org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain
クラス ATPsynthase

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ATPsynthase

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class ATPsynthase
extends Reactor

Mitochondrial F1/F0 ATP Synthase.

 vSN = kSN * (gamma - 1) / (gamma + 1)
 gamma = 10^(dGSN / Zett)
 dGSN = nA * dP - dGp
 dGp = dGp0 / F + Zett * log(1000*[ATP]total_mito/[ADP]total_mito/[Pi]mito)
                (concentrations expressed in mM)
 

バージョン:

$Id: ATPsynthase.java,v 1.2 2007/11/22 06:48:21 nsarai Exp $

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Matsuoka et al. (2004), Korzeniewski & Zoladz (2001), Korzeniewski & Zoladz (2003), XML example, explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	ADPtmito total ADP concentration in mitochondrial matrix
double	Amp amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.
Node	ATPtmito total ATP concentration in mitochondrial matrix
double	dGp0 standard free-energy change of ATP synthase
Node	dP proton driving force on mitochondrial inner membrane
double	F Faraday constant
Node	Hcell proton concentration in cytosol
Node	Hmito proton concentration in mitochondrial matrix
double	kSN rata constant of ATP synthase
double	nA phenomenological H+/ATP stoichiometry of ATP synthase
Node	Pitmito inorganic phosphate concentration in mitochondrial matrix
Node	rbuffermito buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
Node	Rcm ratio of cytosol volume and mitochondria volume
double	Zvalue Z = 2.303 * R * T / F

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ATPsynthase()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

dP

public Node dP

proton driving force on mitochondrial inner membrane

Hcell

public Node Hcell

proton concentration in cytosol

Hmito

public Node Hmito

proton concentration in mitochondrial matrix

ATPtmito

public Node ATPtmito

total ATP concentration in mitochondrial matrix

ADPtmito

public Node ADPtmito

total ADP concentration in mitochondrial matrix

Pitmito

public Node Pitmito

inorganic phosphate concentration in mitochondrial matrix

Rcm

public Node Rcm

ratio of cytosol volume and mitochondria volume

rbuffermito

public Node rbuffermito

buffering capacity for proton in mitochondrial matrix

Zvalue

public double Zvalue

Z = 2.303 * R * T / F

dGp0

public double dGp0

standard free-energy change of ATP synthase

kSN

public double kSN

rata constant of ATP synthase

nA

public double nA

phenomenological H+/ATP stoichiometry of ATP synthase

F

public double F

Faraday constant

Amp

public double Amp

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

コンストラクタの詳細

ATPsynthase

public ATPsynthase()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)