A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z

D

d - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.ICaL の変数

d - クラス org.simBio.bio.noble_et_al_1998.Model の変数

d - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.ICa の変数

d - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.Release の変数

d_Gs_alpha_GTPtot - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.BetaAR_Gs の変数

Multi newton raphson function

DataListTable - org.simBio.sim.gui の クラス

Composite を元に、データ編集用の構造体を作成する.

DataListTable() - クラス org.simBio.sim.gui.DataListTable のコンストラクタ

空のDataItemBean を作成する。

DataListTable(Composite) - クラス org.simBio.sim.gui.DataListTable のコンストラクタ

dATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction.Troponin の変数

dATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.ICaPump の変数

variation of ATP concentration (mM/ms)

dATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.INaK の変数

differential ATP [mM/msec]

dATP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.IPMCA の変数

instantaneous rate of the ATP consumption (M/s)

dATP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.ICaPump の変数

variation of ATP concentration (mM/ms)

dATP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.INaK の変数

differential ATP [mM/msec]

dATP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL の変数

dATP - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.carrier.IPMCA の変数

rate of the ATP consumption (mM/ms)

dATP_ - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.INaK の変数

dCa - クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.Troponin の変数

decomposite(int, double[], int[]) - クラス org.simBio.util.numerical.methods.LUdecomposition の static メソッド

Decomposite the specified array to LU array.

DEFAULT_ENCODING - クラス org.simBio.util.FileHandler の static 変数

default encoding

DEFAULT_EPSILON - クラス org.simBio.util.numerical.methods.BroydenMethod の static 変数

A tiny value as tolerance.

DEFAULT_EPSILON - クラス org.simBio.util.numerical.methods.SecantMethod の static 変数

A tiny value as tolerance.

defaultTreeCellRenderer - クラス org.simBio.sim.gui.CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer の変数

delta - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2003.VoltageClamp の変数

time, which is needed to make Vm holding potential (ms)

demo(InputStream, InputStream) - クラス org.simBio.ResultGenerator の static メソッド

Make protocols of parameter exchanging by running thrue all iterations.

denominator - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function.Ratio の変数

denominator

DevelopmentMode - org.simBio.util の クラス

dGp0 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ATPsynthase の変数

standard free-energy change of ATP synthase

diadicFactor - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.IRyR の変数

Ca diadicFactor

diadicFactor - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel.IRyR の変数

Ca diadicFactor

diadicFactor - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.IRyR の変数

Ca diadicFactor

Diffusion - org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function の クラス

diffusion.

Diffusion() - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function.Diffusion のコンストラクタ

Diffusion - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current の クラス

Calculate current component of K, Na & Ca ion according to the diffusion.

Diffusion() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.Diffusion のコンストラクタ

Diffusion - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function の クラス

using dy/dt to calculate first order ordinary differential equation.

Diffusion() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.Diffusion のコンストラクタ

Diffusion - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule の クラス

calculation of diffusion equation.

Diffusion() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Diffusion のコンストラクタ

Diffusion - org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current の クラス

Calculate current component of K, Na & Ca ion according to the diffusion.

Diffusion() - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.Diffusion のコンストラクタ

Diffusion_a - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function の クラス

The first order ordinary differential equation is solved using analytic equation.

Diffusion_a() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.Diffusion_a のコンストラクタ

Diffusion_t - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function の クラス

The first order ordinary differential equation is solved using analytic equation.

Diffusion_t() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.Diffusion_t のコンストラクタ

dinfi - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.ICa の変数

discardProc(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

メモリ上の編集内容の破棄を行う このメソッドでは、実体のファイルを削除する意図は**ありません**

dL - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.ICaL の変数

dL - クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp.LChange の変数

length step

DnDAction - org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu の クラス

Drag&Dropサポートのある Action.

DnDAction() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDAction のコンストラクタ

DnDAction(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDAction のコンストラクタ

DnDAction(String, Icon) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDAction のコンストラクタ

DnDActionDroppable - org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu の インタフェース

Drag and Drop を受け付けるコンポーネントに定義して、受け入れられるDataFlavorと、アクションを設定する.

DnDJButton - org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu の クラス

SymBio用、ツールバーボタン Class.

DnDJButton() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJButton のコンストラクタ

Drag and Drop ボタンを生成する。

DnDJButton(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJButton のコンストラクタ

Drag and Drop ボタンを生成する。

DnDJButton(Icon) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJButton のコンストラクタ

Drag and Drop ボタンを生成する。

DnDJButton(String, Icon) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJButton のコンストラクタ

Drag and Drop ボタンを生成する。

DnDJButton(Action) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJButton のコンストラクタ

Drag and Drop ボタンを生成する。

DnDJList - org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu の クラス

Drag & Dropのドラッグ元として使用できるJList.

DnDJList() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJList のコンストラクタ

DnDJList(Object[]) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJList のコンストラクタ

DnDJList(Vector) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJList のコンストラクタ

DnDJList(ListModel) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJList のコンストラクタ

DnDJToolBar - org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu の クラス

Drag & Dropでメニュー項目を設定できる JToolBar.

DnDJToolBar() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJToolBar のコンストラクタ

DnDJToolBar(int) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJToolBar のコンストラクタ

DnDJToolBar(String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJToolBar のコンストラクタ

DnDJToolBar(String, int) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJToolBar のコンストラクタ

DnDMouseMotionListener - org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu の クラス

MouseListener / MouseMoveListener の双方に登録することで、ドラッグ操作の判定を行う.

DnDMouseMotionListener() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDMouseMotionListener のコンストラクタ

dndStart(MouseEvent) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDMouseMotionListener のメソッド

ドラッグ＆ドロップを開始する際に呼ばれるメソッド

DnDTransferBean - org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu の クラス

Drag&Dropで転送されるオブジェクトを入れるBean.

