org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter
クラス PhosphateCarrier

java.lang.Object
  上位を拡張 org.simBio.core.Component
      上位を拡張 org.simBio.core.Parameter
          上位を拡張 org.simBio.core.Composite
              上位を拡張 org.simBio.core.Reactor
                  上位を拡張 org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.PhosphateCarrier
すべての実装されたインタフェース:
Node

public class PhosphateCarrier
extends Reactor

Phosphate Transporter.

バージョン:
$Id: PhosphateCarrier.java,v 1.2 2007/11/22 06:48:21 nsarai Exp $
作成者:
SAITO Ryuta
関連項目:
Table 12 in Matsuoka et al, 2004 Table 2 in Korzeniewski & Zoladz 2001 Korzeniewski & Zoladz 2003
XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要
 double Amp
          amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.
 Node Hcell
          proton concentration in cytosol (mM)
 Node Hmito
          proton concentration in mitochondrial matrix (mM)
 double kPI
          rate constant of inorganic phosphate carrier (/mM/msec)
 double myu
          u value (=0.861)
 Node pHcell
          pH in cytosol
 Node pHmito
          pH in mitochondrial matrix
 Node Pitcell
          inorganic phosphate concentration in cytosol (mM)
 Node Pitmito
          inorganic phosphate concentration in mitochondrial matrix (mM)
 double pKa
          acid dissociation constant
 Node rbuffermito
          buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
 Node Rcm
          ratio of cytosol volume and mitochondria volume
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド
value
 
コンストラクタの概要
PhosphateCarrier()
           
 
メソッドの概要
protected  void calculate(double t)
          write equations here, and calculate dy over dt.
 
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド
addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField
 
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks
 
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド
addDydt, addValue, getValue, setValue
 

フィールドの詳細

Pitcell

public Node Pitcell
inorganic phosphate concentration in cytosol (mM)


Hcell

public Node Hcell
proton concentration in cytosol (mM)


pHcell

public Node pHcell
pH in cytosol


Pitmito

public Node Pitmito
inorganic phosphate concentration in mitochondrial matrix (mM)


Hmito

public Node Hmito
proton concentration in mitochondrial matrix (mM)


pHmito

public Node pHmito
pH in mitochondrial matrix


Rcm

public Node Rcm
ratio of cytosol volume and mitochondria volume


rbuffermito

public Node rbuffermito
buffering capacity for proton in mitochondrial matrix


kPI

public double kPI
rate constant of inorganic phosphate carrier (/mM/msec)


pKa

public double pKa
acid dissociation constant


myu

public double myu
u value (=0.861)


Amp

public double Amp
amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

コンストラクタの詳細

PhosphateCarrier

public PhosphateCarrier()
メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)
クラス Reactor の記述:
write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:
クラス Reactor 内の calculate
パラメータ:
t - elapsed time (ms)


???(C) 2002-2007 ?????????????????????