org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme
クラス AK

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.AK

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class AK
extends Reactor

Adenylate Kinase (AK) System

  vAK = kf*[ADP]free_cell*[ADP]mg_cell - kb*[ATP]mg_cell*[AMP]cell
 

導入されたバージョン:

rc20

バージョン:

$Id: AK.java,v 1.2 2006/05/30 07:28:50 nsarai Exp $

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Korzeniewski & Zoladz 2001 Korzeniewski & Zoladz 2003 Thuma et al. 1972
XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	ADPfree free ADP concentration in cytosol
Node	ADPmg Mg binding ADP concentration in cytosol
Node	ADPtotal total ADP concentration in cytosol
Node	AMP AMP concentration in cytosol
Node	ATPmg Mg binding ATP concentration in cytosol
Node	ATPtotal total ATP concentration in cytosol
double	kbAK rate constant of backward reaction of adenylate kinase, (Default value: 0.683333)
double	kfAK rate constant of forward reaction of adenylate kinase, (Default value: 0.783333)

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

AK()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

ATPtotal

public Node ATPtotal

total ATP concentration in cytosol

ATPmg

public Node ATPmg

Mg binding ATP concentration in cytosol

ADPtotal

public Node ADPtotal

total ADP concentration in cytosol

ADPmg

public Node ADPmg

Mg binding ADP concentration in cytosol

ADPfree

public Node ADPfree

free ADP concentration in cytosol

AMP

public Node AMP

AMP concentration in cytosol

kfAK

public double kfAK

rate constant of forward reaction of adenylate kinase, (Default value: 0.783333)

kbAK

public double kbAK

rate constant of backward reaction of adenylate kinase, (Default value: 0.683333)

コンストラクタの詳細

AK

public AK()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)