インタフェース org.simBio.core.Node の使用 (simBio API)

概要

パッケージ

クラス

使用

階層ツリー

非推奨 API

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前次

フレームあり フレームなし

インタフェース
org.simBio.core.Node の使用

Node を使用しているパッケージ
org.simBio.bio	for the biologists.
org.simBio.bio.cor
org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current
org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function
org.simBio.bio.faber_rudy_2000.molecule
org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure
org.simBio.bio.function
org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001
org.simBio.bio.himeno_et_al_2008
org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952	Modifyed Hodgkin Huxley Squid Axon Model 1952 Explanation from CellML is as; This is Hodgkin and Huxley's inspirational work on a mathematical description of currents through the membrane of a nerve fibre (axon) in a giant squid, and their application to the modelling of excitation in the nerve.
org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex
org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current
org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux
org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.molecule
org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier
org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction
org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current
org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier
org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf
org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function
org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function	The common functions among models
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.enzyme
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.current.carrier
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.chemical
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer.Ca
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain
org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter
org.simBio.bio.negroni_lascano_1996	The contraction model proposed by Negroni and Lascano, 1996.
org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp
org.simBio.bio.noble_et_al_1998
org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function
org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics
org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure
org.simBio.bio.sarai_et_al_2003
org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.carrier
org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf
org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function
org.simBio.bio.sarai_noma_2004	Single Na channel model, Sarai and Noma, 2004.
org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState
org.simBio.bio.sarai_noma_2004.structure
org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current
org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function
org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.complex
org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current
org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier
org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux
org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function
org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.complex
org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current	Classes for membrane currents.
org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.carrier
org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf
org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium
org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment	Classes for experimental manipulation.
org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function	The common functions among models
org.simBio.core	The basal Classes of the simBio simBioの基盤クラス群。
org.simBio.core.integrator
org.simBio.sim.analyzer	analyzers which inherit core.Analyzer, core.Analyserを継承するクラス群
org.simBio.sim.analyzer.csv	CSV maker 計算結果をCSV形式で書き出します。
org.simBio.sim.analyzer.csv.result
org.simBio.sim.analyzer.graph
org.simBio.sim.analyzer.graph.simple	2D Graph maker 計算結果を2次元グラフで表示する。
org.simBio.sim.analyzer.measure
org.simBio.util.numerical
org.simBio.util.numerical.methods

org.simBio.bio での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio のクラス
`class`	`Compartment` Nodes folder, contain no equation.
`class`	`parabola` for test.

Node として宣言されている org.simBio.bio のフィールド
`Node`	`parabola.y`
`Node`	`parabola.z`

org.simBio.bio.cor での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.cor のクラス
`class`	`Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified` Conversion from CellML 1.0 to Java was done using COR (0.9.31.28) Copyright (c) 2002-2005 Oxford Cardiac Electrophysiology Group
`class`	`Vanderpol_model_1928` Conversion from CellML 1.0 to Java was done using COR (0.9.31.28) Copyright (c) 2002-2005 Oxford Cardiac Electrophysiology Group

Node として宣言されている org.simBio.bio.cor のフィールド
`Node`	`Vanderpol_model_1928.Main_x` Main_x (dimensionless).
`Node`	`Vanderpol_model_1928.Main_y` Main_y (dimensionless).
`Node`	`Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified.membrane_V` membrane_V (millivolt).
`Node`	`Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified.potassium_channel_n_gate_n` potassium_channel_n_gate_n (dimensionless).
`Node`	`Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified.sodium_channel_h_gate_h` sodium_channel_h_gate_h (dimensionless).
`Node`	`Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified.sodium_channel_m_gate_m` sodium_channel_m_gate_m (dimensionless).

org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current のクラス
`class`	`Current` sodium background current.
`class`	`ICaL` L-type Calcium channnel.
`class`	`ICaT` T-Type Calcium Channel.
`class`	`IK1` time indipendent potassium channel Faber GM, Rudy Y.
`class`	`IKpl` plateau potassium channel Faber GM, Rudy Y.
`class`	`IKr` Rapidly Activating Potassium channel Faber GM, Rudy Y.
`class`	`IKs` slow time dependent potassium channel Faber GM, Rudy Y.
`class`	`INa` fast sodium channel Faber GM, Rudy Y.
`class`	`INaCa` Sodium Calcium exchanger Faber GM, Rudy Y.
`class`	`INaK` sodium potassium pump current Faber GM, Rudy Y.
`class`	`IpCa` Sarcolemmal Ca Pump Current Faber GM, Rudy Y.
`class`	`NSRLeak` leak current from NSR Faber GM, Rudy Y.
`class`	`RyR` Calcium release channel on SR Faber GM, Rudy Y.
`class`	`SRCA` SR calcium pump.

