org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter
クラス ProtonLeak

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ProtonLeak

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class ProtonLeak
extends Reactor

Proton leak from cytosol to intremitochondoria.

バージョン:

$Id: ProtonLeak.java,v 1.2 2007/11/22 06:48:21 nsarai Exp $

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Table 12 in Matsuoka et al, 2004 Table 2 in Korzeniewski & Zoladz 2001 Korzeniewski & Zoladz 2003
XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

double	Amp amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.
Node	dP proton gradient of mitohocndrial inner membrane
Node	Hcell proton concentration in cytosol (mM)
Node	Hmito proton concentration in mitohocndria (mM)
Node	kLK1 rate constant of proton leak (mM/msec)
double	kLK2 rate constant of proton leak (/mV)
Node	rbuffermito buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
Node	Rcm ratio of cytosol volume and mitochondria volume

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ProtonLeak()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

dP

public Node dP

proton gradient of mitohocndrial inner membrane

Hmito

public Node Hmito

proton concentration in mitohocndria (mM)

Hcell

public Node Hcell

proton concentration in cytosol (mM)

Rcm

public Node Rcm

ratio of cytosol volume and mitochondria volume

rbuffermito

public Node rbuffermito

buffering capacity for proton in mitochondrial matrix

kLK1

public Node kLK1

rate constant of proton leak (mM/msec)

kLK2

public double kLK2

rate constant of proton leak (/mV)

Amp

public double Amp

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

コンストラクタの詳細

ProtonLeak

public ProtonLeak()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)