org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain
クラス ComplexIII

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexIII

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class ComplexIII
extends Reactor

Cytochrome bc1 Complex (complex III).

 vC3 = kC3 * dG_C3
 dG_C3 = Emc - EmU - dP*(4 - 2*u)/2     : Thermodynamic span of complex III
 where;
        EmU = EmU0 + Z/2*log([UQ]/[UQH2])       : calculated in RedoxPotential.java
        Emc = Emc0 + Z*log([c3+]/[c2+])         : calculated in RedoxPotential.java
 

バージョン:

$Id: ComplexIII.java,v 1.2 2007/11/22 06:48:21 nsarai Exp $

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Matsuoka et al. (2004) Korzeniewski & Zoladz (2001) Korzeniewski & Zoladz (2003)
XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

double	Amp amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.
Node	dP proton driving force of mitochondrial inner membrane
Node	Emc redox potential for cytochrome c
Node	EmU redox potential for ubiquinone
double	kC3 rate constant of complex III
double	myu u value

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ComplexIII()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

EmU

public Node EmU

redox potential for ubiquinone

Emc

public Node Emc

redox potential for cytochrome c

myu

public double myu

u value

dP

public Node dP

proton driving force of mitochondrial inner membrane

kC3

public double kC3

rate constant of complex III

Amp

public double Amp

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

コンストラクタの詳細

ComplexIII

public ComplexIII()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)