Node として宣言されている org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current のフィールド
`Node`	`ICaL.Ca`
`Node`	`SRCA.Cai`
`Node`	`RyR.Cai`
`Node`	`IpCa.Cai`
`Node`	`INaCa.Cai`
`Node`	`IKs.Cai`
`Node`	`ICaL.Cai`
`Node`	`INaCa.Cao`
`Node`	`ICaL.Cao`
`Node`	`RyR.Casr`
`Node`	`NSRLeak.Casr`
`Node`	`ICaL.d`
`Node`	`Current.ep`
`Node`	`ICaL.f`
`Node`	`IKr.gate`
`Node`	`ICaT.gate_b`
`Node`	`ICaT.gate_g`
`Node`	`IKs.gate_xs1`
`Node`	`IKs.gate_xs2`
`Node`	`INa.h`
`Node`	`RyR.iCa`
`Node`	`RyR.iTotal`
`Node`	`INa.j`
`Node`	`ICaL.K`
`Node`	`IKs.Ki`
`Node`	`ICaL.Ki`
`Node`	`INaK.Ko`
`Node`	`IKs.Ko`
`Node`	`IKr.Ko`
`Node`	`IK1.Ko`
`Node`	`ICaL.Ko`
`Node`	`INa.m`
`Node`	`ICaL.Na`
`Node`	`INaK.Nai`
`Node`	`INaCa.Nai`
`Node`	`IKs.Nai`
`Node`	`ICaL.Nai`
`Node`	`INaK.Nao`
`Node`	`INaCa.Nao`
`Node`	`IKs.Nao`
`Node`	`ICaL.Nao`
`Node`	`INaK.T`
`Node`	`INaCa.T`
`Node`	`IKs.T`
`Node`	`ICaL.T`
`Node`	`RyR.timeStep`
`Node`	`RyR.Vm`
`Node`	`Current.Vm`

org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function のクラス
`class`	`Diffusion` diffusion.
`class`	`Stimulus` Constructor for Stimulus.

Node として宣言されている org.simBio.bio.faber_rudy_2000.function のフィールド
`Node`	`Diffusion.a`
`Node`	`Diffusion.b`

org.simBio.bio.faber_rudy_2000.molecule での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.faber_rudy_2000.molecule のクラス
`class`	`CaBuffer` analytic equation of Calcium buffering.
`class`	`DualCaBuffer` Faber GM, Rudy Y.

Node として宣言されている org.simBio.bio.faber_rudy_2000.molecule のフィールド
`Node`	`CaBuffer.buffered`
`Node`	`DualCaBuffer.Cafree`
`Node`	`CaBuffer.Cafree`
`Node`	`DualCaBuffer.Catotal`
`Node`	`CaBuffer.Catotal`

org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure のクラス
`class`	`Cell` Cell.
`class`	`JSR` Faber GM, Rudy Y.
`class`	`NSR` Faber GM, Rudy Y.

Node として宣言されている org.simBio.bio.faber_rudy_2000.structure のフィールド
`Node`	`NSR.Ca`
`Node`	`NSR.Cai`
`Node`	`JSR.Cai`
`Node`	`JSR.CaTotal`
`Node`	`Cell.CaTotal`
`Node`	`Cell.ICab`
`Node`	`Cell.ICaLCa`
`Node`	`Cell.ICaLK`
`Node`	`Cell.ICaLNa`
`Node`	`Cell.ICaT`
`Node`	`Cell.Iext`
`Node`	`Cell.IK1`
`Node`	`Cell.IKpl`
`Node`	`Cell.IKr`
`Node`	`Cell.IKs`
`Node`	`Cell.INa`
`Node`	`Cell.INab`
`Node`	`Cell.INaCa`
`Node`	`Cell.INaK`
`Node`	`Cell.IpCa`
`Node`	`Cell.itotal`
`Node`	`Cell.itotalCa`
`Node`	`Cell.itotalK`
`Node`	`Cell.itotalNa`
`Node`	`Cell.K`
`Node`	`NSR.leak`
`Node`	`Cell.Na`
`Node`	`JSR.ryr`
`Node`	`NSR.srca`
`Node`	`NSR.trans`
`Node`	`JSR.trans`
`Node`	`Cell.Vm`

org.simBio.bio.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.function のクラス
`class`	`Analytic2state` 2 state gateの解析解を求めて現在の解に設定する。
`class`	`Function` Abstract super class of function format.
`class`	`StepChanger` 値を設定時刻に順に変更する。

