A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z

G

g - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.Release の変数

g_K - クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.I_K の変数

conductance (milliS_per_cm2)

g_L - クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.I_L の変数

conductances (milliS_per_cm2)

g_Na - クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.I_Na の変数

conductances (milliS_per_cm2)

gacai - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.ICaL の変数

gacao - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.ICaL の変数

gaki - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.ICaL の変数

gako - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.ICaL の変数

gamma - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier.INaCa の変数

ganai - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.ICaL の変数

ganao - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.ICaL の変数

GapJunction - org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001 の クラス

Voltage-dependent gap junction model developed by Vogel and Weingart.

GapJunction() - クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.GapJunction のコンストラクタ

GapJunction - org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure の クラス

Gap junction model.

GapJunction() - クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure.GapJunction のコンストラクタ

GapJunction - org.simBio.bio.sarai_noma_2004.structure の クラス

GapJunction() - クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.structure.GapJunction のコンストラクタ

GapJunctionK - org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure の クラス

Gap junction model.

GapJunctionK() - クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure.GapJunctionK のコンストラクタ

gate - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.IKr の変数

gate - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.ICaL の変数

ultra-slow gate probability

gate - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.IKACh の変数

gate - クラス org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

reduced 2-state gate

gate - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.ICaL の変数

ultra-slow gate probability

gate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.Carrier の変数

reduced 2-state gate

gate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.ICaL の変数

ultra-slow gate probability

gate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.INa の変数

ultra-slow gate

gate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IK1 の変数

gate, blocked by polyamine (time dependent compornent)

gate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IKACh の変数

gate - クラス org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf.ICaL の変数

ultra-slow gate probability

gate - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current.ICaL の変数

ultra-slow gate probability

gate - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.IK1 の変数

gate - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.ICaL の変数

ultra-slow gate probability

gate - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.INa の変数

ultra-slow gate

gate - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.IK1 の変数

gate, blocked by polyamine (time dependent compornent)

gate1 - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.IKs の変数

the open probability of voltage-dependent gate

gate1 - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.IKs の変数

the open probability of voltage-dependent gate

gate1 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.Ito の変数

activation gating variable

gate1 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IKr の変数

activation gating variable (the rapid component)

gate1 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IKs の変数

the open probability of voltage-dependent gate

gate1 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.Ito の変数

activation gating variable

gate1 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.IKr の変数

activation gating variable (the rapid component)

gate1 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.IKs の変数

the open probability of voltage-dependent gate

gate2 - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.IKs の変数

the open probability of [Ca²⁺]_i-dependent gate

gate2 - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.IKs の変数

the open probability of [Ca²⁺]_i-dependent gate

gate2 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.Ito の変数

inactivation gating variable

gate2 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IKr の変数

activation gating variable (the slow component)

gate2 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IKs の変数

the open probability of [Ca2+]i-dependent gate

gate2 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.Ito の変数

inactivation gating variable

gate2 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.IKr の変数

activation gating variable (the slow component)

gate2 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.IKs の変数

the open probability of [Ca2+]i-dependent gate

gate3 - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium.IKr の変数

inactivation gating variable

gate3 - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium.IKr の変数

inactivation gating variable

gate_b - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.ICaT の変数

gate_g - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.ICaT の変数

gate_xs1 - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.IKs の変数

gate_xs2 - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.IKs の変数

gateC2 - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.IKs の変数

the C2 state probability of [Ca²⁺]_i-dependent gate

gateC2 - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.IKs の変数

the C2 state probability of [Ca²⁺]_i-dependent gate

gCab - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.ICab の変数

gCaL - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.ICaL の変数

getAction() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDJList のメソッド

Dragされた時に、選択された項目のActionを取得する

getAction() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDTransferBean のメソッド

getAllIndexString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.Exchanger のメソッド

getAllIndexString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.ListExchanger のメソッド

getAllIndexString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.NullExchanger のメソッド

getAllIterationNumber() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.Exchanger のメソッド

getAllIterationNumber() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.NullExchanger のメソッド

getAllIterationNumber() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.OneTimeListExchanger のメソッド

getAllStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.Exchanger のメソッド

getAllStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.FileNameExchanger のメソッド

getAllStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.ListExchanger のメソッド

getAllStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.NullExchanger のメソッド

getAllStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.NumericalExchanger のメソッド

getAttributeValue(Node, String) - クラス org.simBio.sim.dm.util.NodeHandler の static メソッド

getBackup() - クラス org.simBio.util.FileHandler の static メソッド

getBaseModel() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag attribute "path" from file protocol.

