org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel
クラス IRyR

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter
                      org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel.Channel
                          org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel.IRyR

すべての実装されたインタフェース:

Node

直系の既知のサブクラス:

IRyR

public class IRyR
extends Channel

Calcium releasing channel on SR.

導入されたバージョン:

rc20

バージョン:

$Revision: 1.1 $

作成者:

Nobuaki Sarai, modified by Kim, modified by Hiroyuki Nakai

関連項目:

Equation (1) to (7) of Table 8 in Matsuoka et al, 2003
XML example
explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	CaDiadic local Ca2+ concentration near the mouth of RyR channel
Node	Cai intracellular calcium concentration (mM)
Node	Cao extracellular calcium concentration (mM)
Node	close close state probability
double	diadicFactor Ca diadicFactor
Node	open open state probability
double	pClose close state probability
double	permeabilityCa membrane permeability
double	pOpen open state probability
Node	sumCa integration of IRyR

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel.Channel から継承されたフィールド

Vm

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter から継承されたフィールド

cCa, CCa, cK, CK, cNa, CNa, current, currentCa, currentK, currentNa, total

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

IRyR()

メソッドの概要

protected void	calculate(double t) Compartmentの電流に足し合わせる。
protected void	prepare() construct null current

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

pOpen

public double pOpen

open state probability

pClose

public double pClose

close state probability

open

public Node open

open state probability

close

public Node close

close state probability

Cai

public Node Cai

intracellular calcium concentration (mM)

Cao

public Node Cao

extracellular calcium concentration (mM)

CaDiadic

public Node CaDiadic

local Ca2+ concentration near the mouth of RyR channel

sumCa

public Node sumCa

integration of IRyR

diadicFactor

public double diadicFactor

Ca diadicFactor

permeabilityCa

public double permeabilityCa

membrane permeability

コンストラクタの詳細

IRyR

public IRyR()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス MembraneTransporter の記述:

Compartmentの電流に足し合わせる。

オーバーライド:

クラス MembraneTransporter 内の calculate

パラメータ:

t - time

prepare

protected void prepare()

クラス MembraneTransporter の記述:

construct null current

オーバーライド:

クラス MembraneTransporter 内の prepare

関連項目:

Component.prepare()