org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule
クラス PKA

java.lang.Object
  上位を拡張 org.simBio.core.Component
      上位を拡張 org.simBio.core.Parameter
          上位を拡張 org.simBio.core.Composite
              上位を拡張 org.simBio.core.Reactor
                  上位を拡張 org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule.PKA
すべての実装されたインタフェース:
Node

public class PKA
extends Reactor

PKA module.

   Broyden method function(F)
   F0: cAMP=cAMPtot-(ARCI+2.0*A2RCI+2.0*A2RI)
   F1: PKA=2.0*PKAItot-(RCI+ARCI+A2RCI+PKACI_PKI)
 

バージョン:
$Id: PKA.java,v 1.1 2007/12/15 07:21:54 nsarai Exp $
作成者:
M. Kuzumoto
関連項目:
Kuzumoto et al, 2007.

フィールドの概要
 Node A2RCI
          A2RCI concentration (mM)
 Node A2RI
          A2RI concentration (mM)
 Node ARCI
          ARCI concentration (mM)
 Node cAMP
          cAMP concentration (mM)
 Node cAMPtot
          total cAMP concentration (mM)
 MathMultivariableFunction f13
          Broyden function
 MathMultivariableFunction f14
           
 double KA
           
 double KB
           
 double KD
           
 double KPKI
           
 Node PKA
          PKA concentration (mM)
 Node PKACI_PKI
          PKA and PKI complex concentration (mM)
 double PKAtot
           
 Node PKI
          protein kinase inhibitor (mM)
 double PKItot
           
 Node RCI
          RCI concentration (mM)
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド
value
 
コンストラクタの概要
PKA()
           
 
メソッドの概要
protected  void calculate(double t)
          write equations here, and calculate dy over dt.
protected  void prepare()
          親が自分と同じ名前のpublic doubleを持っていれば、自分の値を設定する。
 
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド
addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField
 
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks
 
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド
addDydt, addValue, getValue, setValue
 

フィールドの詳細

cAMPtot

public Node cAMPtot
total cAMP concentration (mM)


cAMP

public Node cAMP
cAMP concentration (mM)


PKA

public Node PKA
PKA concentration (mM)


ARCI

public Node ARCI
ARCI concentration (mM)


A2RCI

public Node A2RCI
A2RCI concentration (mM)


A2RI

public Node A2RI
A2RI concentration (mM)


RCI

public Node RCI
RCI concentration (mM)


PKACI_PKI

public Node PKACI_PKI
PKA and PKI complex concentration (mM)


PKI

public Node PKI
protein kinase inhibitor (mM)


PKAtot

public double PKAtot

KPKI

public double KPKI

PKItot

public double PKItot

KA

public double KA

KB

public double KB

KD

public double KD

f13

public MathMultivariableFunction f13
Broyden function


f14

public MathMultivariableFunction f14
コンストラクタの詳細

PKA

public PKA()
メソッドの詳細

prepare

protected void prepare()
クラス Parameter の記述:
親が自分と同じ名前のpublic doubleを持っていれば、自分の値を設定する。

オーバーライド:
クラス Parameter 内の prepare
関連項目:
Component.prepare()

calculate

protected void calculate(double t)
クラス Reactor の記述:
write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:
クラス Reactor 内の calculate
パラメータ:
t - elapsed time (ms)


???(C) 2002-2007 ?????????????????????