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概要: 入れ子 | フィールド | コンストラクタ | メソッド | 詳細: フィールド | コンストラクタ | メソッド |
java.lang.Object org.simBio.core.Component org.simBio.core.Parameter org.simBio.core.Composite org.simBio.core.Reactor org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationCyta2
public class ConcentrationCyta2
Calculation of the concentration of Cytochrome a2+
[Cyt a2+] = [Cyt a]total/(1 + A_3/2) where; A_3/2 = 10^((Ema - Ema0)/Z) :ratio of oxidized cytochrome a3 to reduced cytochrome a3
フィールドの概要 | |
---|---|
Node |
Ema
redox potential of cytochrome a |
double |
Ema0
standard free-energy change |
double |
total
total concentration of cytochrome a |
Node |
Zvalue
Z = 2.303 * R * T / F |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド |
---|
value |
コンストラクタの概要 | |
---|---|
ConcentrationCyta2()
|
メソッドの概要 | |
---|---|
protected void |
calculate(double t)
write equations here, and calculate dy over dt. |
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド |
---|
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド |
---|
addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField |
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド |
---|
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks |
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド |
---|
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait |
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド |
---|
addDydt, addValue, getValue, setValue |
フィールドの詳細 |
---|
public Node Ema
public double Ema0
public double total
public Node Zvalue
コンストラクタの詳細 |
---|
public ConcentrationCyta2()
メソッドの詳細 |
---|
protected void calculate(double t)
Reactor
の記述:
Reactor
内の calculate
t
- elapsed time (ms)
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