Analytic_RK (simBio API)

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概要: 入れ子 | フィールド | コンストラクタ | メソッド

詳細: フィールド | コンストラクタ | メソッド

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca
クラス Analytic_RK

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Buffer
                      org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.Analytic_RK

すべての実装されたインタフェース:: Node

public class Analytic_RK
extends Buffer
extends Buffer

instantaneous Ca buffer using analytic equation as for Zeng et al, 1995. has a value of [buffer-Ca].

バージョン:: $Id: Analytic_RK.java,v 1.5 2007/10/15 08:45:51 nsarai Exp $
作成者:: Nobuaki Sarai, Kim
関連項目:: Zeng et al, 1995
XML example
explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要
`Node`	`Ca` free calcium concentration (mM)
`Node`	`CaTotal` total calcium concentration (free calcium + buffered calcium + influx/efflux calcium) (mM)
`double`	`Km` buffering kinetics (mM)

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Buffer から継承されたフィールド
`free, total`

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド
`value`

コンストラクタの概要
`Analytic_RK()`

メソッドの概要
`protected void`	`calculate(double t)` write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド
`accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize`

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド
`addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField`

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド
`addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks`

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド
`clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait`

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド
`addDydt, addValue, getValue, setValue`

フィールドの詳細

Km

public double Km

buffering kinetics (mM)

Ca

public Node Ca

free calcium concentration (mM)

CaTotal

public Node CaTotal

total calcium concentration (free calcium + buffered calcium + influx/efflux calcium) (mM)

コンストラクタの詳細

Analytic_RK

public Analytic_RK()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:: クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:: t - elapsed time (ms)

概要