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.
Volume
のコンストラクタ
volume
- クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function.
Electroneutrality
の変数
intracellular actuve volume [um^3]
volume
- クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.complex.
SR
の変数
Volume
-
org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function
の クラス
Volume()
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.
Volume
のコンストラクタ
volume1
- クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure.
GapJunctionK
の変数
cell volume of cell #1 (um
3
)
volume2
- クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure.
GapJunctionK
の変数
cell volume of cell #2 (um
3
)
volumeext
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.complex.
WaterFlux
の変数
extracellular volume [um
3
]
volumeint
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.complex.
WaterFlux
の変数
intracellular volume [um
3
]
VolumeRatio
-
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function
の クラス
Calculation of volume ratio between cell and organella.
VolumeRatio()
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.
VolumeRatio
のコンストラクタ
VolumeRatio
-
org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment
の クラス
Calculate volume ratio to initial volume.
VolumeRatio()
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.
VolumeRatio
のコンストラクタ
Vrel
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex.
SR
の変数
Vshift
- クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.
ICaL
の変数
a shift of activation potential for 4 state voltage gate
Vshift
- クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.
IKs
の変数
Vshift
- クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.
Ist
の変数
a shift of activation potential for 4 state voltage gate
Vshift
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.
ICaL
の変数
a shift of activation potential for 4 state voltage gate
Vshift
- クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.
IKs
の変数
Vshift
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
ICaL
の変数
a shift of activation potential for 4 state voltage gate
Vshift
- クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.
Ist
の変数
a shift of activation potential for 4 state voltage gate
Vshift
- クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf.
ICaL
の変数
a shift of activation potential for 4 state voltage gate
Vshift
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
Iha
の変数
Vt
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.
IVRCC
の変数
intracellular volume [um^3]
Vt
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment.
VolumeRatio
の変数
total cell volume (um^3)
Vt
- クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.
AmplitudeNaK
の変数
total cell volume [um^3]
Vup
- クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex.
SR
の変数
概要
パッケージ
クラス
使用
階層ツリー
非推奨 API
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フレームあり
フレームなし
すべてのクラス
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X
Y
Z
???(C) 2002-2007 ?????????????????????