org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.molecule
クラス CaBuffer_RK

java.lang.Object
  上位を拡張 org.simBio.core.Component
      上位を拡張 org.simBio.core.Parameter
          上位を拡張 org.simBio.core.Composite
              上位を拡張 org.simBio.core.Reactor
                  上位を拡張 org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Buffer
                      上位を拡張 org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.molecule.CaBuffer_RK
すべての実装されたインタフェース:
Node

public class CaBuffer_RK
extends Buffer

Calculate using ordinary differential equation, working with analytic buffer.

バージョン:
$Revision: 1.1 $
作成者:
biosim

フィールドの概要
 double alpha
          association constant (/ms)
 Node Ca
          free Ca concentration (mM)
 Node CaTotal
          total Ca concentration (mM)
 double Km
          Michaelis constant (mM)
 
クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Buffer から継承されたフィールド
free, total
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド
value
 
コンストラクタの概要
CaBuffer_RK()
           
 
メソッドの概要
protected  void calculate(double t)
          write equations here, and calculate dy over dt.
protected  void prepare()
          親が自分と同じ名前のpublic doubleを持っていれば、自分の値を設定する。
 
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド
addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField
 
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks
 
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド
addDydt, addValue, getValue, setValue
 

フィールドの詳細

Ca

public Node Ca
free Ca concentration (mM)


CaTotal

public Node CaTotal
total Ca concentration (mM)


Km

public double Km
Michaelis constant (mM)


alpha

public double alpha
association constant (/ms)

コンストラクタの詳細

CaBuffer_RK

public CaBuffer_RK()
メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)
クラス Reactor の記述:
write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:
クラス Reactor 内の calculate
パラメータ:
t - elapsed time (ms)

prepare

protected void prepare()
クラス Parameter の記述:
親が自分と同じ名前のpublic doubleを持っていれば、自分の値を設定する。

オーバーライド:
クラス Parameter 内の prepare
関連項目:
Component.prepare()


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