getBaseModel() - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getBaseModel() - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

基本モデルXMLの名前を返す。

getCapsuledDocument(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.util.DOMHandler の static メソッド

Adding a Node to a new instance of DOM Document.

getCapsuledInputStream(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.util.DOMHandler の static メソッド

Adding a Node to a new instance of DOM Document and return document as input stream.

getCBbound() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL のメソッド

getCBfactor() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.enzyme.CrossBridgeNL のメソッド

getCellEditorValue() - クラス org.simBio.sim.gui.CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer のメソッド

getChildTextNode(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.util.NodeHandler の static メソッド

getClassName() - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Returns the className.

getCodebases() - インタフェース org.simBio.serialize.Serializer のメソッド

getCodebases() - クラス org.simBio.serialize.xml.XMLSerializer のメソッド

This returns the search path of URLs for loading classes

getColor(int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のメソッド

系列番号毎の描画色を取得する.

getColor() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AttributeString のメソッド

色を取得する.

getColorParameter(String, Color) - クラス org.simBio.sim.analyzer.VisualizeAnalyzer のメソッド

Node名を指定して、Colorを取得します.

getComponent(String) - クラス org.simBio.serialize.xml.XMLSerializer のメソッド

Return Class instance designated by the complete class name. child nodes are created.

getContainer() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

Gets the container.

getCount() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

書き込みバッファの使用容量を取得する.

getCsvRootFile() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Get CSV-file.

getCurrentIndex() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues のメソッド

現在のデータ件数を取得する.

getDataMax(int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.GraphReplotBuffer のメソッド

再描画バッファから、指定インデックスの計算結果のうち、最大値を返す.

getDataMin(int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.GraphReplotBuffer のメソッド

再描画バッファから、指定インデックスの計算結果のうち、最小値を返す.

getDataXMLAsStream() - クラス org.simBio.sim.dm.ParameterChanger のメソッド

getDimension(Graphics2D) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotPrinter.LegendItem のメソッド

getDimension(Graphics2D) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotPrinter.TitleItem のメソッド

getDocument() - クラス org.simBio.sim.dm.ParameterChanger のメソッド

getDocumentAsInputStream(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.util.DOMHandler の static メソッド

Get document as input stream.

getDocumentAsReader(Node) - クラス org.simBio.sim.dm.util.DOMHandler の static メソッド

Get document as buffered reader.

getDouble(long, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

インデックスと系列番号を指定して、double値を読み込む

getDouble(Node) - クラス org.simBio.sim.analyzer.VisualizeAnalyzer のメソッド

get value from node. if node is null, return 0.0

getDydt() - クラス org.simBio.core.integrator.Concentration のメソッド

getDydt() - クラス org.simBio.core.integrator.Euler のメソッド

getDydt() - クラス org.simBio.core.integrator.RungeKutta のメソッド

getDydt() - インタフェース org.simBio.core.Variable のメソッド

return dy/dt
dy/dtの値を返す。

getDydtOverY() - クラス org.simBio.core.integrator.Euler のメソッド

getDydtOverY() - クラス org.simBio.core.integrator.RungeKutta のメソッド

dy/dtを現在値(y)で割った値を返す。

getDydtOverY() - インタフェース org.simBio.core.Variable のメソッド

dy/dtを現在値(y)で割った値を返す。

getEffectiveFraction() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.enzyme.CrossBridgeNL のメソッド

getEraser() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag from file protocol.

getEval(int, int) - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getEval(int, int) - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getEval(int) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getEvalLabel(int) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getEvalLabels() - インタフェース org.simBio.sim.ps.IEvals のメソッド

getEvalLabvel(int) - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getEvalLabvel(int) - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getEvals() - インタフェース org.simBio.sim.ps.IEvals のメソッド

getEvalSize() - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getEvalSize() - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getEvalSize() - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getExchanger() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag from file protocol.

getExternalSubset(String, String) - クラス org.simBio.serialize.xml.LogSax2 のメソッド

Returns and logs a new external subset.

getFile(String) - クラス org.simBio.util.FileHandler の static メソッド

getFileName() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

XMLファイル名を取得する.

getFileName() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

現在処理中のファイル名を取得する。

getFont() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AttributeString のメソッド

フォントを取得する.

getFontParameter(String, String, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.VisualizeAnalyzer のメソッド

nodeNamePrefixを指定して、Fontを取得します.

