org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function
クラス ConcentrationAMP

java.lang.Object
  上位を拡張 org.simBio.core.Component
      上位を拡張 org.simBio.core.Parameter
          上位を拡張 org.simBio.core.Composite
              上位を拡張 org.simBio.core.Reactor
                  上位を拡張 org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MassConservation2
                      上位を拡張 org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function.ConcentrationAMP
すべての実装されたインタフェース:
Node

public class ConcentrationAMP
extends MassConservation2

calculation of AMP concentration (conformed to mass conservation law).

  [Adenosine]total_cell = [ATP]cell + [ADP]cell + [AMP] + [cAMP]
  [AMP] = [Adenosine]total_cell - [ATP]cell - [ADP]cell - [cAMP]
 

バージョン:
$Id: ConcentrationAMP.java,v 1.1 2007/12/15 07:21:54 nsarai Exp $
作成者:
SAITO Ryuta
関連項目:
Kuzumoto et al, 2007., Matsuoka et al. 2004., Korzeniewski & Zoladz 2001., XML example, explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要
 Node ADPtotal
           
 Node ATPtotal
           
 Node cAMP
           
 double TotalAdenosine
          total adenosine concentration
 
クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MassConservation2 から継承されたフィールド
other1, other2, total
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド
value
 
コンストラクタの概要
ConcentrationAMP()
           
 
メソッドの概要
protected  void calculate(double t)
          write equations here, and calculate dy over dt.
 
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド
addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField
 
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks
 
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド
addDydt, addValue, getValue, setValue
 

フィールドの詳細

ATPtotal

public Node ATPtotal

ADPtotal

public Node ADPtotal

cAMP

public Node cAMP

TotalAdenosine

public double TotalAdenosine
total adenosine concentration

コンストラクタの詳細

ConcentrationAMP

public ConcentrationAMP()
メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)
クラス Reactor の記述:
write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

オーバーライド:
クラス MassConservation2 内の calculate
パラメータ:
t - elapsed time (ms)


???(C) 2002-2007 ?????????????????????