Node として宣言されている org.simBio.bio.function のフィールド
`Node`	`Analytic2state.alfa`
`Node`	`Analytic2state.beta`
`Node`	`Analytic2state.dt`
`Node`	`Analytic2state.previous`
`Node`	`StepChanger.target` 値の設定先。

org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001 での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001 のクラス
`class`	`GapJunction` Voltage-dependent gap junction model developed by Vogel and Weingart.

Node として宣言されている org.simBio.bio.henriquez_et_al_2001 のフィールド
`Node`	`GapJunction.gHH` conductance of HH state
`Node`	`GapJunction.gHL` conductance of HL state
`Node`	`GapJunction.gLH` conductance of LH state
`Node`	`GapJunction.gLL` conductance of LL state
`Node`	`GapJunction.nHH` fraction of HH state
`Node`	`GapJunction.nHL` fraction of HL state
`Node`	`GapJunction.nLH` fraction of LH state
`Node`	`GapJunction.nLL` fraction of LL state
`Node`	`GapJunction.VHL` voltage across hemichannel at HL state (mV)
`Node`	`GapJunction.Vj` junctional potential (mV)
`Node`	`GapJunction.VLH` voltage across hemichannel at LH state (mV)

org.simBio.bio.himeno_et_al_2008 での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.himeno_et_al_2008 のクラス
`class`	`Iha` Iha.
`class`	`IKACh` ACh channel. normalized with membrane capacitance.
`class`	`Ist` Sustained inward current for pacemaker model.

Node として宣言されている org.simBio.bio.himeno_et_al_2008 のフィールド
`Node`	`Ist.activation` gate variable
`Node`	`ICaL.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`IKs.Ca` intracellular Ca²⁺ concentration
`Node`	`ICaL.CaDiadic` local Ca²⁺ concentration near the mouth of L-type Ca channel (mM)
`Node`	`Ist.Cai` intracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`ICaL.Cai` intracellular Ca²⁺ concentration (mM)
`Node`	`Iha.cAMP` cAMP concentration
`Node`	`Iha.cAMP_Vshift`
`Node`	`Iha.closedState1`
`Node`	`Iha.closedState2`
`Node`	`IKACh.gate`
`Node`	`ICaL.gate` ultra-slow gate probability
`Node`	`IKs.gate1` the open probability of voltage-dependent gate
`Node`	`IKs.gate2` the open probability of [Ca²⁺]_i-dependent gate
`Node`	`IKs.gateC2` the C2 state probability of [Ca²⁺]_i-dependent gate
`Node`	`Ist.inactivation` gate variable
`Node`	`IKs.KCNQ1`
`Node`	`IKs.KCNQ1free`
`Node`	`IKs.KCNQ1p`
`Node`	`IKs.KCNQ1p_ratio`
`Node`	`Iha.openState1`
`Node`	`Iha.openState2`
`Node`	`ICaL.pAI` AI state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pAP` AP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pC` C state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.PCa`
`Node`	`ICaL.PCl`
`Node`	`ICaL.PK`
`Node`	`Ist.PKA` PKA catalitic domain I concentration
`Node`	`IKs.PKA`
`Node`	`ICaL.PKA` PKA catalitic domain I concentration
`Node`	`ICaL.PKA_fac`
`Node`	`ICaL.PNa`
`Node`	`IKs.POpen`
`Node`	`ICaL.pRP` PR state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pU` U state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.pUCa` UCa state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.SingleCurrentAMP` to see single current amplitude
`Node`	`Ist.slowInactivation` gate variable
`Node`	`Ist.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`IKs.Vm` Membrane Potential (mV)
`Node`	`Iha.Vm`
`Node`	`ICaL.Vm` membrane potential (mV)

org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952 での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952 のクラス
`class`	`I_K` Potassium Channel.
`class`	`I_L` leak component.
`class`	`I_Na` Sodium channel.
`class`	`I_stim` Stimulus current.
`class`	`Membrane` Membrane.