getFormatString(double, double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

フォーマット文字列を生成する.

getFormatString(double, double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のメソッド

getFormatString(double, double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

getFreeSpaceBottom(Graphics) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

目盛り表示を行うための画面下側の余白を得る サブクラスで必要に応じてオーバーライドして下さい。

getFreeSpaceBottom(Graphics) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のメソッド

軸ラベルの余白を取得

getFreeSpaceBottom(Graphics) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

getFreeSpaceLeft(Graphics) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

目盛り表示を行うための画面左側の余白を得る 具象クラスで必要に応じてオーバーライドして下さい。

getFreeSpaceLeft(Graphics) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のメソッド

getFreeSpaceLeft(Graphics) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

軸ラベルの余白を取得

getFreeSpaceRight(Graphics) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

目盛り表示を行うための画面右側の余白を得る 具象クラスで必要に応じてオーバーライドして下さい。

getFreeSpaceTop(Graphics) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

目盛り表示を行うための画面上側の余白を得る サブクラスで必要に応じてオーバーライドして下さい。

getFreeSpaceTop(Graphics) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

getGenerateModel() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag attribute "path" from file protocol.

getHeight(Graphics2D) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot.Item のメソッド

描画に必要な高さを取得する.

getIdentification() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag attribute "identification" from file protocol.

getIndent() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

make hierarchical indent using level
階層を元に字下げを作る。

getIndentedShortName() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

return indented short name
字下げをした名前を返す。

getIndexByTime(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesSingle のメソッド

指定した時刻に対応するインデックスを取得する.

getIndexByTime(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues のメソッド

指定した時刻に対応するインデックスを取得する.

getIndexString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.Exchanger のメソッド

getIndexString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.NullExchanger のメソッド

getInitialValue() - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Returns the initialValue.

getInserter() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag from file protocol.

getInserterBefore() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag from file protocol.

getInstance(Composite, Attributes) - クラス org.simBio.core.Initializer の static メソッド

return the only initializer in which parent and attributes are set.

getInstance(String) - クラス org.simBio.core.Initializer の static メソッド

getIterationNumber() - クラス org.simBio.sim.dm.ParameterChanger のメソッド

getJButton() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph のメソッド

This method initializes jButton

getJButton() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph_KA のメソッド

This method initializes jButton

getJComponent() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDTransferBean のメソッド

getJPanel() - クラス org.simBio.sim.gui.GUI のメソッド

This method initializes jPanel

getKey(int, int) - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getKey(int, int) - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getKeyLabel(int) - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getKeyLabel(int) - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getKeyLabels() - インタフェース org.simBio.sim.ps.IKeys のメソッド

getKeys() - インタフェース org.simBio.sim.ps.IKeys のメソッド

getKeySize() - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getKeySize() - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getLabelLength(Graphics, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

value の数値を、表示した時の、axisの方向の長さを取得する. この結果を用いて、ラベルの表示間隔を制御する。

getLabelLength(Graphics, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のメソッド

軸ラベルの表示

getLabelLength(Graphics, String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

軸ラベルの表示

getLastXYSeriesCollection() - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getLastXYSeriesCollection() - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getLauncher() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag attribute "launch" from file protocol.

getLegend() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のメソッド

getLegend() - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot のメソッド

凡例描画用のItemオブジェクトを取得する.

getLink(String) - クラス org.simBio.core.Composite のメソッド

引数のnameで指定されたxmlのlinkが指し示す対象への参照を返す。

getListValues(String) - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.ListExchanger のメソッド

getLong(long, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

インデックスと系列番号を指定して、long値を読み込む

getMaxThreads() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag attribute "threads" from file protocol.

getMultiplier() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag from file protocol.

getName() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

complete name from root.

getName(int) - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

complete name from prefix level.

getName() - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Returns the name.

getName() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesSingle のメソッド

名前(target X)を取得する.

getName() - クラス org.simBio.util.taglets.EnOff のメソッド

Return the name of this custom tag.

getName() - クラス org.simBio.util.taglets.EnOn のメソッド

Return the name of this custom tag.

getName() - クラス org.simBio.util.taglets.JaOff のメソッド

Return the name of this custom tag.

getName() - クラス org.simBio.util.taglets.JaOn のメソッド

Return the name of this custom tag.

getName() - クラス org.simBio.util.taglets.Languages のメソッド

Return the name of the custom tag.

getNewFile(String) - クラス org.simBio.util.FileHandler の static メソッド

get new File, the file, if already exist, will be renamed to the backup.

