org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule
クラス SubstrateDehydrogenation

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.SubstrateDehydrogenation

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class SubstrateDehydrogenation
extends Reactor

NADH dehydrogenation.

 vDH = kDH /(1 + KmN/([NAD]/[NADH]))^PD
 

バージョン:

$Id: SubstrateDehydrogenation.java,v 1.3 2007/11/22 06:48:21 nsarai Exp $

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Korzeniewski & Zoladz 2001 Korzeniewski & Zoladz 2003

フィールドの概要

double	Amp amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.
double	kDH rate constant of NADH dehydrogenation
double	KmN affinity of NAD/NADH for NADH dehydrogenation
Node	NAD NAD+ concentration
Node	NADH NADH concentration
double	PD power factor
Node	Rcm ratio of cytosol active volume and mitochondria volume

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

SubstrateDehydrogenation()

メソッドの概要

protected void

calculate(double arg0) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

NAD

public Node NAD

NAD+ concentration

NADH

public Node NADH

NADH concentration

Rcm

public Node Rcm

ratio of cytosol active volume and mitochondria volume

kDH

public double kDH

rate constant of NADH dehydrogenation

KmN

public double KmN

affinity of NAD/NADH for NADH dehydrogenation

PD

public double PD

power factor

Amp

public double Amp

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

コンストラクタの詳細

SubstrateDehydrogenation

public SubstrateDehydrogenation()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double arg0)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

arg0 - elapsed time (ms)