org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function
クラス RedoxPotential

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.RedoxPotential

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class RedoxPotential
extends Reactor

Calculation of the redox potential.

  Em = Em0 + Zscale*Z/2*log([A]/[B])
 

導入されたバージョン:

rc20

バージョン:

$Log: RedoxPotential.java,v $ Revision 1.1 2005/11/01 06:32:39 mikaelwing First version of simBio hosted on sourceforge, version 0.3 Revision 1.1 2005/09/12 04:57:24 sarai rearrenge folder structure as a Maven style Revision 1.2 2005/08/04 08:43:04 sarai revise Javadoc to suppress Warnings
2005/02/01 08:51:20 Some comments were updated to make Javadoc.
2004/12/17 05:43:03 update
2004/09/16 10:32:07 Created

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Matsuoka et al. (2004) Korzeniewski & Zoladz (2001)
RedoxPotential XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

double	Em0 standard free-energy chage of reaction
Node	Product product and substrate concentrations of reaction
Node	Substrate product and substrate concentrations of reaction
double	Zscale scale factor of Z
double	Zvalue Z = 2.303 * R * T / F

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

RedoxPotential()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

Product

public Node Product

product and substrate concentrations of reaction

Substrate

public Node Substrate

product and substrate concentrations of reaction

Em0

public double Em0

standard free-energy chage of reaction

Zvalue

public double Zvalue

Z = 2.303 * R * T / F

Zscale

public double Zscale

scale factor of Z

コンストラクタの詳細

RedoxPotential

public RedoxPotential()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)