org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function
クラス MetalFreeConcentration

java.lang.Object
  上位を拡張 org.simBio.core.Component
      上位を拡張 org.simBio.core.Parameter
          上位を拡張 org.simBio.core.Composite
              上位を拡張 org.simBio.core.Reactor
                  上位を拡張 org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MetalFreeConcentration
すべての実装されたインタフェース:
Node

public class MetalFreeConcentration
extends Reactor

free concentration of metal affinity molecule

  [A]free = [A]total / (1 + [metal]free / kD)
 

導入されたバージョン:
rc20
バージョン:
$Log: MetalFreeConcentration.java,v $ Revision 1.1 2005/11/01 06:32:39 mikaelwing First version of simBio hosted on sourceforge, version 0.3 Revision 1.1 2005/09/12 04:57:23 sarai rearrenge folder structure as a Maven style Revision 1.2 2005/08/04 08:43:04 sarai revise Javadoc to suppress Warnings
2005/02/01 08:51:20 Some comments were updated to make Javadoc.
2004/12/17 05:43:03 update
2004/09/16 10:32:07 Created
作成者:
SAITO Ryuta
関連項目:
Matsuoka et al. (2004) Korzeniewski & Zoladz (2001)
MetalFreeConcentration XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要
 double kD
          metal affinity parameter
 Node metal
          metal ion concentration
 Node total
          total concentration
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド
value
 
コンストラクタの概要
MetalFreeConcentration()
           
 
メソッドの概要
protected  void calculate(double t)
          write equations here, and calculate dy over dt.
 
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド
addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField
 
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks
 
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド
addDydt, addValue, getValue, setValue
 

フィールドの詳細

total

public Node total
total concentration


metal

public Node metal
metal ion concentration


kD

public double kD
metal affinity parameter

コンストラクタの詳細

MetalFreeConcentration

public MetalFreeConcentration()
メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)
クラス Reactor の記述:
write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:
クラス Reactor 内の calculate
パラメータ:
t - elapsed time (ms)


???(C) 2002-2007 ?????????????????????