org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule
クラス Diffusion

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Diffusion

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class Diffusion
extends Reactor

calculation of diffusion equation.

導入されたバージョン:

rc20

バージョン:

$Log: Diffusion.java,v $ Revision 1.1 2005/11/01 06:32:38 mikaelwing First version of simBio hosted on sourceforge, version 0.3 Revision 1.1 2005/09/12 04:57:10 sarai rearrenge folder structure as a Maven style Revision 1.2 2005/08/04 08:43:05 sarai revise Javadoc to suppress Warnings
2005/02/01 09:50:01 Some comments were updated to make Javadoc.
2004/12/20 09:29:07 Type of the Oxygen is checked instead of using flag
2004/09/29 04:10:25 Created

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

double	constant rate constant of diffusion
Node	external external concentration
Node	internal internal concentration

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

Diffusion()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

internal

public Node internal

internal concentration

external

public Node external

external concentration

constant

public double constant

rate constant of diffusion

コンストラクタの詳細

Diffusion

public Diffusion()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)