Node として宣言されている org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952 のフィールド
`Node`	`I_Na.h` gate variable (dimensionless)
`Node`	`Membrane.I_K` Potassium current (microA_per_cm2)
`Node`	`Membrane.I_L` Leak (Chloride) current (microA_per_cm2)
`Node`	`Membrane.I_Na` Sodium current (microA_per_cm2)
`Node`	`Membrane.I_stim` Stimulus current (microA_per_cm2)
`Node`	`I_Na.m` gate variable (dimensionless)
`Node`	`Membrane.Vm` membrane potential, V, initial value = -75.0 (millivolt)
`Node`	`I_Na.Vm` membrane potential, V, initial value = -75.0 (millivolt)
`Node`	`I_L.Vm` membrane potential, V, initial value = -75.0 (millivolt)
`Node`	`I_K.Vm` membrane potential, V, initial value = -75.0 (millivolt)

org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex のクラス
`class`	`SR`

Node として宣言されている org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex のフィールド
`Node`	`SR.Cai`
`Node`	`SR.CarelTotal`
`Node`	`SR.Caup`
`Node`	`SR.Leak`
`Node`	`SR.Release`
`Node`	`SR.Transfer`
`Node`	`SR.UpTake`

org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current のクラス
`class`	`ICab`
`class`	`INab`
`class`	`Ito`

Node として宣言されている org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.current のフィールド
`Node`	`IpCa.Cai`
`Node`	`INaCa.Cai`
`Node`	`ICaL.Cai`
`Node`	`ICab.Cai`
`Node`	`INaCa.Cao`
`Node`	`ICab.Cao`
`Node`	`ICaL.dL`
`Node`	`Ito.F`
`Node`	`INaK.F`
`Node`	`INaCa.F`
`Node`	`INab.F`
`Node`	`INa.F`
`Node`	`IKs.F`
`Node`	`IKr.F`
`Node`	`IK1.F`
`Node`	`ICab.F`
`Node`	`ICaL.fL`
`Node`	`INa.h`
`Node`	`Ito.Ki`
`Node`	`INa.Ki`
`Node`	`IKs.Ki`
`Node`	`IKr.Ki`
`Node`	`IK1.Ki`
`Node`	`Ito.Ko`
`Node`	`INaK.Ko`
`Node`	`INa.Ko`
`Node`	`IKs.Ko`
`Node`	`IKr.Ko`
`Node`	`IK1.Ko`
`Node`	`IKs.n`
`Node`	`Ito.Nai`
`Node`	`INaK.Nai`
`Node`	`INaCa.Nai`
`Node`	`INab.Nai`
`Node`	`INa.Nai`
`Node`	`IKs.Nai`
`Node`	`Ito.Nao`
`Node`	`INaK.Nao`
`Node`	`INaCa.Nao`
`Node`	`INab.Nao`
`Node`	`INa.Nao`
`Node`	`IKs.Nao`
`Node`	`IKr.pa`
`Node`	`Ito.q`
`Node`	`Ito.R`
`Node`	`INaK.R`
`Node`	`INaCa.R`
`Node`	`INab.R`
`Node`	`INa.R`
`Node`	`IKs.R`
`Node`	`IKr.R`
`Node`	`IK1.R`
`Node`	`ICab.R`
`Node`	`Ito.T`
`Node`	`INaK.T`
`Node`	`INaCa.T`
`Node`	`INab.T`
`Node`	`INa.T`
`Node`	`IKs.T`
`Node`	`IKr.T`
`Node`	`IK1.T`
`Node`	`ICab.T`
`Node`	`Ito.Vm`
`Node`	`INaK.Vm`
`Node`	`INaCa.Vm`
`Node`	`INab.Vm`
`Node`	`INa.Vm`
`Node`	`IKs.Vm`
`Node`	`IKr.Vm`
`Node`	`IK1.Vm`
`Node`	`ICaL.Vm`
`Node`	`ICab.Vm`

org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux のクラス
`class`	`Leak` leak flux (J_leak) from the uptake site of SR_net (mM/ms).
`class`	`Release`
`class`	`Transfer`
`class`	`Uptake`

Node として宣言されている org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux のフィールド
`Node`	`Uptake.Cai` [Ca²⁺]_i (mM)
`Node`	`Release.Cai`
`Node`	`Leak.Cai` [Ca]_i (mM)
`Node`	`Transfer.Caj` [Ca²⁺]_rel (mM)
`Node`	`Transfer.Can` [Ca²⁺]_up (mM)
`Node`	`Release.Carel`
`Node`	`Leak.Caup` [Ca]_up (mM)
`Node`	`Release.dR`
`Node`	`Release.fR`
`Node`	`Release.ICab`
`Node`	`Release.ICaL`
`Node`	`Release.INaCa`
`Node`	`Release.IpCa`
`Node`	`Release.Vm`

org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.molecule での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.molecule のクラス
`class`	`CaBuffer_RK` Calculate using ordinary differential equation, working with analytic buffer.