getNode(String) - クラス org.simBio.core.Composite のメソッド

serch the Node of the same name,
受け取った文字列と同じ名前の最初に見つかったNodeを返す。

getNode() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesSingle のメソッド

対応するNodeを取得する.

getNodeHierarchically(String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.VisualizeAnalyzer のメソッド

serch the Node of the same name(or upper level node). if the Node is Link, follow the Link.

getNodeIterator(Node, String) - クラス org.simBio.sim.dm.util.NodeHandler の static メソッド

getNodeIterator(Document, String) - クラス org.simBio.sim.dm.util.NodeHandler の static メソッド

getNodeList(Node, String) - クラス org.simBio.sim.dm.util.NodeHandler の static メソッド

getNodeRecursive(String) - クラス org.simBio.sim.analyzer.VisualizeAnalyzer のメソッド

serch the Node of the same name. if the Node is Link, follow the Link.

getNodesIterator() - クラス org.simBio.core.Composite のメソッド

ComponentListのIteratorを返す。

getNodesSize() - クラス org.simBio.core.Composite のメソッド

ComponentListの要素の数を返す。

getNormalizeTo() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag attribute "xpath" from file protocol.

getObserver(Conductor, XMLSerializer, Reader) - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollector のメソッド

getObserver(Conductor, XMLSerializer, Reader) - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getParam(int) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getParamLabel(int) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getParamRatio(int, int) - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getParamRatio(int, int) - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getParamRetio(int) - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getParamSize() - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getParent() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

自分が属するCompositeへの参照を返す。

getParent() - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Returns the parent.

getPos(double, IPlot) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis のメソッド

Plotから座標軸を取得する。

getPos(double, IPlot) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisX のメソッド

getPos(double, IPlot) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisXLog のメソッド

getPos(double, IPlot) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisY のメソッド

getPos(double, IPlot) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AxisYLog のメソッド

getPreferredSize() - クラス org.simBio.sim.gui.CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer のメソッド

getPrepareDouble(long, long) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

先読みキャッシュにdouble値を読み込む.

getPrepareLong(long, long) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

先読みキャッシュにlong値を読み込む.

getProtocol() - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getProtocol() - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

プロトコルXMLの名前を返す。

getProtocolAsStream() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Get protocol as stream.

getProtocolParser() - クラス org.simBio.sim.dm.ParameterChanger のメソッド

getProtocolParser() - クラス org.simBio.sim.ps.serialize.ParseXMLs のメソッド

Get ProtocolParser

getRangeMax() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.GraphReplotBuffer のメソッド

再描画バッファの最大インデックスを返す.

getRangeMin() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.GraphReplotBuffer のメソッド

再描画バッファの最小インデックスを返す.

getReadCache(long, long) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

指定した位置のデータが読まれたキャッシュを取得する。

getReciever() - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollector のメソッド

getReciever() - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getRectangleBounds() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のメソッド

getRectangleBounds() - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot のメソッド

グラフ・タイトル・凡例の描画領域を取得する.

getRectanglePage() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のメソッド

getRectanglePage() - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot のメソッド

ページ全体の領域を取得する.

getRectangleView() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のメソッド

getRectangleView() - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot のメソッド

グラフ本体の描画領域を取得する.

getRoot() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

自分が属するinstance treeのrootへの参照を返す。

getRoot() - クラス org.simBio.sim.gui.DataListTable のメソッド

getRootExchanger() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.ExchangerFactory のメソッド

getScaleHeight() - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.ICanvas のメソッド

scaling factor = reference height (0.01 mm) / physical height (pixel)

getScaleHeight() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

scaling factor = reference height (0.01 mm) / physical height (pixel)

getScaleWidth() - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.ICanvas のメソッド

scaling factor = reference width (0.01 mm) / physical width (pixel)

getScaleWidth() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

scaling factor = reference width (0.01 mm) / physical width (pixel)

getSerializer(File) - クラス org.simBio.serialize.SerializerFactory の static メソッド

Takes an XML file as input and returns an XMLSerializer which can parse it.

getSerializer(InputSource) - クラス org.simBio.serialize.SerializerFactory の static メソッド

Takes an XML input source as a parameter and returns an XMLSerializer to parse the XML.

getSerializer(InputSource, ClassLoader) - クラス org.simBio.serialize.SerializerFactory の static メソッド

Takes an XML input source and a class loader as parameters and returns an XMLSerializer to parse the XML.

