org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier
クラス ICaPump

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter
                      org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.Carrier
                          org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.ICaPump

すべての実装されたインタフェース:

Node

直系の既知のサブクラス:

ICaPump

public class ICaPump
extends Carrier

Ca pump on network SR. Modified on 2004/7/24 to calculate ATP consumption

バージョン:

$Revision: 1.1 $

作成者:

Nobuaki Sarai, modified by B.J Kim

関連項目:

Equation (26) -(37) of Table 7 in Matsuoka et al, 2003,
XML example,
explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	ATP intracellular ATP concentration (mM)
Node	ATPconsumingRate consuming rate of ATP; (mM/min)
Node	ATPconsumption ATP consumed at the time t (mM)
Node	Cai Ca2+ concentration in cytoplasm (mM)
Node	Cao Ca2+ concentration in SR (mM, uptake site compartment)
protected double	dATP variation of ATP concentration (mM/ms)
Node	F Faradey constant
double	KmATP mM, dissociation const for ATP binding within cytoplasm
double	KmCaCp mM, dissociation const for Ca binding within cytoplasm
double	KmCaSR mM, dissociation const for Ca binding within SR
double	t0 a starting time point for calculation of ATPconsumingRate
Node	Vi cell volume accessible for ion diffusion

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.Carrier から継承されたフィールド

amplitude, Cm, E1A, E1B, E2A, E2B, gate, k1, k2, k3, k4, stoichiometryCa, stoichiometryK, stoichiometryNa

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter から継承されたフィールド

cCa, CCa, cK, CK, cNa, CNa, current, currentCa, currentK, currentNa, total

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ICaPump()

メソッドの概要

protected void	calculate(double t) calculate total charge movement using reduced 2 state model 2 state gateを用いて電流を計算する
void	prepare() construct null current

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

Cai

public Node Cai

Ca2+ concentration in cytoplasm (mM)

Cao

public Node Cao

Ca2+ concentration in SR (mM, uptake site compartment)

ATP

public Node ATP

intracellular ATP concentration (mM)

Vi

public Node Vi

cell volume accessible for ion diffusion

F

public Node F

Faradey constant

ATPconsumption

public Node ATPconsumption

ATP consumed at the time t (mM)

ATPconsumingRate

public Node ATPconsumingRate

consuming rate of ATP; (mM/min)

t0

public double t0

a starting time point for calculation of ATPconsumingRate

dATP

protected double dATP

variation of ATP concentration (mM/ms)

KmCaSR

public double KmCaSR

mM, dissociation const for Ca binding within SR

KmCaCp

public double KmCaCp

mM, dissociation const for Ca binding within cytoplasm

KmATP

public double KmATP

mM, dissociation const for ATP binding within cytoplasm

コンストラクタの詳細

ICaPump

public ICaPump()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Carrier の記述:

calculate total charge movement using reduced 2 state model
2 state gateを用いて電流を計算する

オーバーライド:

クラス Carrier 内の calculate

パラメータ:

t - time

prepare

public void prepare()

クラス MembraneTransporter の記述:

construct null current

オーバーライド:

クラス MembraneTransporter 内の prepare

関連項目:

Component.prepare()