org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme
クラス CK

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme.CK

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class CK
extends Reactor

Creatine Kinase (CK) System.

  vCK = kf*[ADP]total*[PhosphoCreatine]*[H+] - kb*[ATP]total*[Creatine]
 

導入されたバージョン:

rc20

バージョン:

$Id: CK.java,v 1.2 2006/05/30 07:28:50 nsarai Exp $

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Korzeniewski & Zoladz 2001 Korzeniewski & Zoladz 2003 Matsuoka et al. 2004
XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	ADPtotal total ADP concentration in cytosol
Node	ATPtotal total ATP concentration in cytosol
Node	Cr creatine concentration in cytosol
double	kbCK rate constant of backward reaction of creatine kinase, (Default value: 0.00000966767)
double	kfCK rate constant of forward reaction of creatine kinase, (Default value: 16.04833)
Node	PCr phosphocreatine concentration in cytosol
Node	Proton proton concentration in cytosol

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

CK()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

ATPtotal

public Node ATPtotal

total ATP concentration in cytosol

ADPtotal

public Node ADPtotal

total ADP concentration in cytosol

PCr

public Node PCr

phosphocreatine concentration in cytosol

Cr

public Node Cr

creatine concentration in cytosol

Proton

public Node Proton

proton concentration in cytosol

kfCK

public double kfCK

rate constant of forward reaction of creatine kinase, (Default value: 16.04833)

kbCK

public double kbCK

rate constant of backward reaction of creatine kinase, (Default value: 0.00000966767)

コンストラクタの詳細

CK

public CK()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)