getSeries() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

系列数を取得する.

getSeriesName(int) - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getSeriesName(int) - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getSeriesName() - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getSettings() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag attribute "settings" from file protocol.

getShortName() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

short name
短い名前を返す。

getSingleNode(Node, String) - クラス org.simBio.sim.dm.util.NodeHandler の static メソッド

getSingleNode(Node, String, Node) - クラス org.simBio.sim.dm.util.NodeHandler の static メソッド

getSize() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.GraphReplotBuffer のメソッド

再描画バッファの幅（時間軸の表示ピクセル数）を返す.

getSize() - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getSize() - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getSourceActions(JComponent) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDTransferHandler のメソッド

ドラッグ用：ソースがサポートする転送アクションの種類を返します。

getStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.Exchanger のメソッド

getStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.FileNameExchanger のメソッド

getStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.ListExchanger のメソッド

getStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.NullExchanger のメソッド

getStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.exchange.NumericalExchanger のメソッド

getStateString() - クラス org.simBio.sim.dm.ParameterChanger のメソッド

getTargets(Composite) - クラス org.simBio.util.NodeHandler の static メソッド

getText() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AttributeString のメソッド

テキスト文字列を取得する.

getText() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotPrinter.TitleItem のメソッド

(内部用)文字列を取得する.

getTexts() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.PlotPrinter.LegendItem のメソッド

(内部用)文字列配列を取得する.

getTime(long) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesSingle のメソッド

指定したインデックスの時刻を取得する.

getTime(long) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues のメソッド

インデックスを指定して時刻を取得する.

getTimeMax() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.BasicGraph のメソッド

Get maximum time

getTimeMax() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesSingle のメソッド

最大時刻を取得する.

getTimeMax() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues のメソッド

最大時刻を取得する.

getTimeMin() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.BasicGraph のメソッド

Get minimum time

getTimeMin() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesSingle のメソッド

最小時刻を取得する.

getTimeMin() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues のメソッド

最小時刻を取得する.

getTimeSeries(Object) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.BasicGraph のメソッド

指定したNodeについての時系列クラスを取得する。

getTitle() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.AbstractPlot のメソッド

getTitle() - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot のメソッド

タイトル描画用のItemオブジェクトを取得する.

getTocXML() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Get Toc XML-file path.

getTransferData(DataFlavor) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDTransferBean のメソッド

getTransferDataFlavors() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDTransferBean のメソッド

自クラスの転送可能な DataFlavor 配列を返す。

getTreeCellEditorComponent(JTree, Object, boolean, boolean, boolean, int) - クラス org.simBio.sim.gui.CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer のメソッド

getTreeCellRendererComponent(JTree, Object, boolean, boolean, boolean, int, boolean) - クラス org.simBio.sim.gui.CheckedJTree.CheckedJTreeCellRenderer のメソッド

getUnits() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

Returns the units.

getUnits() - クラス org.simBio.core.Initializer のメソッド

Returns the units.

getValue() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

always throws UnsupportedOperationException, need to implement 'Node'

getValue() - クラス org.simBio.core.integrator.Concentration のメソッド

getValue() - インタフェース org.simBio.core.Node のメソッド

return current value
現在値を返す。

getValue() - クラス org.simBio.core.Parameter のメソッド

getValue(long) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesSingle のメソッド

指定したインデックスのデータを取得する.

getValue(long, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues のメソッド

インデックスを指定して計算値を取得する.

getValues(String) - クラス org.simBio.util.CsvHandler の static メソッド

getValueString() - クラス org.simBio.core.Component のメソッド

文字列として現在値を返す。

getValueString() - クラス org.simBio.core.integrator.Concentration のメソッド

getValueString() - クラス org.simBio.core.Parameter のメソッド

getWHratio() - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.IViewer のメソッド

getWHratio() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Viewer のメソッド

getWHratio() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Viewer のメソッド

getWidth(Graphics2D) - インタフェース org.simBio.sim.analyzer.graph.plot.IPlot.Item のメソッド

描画に必要な横幅を取得する.

getWriteBufferCapacity() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.results.CachedBuffer のメソッド

書き込みバッファの容量を取得する.

getWriter() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read tag from file protocol.

getXmlName(int) - インタフェース org.simBio.sim.ps.ICollection のメソッド

getXmlName(int) - クラス org.simBio.sim.ps.ParameterSpace のメソッド

getXmlName() - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getXmlRootDir() - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Get XML root dir.

