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概要: 入れ子 | フィールド | コンストラクタ | メソッド | 詳細: フィールド | コンストラクタ | メソッド |
java.lang.Object org.simBio.core.Component org.simBio.core.Parameter org.simBio.core.Composite org.simBio.core.Reactor org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.PhosphateCarrier
public class PhosphateCarrier
Phosphate Transporter.
フィールドの概要 | |
---|---|
double |
Amp
amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007. |
Node |
Hcell
proton concentration in cytosol (mM) |
Node |
Hmito
proton concentration in mitochondrial matrix (mM) |
double |
kPI
rate constant of inorganic phosphate carrier (/mM/msec) |
double |
myu
u value (=0.861) |
Node |
pHcell
pH in cytosol |
Node |
pHmito
pH in mitochondrial matrix |
Node |
Pitcell
inorganic phosphate concentration in cytosol (mM) |
Node |
Pitmito
inorganic phosphate concentration in mitochondrial matrix (mM) |
double |
pKa
acid dissociation constant |
Node |
rbuffermito
buffering capacity for proton in mitochondrial matrix |
Node |
Rcm
ratio of cytosol volume and mitochondria volume |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド |
---|
value |
コンストラクタの概要 | |
---|---|
PhosphateCarrier()
|
メソッドの概要 | |
---|---|
protected void |
calculate(double t)
write equations here, and calculate dy over dt. |
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド |
---|
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド |
---|
addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField |
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド |
---|
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks |
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド |
---|
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait |
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド |
---|
addDydt, addValue, getValue, setValue |
フィールドの詳細 |
---|
public Node Pitcell
public Node Hcell
public Node pHcell
public Node Pitmito
public Node Hmito
public Node pHmito
public Node Rcm
public Node rbuffermito
public double kPI
public double pKa
public double myu
public double Amp
コンストラクタの詳細 |
---|
public PhosphateCarrier()
メソッドの詳細 |
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protected void calculate(double t)
Reactor
の記述:
Reactor
内の calculate
t
- elapsed time (ms)
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