org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function
クラス ConcentrationCyta2

java.lang.Object
  上位を拡張 org.simBio.core.Component
      上位を拡張 org.simBio.core.Parameter
          上位を拡張 org.simBio.core.Composite
              上位を拡張 org.simBio.core.Reactor
                  上位を拡張 org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationCyta2
すべての実装されたインタフェース:
Node

public class ConcentrationCyta2
extends Reactor

Calculation of the concentration of Cytochrome a2+

  [Cyt a2+] = [Cyt a]total/(1 + A_3/2)
 where;
  A_3/2 = 10^((Ema - Ema0)/Z) :ratio of oxidized cytochrome a3 to reduced cytochrome a3
 

導入されたバージョン:
rc20
バージョン:
$Log: ConcentrationCyta2.java,v $ Revision 1.1 2005/11/01 06:32:39 mikaelwing First version of simBio hosted on sourceforge, version 0.3 Revision 1.1 2005/09/12 04:57:24 sarai rearrenge folder structure as a Maven style Revision 1.2 2005/08/04 08:43:04 sarai revise Javadoc to suppress Warnings
2005/02/01 08:51:20 Some comments were updated to make Javadoc.
2004/12/17 05:43:03 update
2004/09/16 10:32:07 Created
作成者:
SAITO Ryuta
関連項目:
Matsuoka et al. (2004) Korzeniewski & Zoladz (2001)
ConcentrationCyta XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要
 Node Ema
          redox potential of cytochrome a
 double Ema0
          standard free-energy change
 double total
          total concentration of cytochrome a
 Node Zvalue
          Z = 2.303 * R * T / F
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド
value
 
コンストラクタの概要
ConcentrationCyta2()
           
 
メソッドの概要
protected  void calculate(double t)
          write equations here, and calculate dy over dt.
 
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド
addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField
 
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks
 
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド
addDydt, addValue, getValue, setValue
 

フィールドの詳細

Ema

public Node Ema
redox potential of cytochrome a


Ema0

public double Ema0
standard free-energy change


total

public double total
total concentration of cytochrome a


Zvalue

public Node Zvalue
Z = 2.303 * R * T / F

コンストラクタの詳細

ConcentrationCyta2

public ConcentrationCyta2()
メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)
クラス Reactor の記述:
write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:
クラス Reactor 内の calculate
パラメータ:
t - elapsed time (ms)


???(C) 2002-2007 ?????????????????????