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概要: 入れ子 | フィールド | コンストラクタ | メソッド | 詳細: フィールド | コンストラクタ | メソッド |
java.lang.Object org.simBio.core.Component org.simBio.core.Parameter org.simBio.core.Composite org.simBio.core.Reactor org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.CAMP
public class CAMP
cAMP module.
F7: AC=ACtot-Gs_alpha_GTP_AC F8: Gs_alpha_GTP_AC=Gs_alpha_GTP*AC/K_Gs_alpha F9: Gs_alpha_GTP=Gs_alpha_GTPtot-Gs_alpha_GTP_AC
フィールドの概要 | |
---|---|
Node |
AC
Adenylate cyclase concentration (mM) |
double |
ACtot
total adenylate cyclase concentration (mM) |
Node |
ATP
ATP concentration (mM) |
Node |
cAMP
Phosphodiesterase concentration (mM) |
Node |
cAMPtot
total cAMP concentration (mM) |
Node |
Gs_alpha_GTP
Gs_alpha GTP-form concentration (mM) |
Node |
Gs_alpha_GTP_AC
Gs_alpha_GTP and AC complex concentration (mM) |
Node |
Gs_alpha_GTPtot
Gs_alpha_GTP total concentration (mM) |
double |
k_AC_basal
rate constant |
double |
k_AC_Gs_alpha
rate constant |
double |
K_Gs_alpha
rate constant |
double |
k_PDE
rate constant |
double |
Km_basal
Km value |
double |
Km_Gs_alpha_GTP
Km value |
double |
Km_PDE
Km value |
Node |
PDE
Phosphodiesterase concentration (mM) |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド |
---|
value |
コンストラクタの概要 | |
---|---|
CAMP()
|
メソッドの概要 | |
---|---|
protected void |
calculate(double t)
write equations here, and calculate dy over dt. |
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド |
---|
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド |
---|
addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField |
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド |
---|
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks |
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド |
---|
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait |
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド |
---|
addDydt, addValue, getValue, setValue |
フィールドの詳細 |
---|
public Node AC
public Node Gs_alpha_GTP
public Node Gs_alpha_GTP_AC
public Node Gs_alpha_GTPtot
public double K_Gs_alpha
public double ACtot
public Node cAMP
public Node cAMPtot
public Node ATP
public Node PDE
public double k_AC_basal
public double k_PDE
public double k_AC_Gs_alpha
public double Km_basal
public double Km_PDE
public double Km_Gs_alpha_GTP
コンストラクタの詳細 |
---|
public CAMP()
メソッドの詳細 |
---|
protected void calculate(double t)
Reactor
の記述:
Reactor
内の calculate
t
- elapsed time (ms)
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