DnDTransferBean(JComponent, Action, String) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDTransferBean のコンストラクタ

DnDTransferHandler - org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu の クラス

Drag&Dropツールバーのための、TransferHandler Class.

DnDTransferHandler(JComponent) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDTransferHandler のコンストラクタ

doDropAction(DnDAction, JComponent) - インタフェース org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDActionDroppable のメソッド

ドロップでデータを受け入れる。

doDropAction(DnDAction, JComponent) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJToolBar のメソッド

menu.TransferableActionのドロップ処理を実施する。

doLaunch(String[]) - クラス org.simBio.sim.dm.ParameterChanger のメソッド

if protocol has launcher, than launch model.

doLayout() - クラス org.simBio.sim.gui.CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer のメソッド

DOMHandler - org.simBio.sim.dm.util の クラス

DOMツリーを扱うクラス。

DOMHandler() - クラス org.simBio.sim.dm.util.DOMHandler のコンストラクタ

doRepaint() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph のメソッド

doRepaint() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

Performs a repaint.

doRepaint() - クラス org.simBio.sim.analyzer.VisualizeAnalyzer のメソッド

再描画を行う.

dP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MembranePotential の変数

proton driving force

dP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.RedoxPotentialCyta の変数

proton gradient

dP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ATPsynthase の変数

proton driving force on mitochondrial inner membrane

dP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexI の変数

proton driving force on mitochondrial inner membrane

dP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexIII の変数

proton driving force of mitochondrial inner membrane

dP - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ProtonLeak の変数

proton gradient of mitohocndrial inner membrane

dpH - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.GradientP の変数

proton gradient between cytosol and matrix

dpH - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MembranePotential の変数

proton gradient of mitochondrial matrix to cytosol

dPsicell - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

membrane potential at matrix side of mitochondrial inner membrane (mV)

dPsimito - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

membrane potential at matrix side of mitochondrial inner membrane (mV)

dR - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux.Release の変数

draw(Graphics2D, int, int) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot.Item のメソッド

描画を行う 画面の場合：prepareXXX() にて事前生成したタイトル／凡例を表示する。

draw(Graphics2D, int, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotDisplay.LegendItem のメソッド

draw(Graphics2D, int, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotDisplay.TitleItem のメソッド

draw(Graphics2D, int, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotPrinter.LegendItem のメソッド

draw(Graphics2D, int, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotPrinter.TitleItem のメソッド

drawBar(int, int, int, int, int) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.ICanvas のメソッド

drawBar(int, int, int, int, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

drawLine(IPlot, Graphics2D, double, double, double, double, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph のメソッド

グラフに点を打つ. Graph4Stateにて点の代わりに線を引く際に、継承しやすいように分離しています。

drawLine(IPlot, Graphics2D, double, double, double, double, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Graph4State のメソッド

drawLine(Graphics2D, double, double, double, double, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のメソッド

drawLine(Graphics2D, double, double, double, double, int) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot のメソッド

線を描画する.

drawLine(IPlot, Graphics2D, double, double, double, double, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.StepChart のメソッド

drawPoint(IPlot, Graphics2D, double, double, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph のメソッド

グラフに線を引く. Graph4Stateにて点の代わりに線を引く際に、継承しやすいように分離しています。

drawPoint(IPlot, Graphics2D, double, double, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Graph4State のメソッド

drawPoint(Graphics2D, double, double, int) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot のメソッド

点を描画する.

drawPoint(Graphics2D, double, double, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotDisplay のメソッド

drawPoint(Graphics2D, double, double, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotPrinter のメソッド

drawPoint(int, int, int, int) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.ICanvas のメソッド

drawPoint(int, int, int, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

drawPoint(IPlot, Graphics2D, double, double, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.StepChart のメソッド

drowDesc(Graphics, IPlot, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

軸ラベルを、graphics に描画する.

drowDesc(Graphics, IPlot, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のメソッド

drowDesc(Graphics, IPlot, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

drowGrid(Graphics, IPlot, double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

指定した位置 value のグリッドを、graphics に描画する.

drowGrid(Graphics, IPlot, double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のメソッド

drowGrid(Graphics, IPlot, double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

drowLabel(Graphics, IPlot, double, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

指定した位置 value の数値を、graphics に描画する.

drowLabel(Graphics, IPlot, double, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のメソッド

drowLabel(Graphics, IPlot, double, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

dt - クラス org.simBio.bio.function.Analytic2state の変数

dt - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function.Diffusion_a の変数

dt - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.ICa の変数

dt - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.IKr の変数

dt - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.IKs の変数

dt - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.INa の変数

dt - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.Ito の変数

dt - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.Ito_endo の変数

dt - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.Release の変数

dtau - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.ICa の変数

dtMax - クラス org.simBio.core.Conductor の変数

maximum time step of integration

dtMin - クラス org.simBio.core.Conductor の変数

minimum time step of integration

DualCaBuffer - org.simBio.bio.faber_rudy_2000.molecule の クラス

Faber GM, Rudy Y.

DualCaBuffer() - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.molecule.DualCaBuffer のコンストラクタ

duration - クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp.LChange の変数

step duration

duration - クラス org.simBio.core.Conductor の変数

duration of integration

dXdt - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction.CrossBridgeLength の変数

derivative value of inextensibleLength

dXdt - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction.Troponin の変数

dXdt - クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.CrossBridge の変数

dXdt - クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.Troponin の変数

dXdtFactor - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction.Troponin の変数

dydt - クラス org.simBio.core.integrator.Euler の変数

dy/dt