org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf
クラス ICaL

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter
                      org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.CfChannel
                          org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.ICaL

すべての実装されたインタフェース:

Node

直系の既知のサブクラス:

ICaL

public class ICaL
extends CfChannel

L-type Ca channel. voltage gated, 4 state voltage gate, from Shirokov et al. 1993, 4 state Calcium gate, from Shirokov et al. 1993, ultra-slow inactivation, ATP Dependency from Noma& Shibasaki 1985 J.Physiol,363:441-462

導入されたバージョン:

rc20

バージョン:

$Log: ICaL.java,v $ Revision 1.1 2005/11/01 06:32:39 mikaelwing First version of simBio hosted on sourceforge, version 0.3 Revision 1.2 2005/10/18 03:02:23 sarai order field Revision 1.1 2005/09/12 04:57:20 sarai rearrenge folder structure as a Maven style Revision 1.3 2005/08/04 07:13:47 sarai merge with branch dev_terashima_et_al_2005 2004/12/27 05:04:30 The javadoc comments are revised
2004/12/27 01:02:18 Vshift affects only 4 state voltage gate
2004/11/22 00:29:30 introduced voltage shift, revise javadoc

作成者:

Nobuaki Sarai, Kim

関連項目:

Equation (16) to (41) of Table 4 in Matsuoka et al, 2003
XML example
explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	ATP intracellular ATP concentration (mM)
Node	CaDiadic local Ca2+ concentration near the mouth of L-type Ca channel (mM)
Node	Cai intracellular calcium concentration (mM)
Node	gate ultra-slow gate probability
Node	pAI AI state probability for voltage-dependent gate
Node	pAP AP state probability for voltage-dependent gate
Node	pC C state probability for calcium-dependent gate
Node	pRP PR state probability for voltage-dependent gate
Node	pU U state probability for calcium-dependent gate
Node	pUCa UCa state probability for calcium-dependent gate
Node	sumCa integration of ICaL
Node	Vm membrane potential (mV)
double	Vshift a shift of activation potential for 4 state voltage gate

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf.CfChannel から継承されたフィールド

constantFieldCa, constantFieldK, constantFieldNa, permeabilityCa, permeabilityK, permeabilityNa, pOpen

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter から継承されたフィールド

cCa, CCa, cK, CK, cNa, CNa, current, currentCa, currentK, currentNa, total

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ICaL()

メソッドの概要

protected void	calculate(double t) Compartmentの電流に足し合わせる。
protected void	prepare() construct null current

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

Vm

public Node Vm

membrane potential (mV)

Vshift

public double Vshift

a shift of activation potential for 4 state voltage gate

Cai

public Node Cai

intracellular calcium concentration (mM)

ATP

public Node ATP

intracellular ATP concentration (mM)

gate

public Node gate

ultra-slow gate probability

pRP

public Node pRP

PR state probability for voltage-dependent gate

pAP

public Node pAP

AP state probability for voltage-dependent gate

pAI

public Node pAI

AI state probability for voltage-dependent gate

pC

public Node pC

C state probability for calcium-dependent gate

pU

public Node pU

U state probability for calcium-dependent gate

pUCa

public Node pUCa

UCa state probability for calcium-dependent gate

CaDiadic

public Node CaDiadic

local Ca2+ concentration near the mouth of L-type Ca channel (mM)

sumCa

public Node sumCa

integration of ICaL

コンストラクタの詳細

ICaL

public ICaL()

メソッドの詳細

prepare

protected void prepare()

クラス MembraneTransporter の記述:

construct null current

オーバーライド:

クラス MembraneTransporter 内の prepare

関連項目:

Component.prepare()

calculate

protected void calculate(double t)

クラス MembraneTransporter の記述:

Compartmentの電流に足し合わせる。

オーバーライド:

クラス CfChannel 内の calculate

パラメータ:

t - time

関連項目:

Reactor.calculate(double)