Node として宣言されている org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.molecule のフィールド
`Node`	`CaBuffer_RK.Ca` free Ca concentration (mM)
`Node`	`CaBuffer_RK.CaTotal` total Ca concentration (mM)

org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier のクラス
`class`	`Carrier` Abstract class for ping-pong model of the carrier.

Node として宣言されている org.simBio.bio.kuratomi_et_al_2003.current.carrier のフィールド
`Node`	`Carrier.amplitude` amplitude factor (A/F)
`Node`	`INaCa.Cai` concentration of intracellular Calcium[mM]
`Node`	`INaCa.Cao` concentration of intracellular Calcium[mM]
`Node`	`Carrier.gate` reduced 2-state gate
`Node`	`INaCa.inActivation` inactivation gate
`Node`	`INaCa.Nai` concentration of intracellular Sodium [mM]
`Node`	`INaCa.Nao` concentration of intracellular Sodium [mM]
`Node`	`INaCa.T` absolute temperature[K]
`Node`	`INaCa.Vm` membrane potential of cell[mV]

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction のクラス
`class`	`CrossBridgeForce` Cross bridge force of NL contraction model, Negroni JA and Lascano EC.
`class`	`CrossBridgeLength` Length of cross bridge of NL contraction model, Negroni JA and Lascano EC.
`class`	`ForceEquilibrium` Calculation of force equilibrium.
`class`	`IsotonicContraction` Calculation of half sarcomere length in isotonic experiments.
`class`	`ParallelElementForce` Parallel element force of NL contraction model, Negroni JA and Lascano EC.
`class`	`Troponin` troponin of Negroni and Lascano contraction model.
`class`	`Troponinmit` Troponin state transition of Cardiac Muscle Model by Negroni and Lascano.

Node として宣言されている org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.contraction のフィールド
`Node`	`Troponinmit.ADP`
`Node`	`Troponin.ATP`
`Node`	`Troponin.Ca`
`Node`	`Troponin.CaTotal`
`Node`	`Troponin.dATP`
`Node`	`Troponin.dXdt`
`Node`	`CrossBridgeLength.dXdt` derivative value of inextensibleLength
`Node`	`ForceEquilibrium.forceExt`
`Node`	`Troponin.L`
`Node`	`IsotonicContraction.L`
`Node`	`CrossBridgeLength.L` half sarcomere length
`Node`	`Troponinmit.Pi`
`Node`	`Troponin.T`
`Node`	`Troponin.TCa`
`Node`	`Troponin.TCaCB`
`Node`	`CrossBridgeForce.TCaCB`
`Node`	`Troponin.TCB`
`Node`	`CrossBridgeForce.TCB`
`Node`	`CrossBridgeLength.X` half length of thick filament + thin filament length over the non-overlap zone
`Node`	`CrossBridgeForce.X`

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current のクラス
`class`	`IRyR` Calcium releasing channel on SR.

Node として宣言されている org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current のフィールド
`Node`	`IRyR.CaDiadic` local Ca²⁺ concentration near the mouth of RyR channel.
`Node`	`IRyR.Cai` intracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`IRyR.Cao` calcium concentration in SR release site (mM)
`Node`	`IRyR.CICRfactor`
`Node`	`IRyR.close` close state probability
`Node`	`IRyR.K1`
`Node`	`IRyR.k1xclose`
`Node`	`IRyR.K2`
`Node`	`IRyR.K3`
`Node`	`IK1.Mg` the concentration of Mg2+ (mM)
`Node`	`IRyR.open` open state probability
`Node`	`IK1.Pspm` the probability of being in the SPM block state
`Node`	`IK1.SPM` the concentration of Spermine (mM)

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier のクラス
`class`	`ICaPump` Ca pump on network SR.
`class`	`IPMCA` Ca pump on cell membrane. 1 ATP extrudes 1 Ca²⁺ and imports 1 H⁺ The H⁺ movement is not included in calculation.

