org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain
クラス ComplexI

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexI

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class ComplexI
extends Reactor

NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I).

 vC1 = kC1 * dG_C1
 dG_C1 = EmU - EmN - dP * 4 / 2       : Thermodynamic span of complex I
 where;
        EmN =  EmN0 + Z/2*log([NAD+]/[NADH]): calculated in RedoxPotential.java
        EmU =  EmU0 + Z/2*log([UQ]/[UQH2])      : calculated in RedoxPotential.java
 

バージョン:

$Id: ComplexI.java,v 1.2 2007/11/22 06:48:21 nsarai Exp $

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Matsuoka et al. (2004) Korzeniewski & Zoladz (2001) Korzeniewski & Zoladz (2003)
XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

double	Amp amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.
Node	dP proton driving force on mitochondrial inner membrane
Node	EmN redox potential for NADH
Node	EmU redox potential for ubiquinone
double	kC1 rate constant of complex I

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ComplexI()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

EmN

public Node EmN

redox potential for NADH

EmU

public Node EmU

redox potential for ubiquinone

dP

public Node dP

proton driving force on mitochondrial inner membrane

kC1

public double kC1

rate constant of complex I

Amp

public double Amp

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

コンストラクタの詳細

ComplexI

public ComplexI()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)