getXMLs() - クラス org.simBio.sim.ps.serialize.ParseXMLs のメソッド

Query XML-files.

getXpath(String) - クラス org.simBio.sim.dm.ProtocolParser のメソッド

Read input parameter xpath from file protocol.

getXYSeriesCollection() - インタフェース org.simBio.sim.ps.ITimeSeries のメソッド

getXYSeriesCollection() - クラス org.simBio.sim.ps.Result のメソッド

getXYSerieses(BufferedReader) - クラス org.simBio.util.CsvHandler の static メソッド

convert csv file to XYSeriesCollection.

getXYSeriesLabel() - インタフェース org.simBio.sim.ps.ITimeSeries のメソッド

GH - クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.GapJunction の変数

conductance at high state (pS)

gHH - クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.GapJunction の変数

conductance of HH state

gHL - クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.GapJunction の変数

conductance of HL state

ginfi - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.Release の変数

gj - クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.JunctionalConductance の変数

the unitary conductance of gap junction channels (pS)

GK - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.IKpl の変数

channel conductance

GK - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.IKpl の変数

channel conductance

gK1 - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.IK1 の変数

gKr - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.IKr の変数

gKs - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.IKs の変数

GL - クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.GapJunction の変数

conductance at low state (pS)

gLH - クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.GapJunction の変数

conductance of LH state

gLL - クラス org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001.GapJunction の変数

conductance of LL state

globalPropertyFile - クラス org.simBio.sim.gui.Constant の static 変数

グローバルプロパティファイル名（ホームディレクトリ上）

gmaxrel - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.RyR の変数

gNa - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.INa の変数

gNab - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.INab の変数

GradientP - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function の クラス

proton driving force dP = 1/(1 - u) * dpH

GradientP() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.GradientP のコンストラクタ

GradientpH - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function の クラス

proton gradient on mitochondrial inner membrane.

GradientpH() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.GradientpH のコンストラクタ

Graph - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

2D graph 時系列データを表示するGraph(最適化済).

Graph() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Graph のコンストラクタ

Graph - org.simBio.sim.analyzer.graph.simple の クラス

2D graph. axis x is time.

Graph() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Graph のコンストラクタ

Graph4State - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

targetを、面として表示する. 線・点の描画メソッドをoverrideして、面を描画するようにしています。

Graph4State() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Graph4State のコンストラクタ

Graph4State - org.simBio.sim.analyzer.graph.simple の クラス

Graph4State() - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Graph4State のコンストラクタ

graphics2d - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.BasicGraph の変数

analyze() 時に描画するためのGraphics2D

GraphReplotBuffer - org.simBio.sim.analyzer.graph の クラス

グラフの高速再描画用バッファ. 時系列グラフを高速に再描画するために、X軸(=時間軸)方向の1ピクセルに、多数の 計算結果をプロットすることをせずに、 X軸(=時間軸)方向の1ピクセル単位での、最大・最小値を格納しておき、描画時は線を 引くことで高速描画を行えるようにする。

GraphReplotBuffer(Graph, IPlot, TimeSeriesValues, int) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.GraphReplotBuffer のコンストラクタ

graphs - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph_KA の変数

gridStep - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis の変数

gridStep - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Axis の変数

Gs - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.BetaAR_Gs の変数

free gs_protein concentration

Gs_alpha_GDP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.BetaAR_Gs の変数

Multi newton raphson function

Gs_alpha_GTP - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.CAMP の変数

Gs_alpha GTP-form concentration (mM)

Gs_alpha_GTP_AC - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.CAMP の変数

Gs_alpha_GTP and AC complex concentration (mM)

Gs_alpha_GTPtot - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.BetaAR_Gs の変数

Multi newton raphson function

Gs_alpha_GTPtot - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.CAMP の変数

Gs_alpha_GTP total concentration (mM)

Gs_beta_gamma - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.BetaAR_Gs の変数

gs_beta_gamma_protein concentration

Gstot - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.BetaAR_Gs の変数

total gs_protein concentration

gtau - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.Release の変数

gto - クラス org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current.Ito の変数

GUI - org.simBio.sim.gui の クラス

Graphical User Interface, which has a tree-table and panel.

GUI(String) - クラス org.simBio.sim.gui.GUI のコンストラクタ

Constructor for Controller.

GUI.JPrintablePanel - org.simBio.sim.gui の クラス

GUI.JPrintablePanel() - クラス org.simBio.sim.gui.GUI.JPrintablePanel のコンストラクタ