Node として宣言されている org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier のフィールド
`Node`	`IPMCA.ADP`
`Node`	`INaK.ADP`
`Node`	`ICaPump.ADP`
`Node`	`IPMCA.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`INaK.ATP` concentration of ATP[mM]
`Node`	`ICaPump.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`IPMCA.CaCaM`
`Node`	`IPMCA.Cai` Ca²⁺ concentration in cytoplasm (mM)
`Node`	`ICaPump.Cai` Ca2+ concentration in cytoplasm (mM)
`Node`	`IPMCA.Cao` Ca²⁺ concentration in external solution (mM)
`Node`	`ICaPump.Cao` Ca2+ concentration in SR (mM, uptake site compartment)
`Node`	`INaK.Couabain` ouabain concentration
`Node`	`IPMCA.dATP` instantaneous rate of the ATP consumption (M/s)
`Node`	`INaK.dATP` differential ATP [mM/msec]
`Node`	`ICaPump.dATP` variation of ATP concentration (mM/ms)
`Node`	`INaK.Ki` concentration of intracellular Potassium[mM]
`Node`	`ICaPump.KmCaCp` mM, dissociation const for Ca binding within cytoplasm
`Node`	`INaK.Ko` concentration of extracellular Potassium[mM]
`Node`	`INaK.Nai` concentration of intracellular Sodium[mM]
`Node`	`INaK.Nao` concentration of extracellular Sodium[mM]
`Node`	`IPMCA.Pi`
`Node`	`INaK.Pi`
`Node`	`ICaPump.Pi`
`Node`	`IPMCA.PKA` PKA type I concentration (mM)
`Node`	`INaK.PKA` PKA phosphorylation parameter *
`Node`	`ICaPump.PLBphos` ratio of phosphorylated fraction of phospholamban
`Node`	`INaK.T` absolute temperature[K]
`Node`	`IPMCA.Vi` cell volume accessible for ion diffusion
`Node`	`INaK.Vi` cell volume accessible for ion diffusion[um^3]
`Node`	`ICaPump.Vi` cell volume accessible for ion diffusion
`Node`	`INaK.Vm` membrane potential of cell[mV]

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf のクラス
`class`	`ICFTR` Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator Cl^- channel current.

Node として宣言されている org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf のフィールド
`Node`	`ICFTR.ATP` concentration of intracellular ATP [mM]
`Node`	`ICaL.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`IKs.Ca` intracellular Ca²⁺ concentration
`Node`	`ICaL.CaDiadic` local Ca²⁺ concentration near the mouth of L-type Ca channel (mM)
`Node`	`ICaL.Cai` intracellular Ca²⁺ concentration (mM)
`Node`	`ICaL.gate` ultra-slow gate probability
`Node`	`IKs.gate1` the open probability of voltage-dependent gate
`Node`	`IKs.gate2` the open probability of [Ca²⁺]_i-dependent gate
`Node`	`IKs.gateC2` the C2 state probability of [Ca²⁺]_i-dependent gate
`Node`	`IKs.KCNQ1`
`Node`	`IKs.KCNQ1free`
`Node`	`IKs.KCNQ1p`
`Node`	`IKs.KCNQ1p_ratio`
`Node`	`ICaL.pAI` AI state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pAP` AP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pC` C state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.PCa`
`Node`	`ICaL.PCl`
`Node`	`ICaL.PK`
`Node`	`IKs.PKA`
`Node`	`ICFTR.PKA` PKA catalitic domain I concentration
`Node`	`ICaL.PKA` PKA catalitic domain I concentration
`Node`	`ICaL.PKA_fac`
`Node`	`ICaL.PNa`
`Node`	`IKs.POpen`
`Node`	`ICFTR.POpen` open probability
`Node`	`ICaL.pRP` PR state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pU` U state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.pUCa` UCa state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.SingleCurrentAMP` to see single current amplitude
`Node`	`IKs.Vm` Membrane Potential (mV)
`Node`	`ICaL.Vm` membrane potential (mV)

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function のクラス
`class`	`Average`
`class`	`ConcentrationAMP` calculation of AMP concentration (conformed to mass conservation law).
`class`	`KoDependency_IK1` Updated [K]o dependency calculation for IK1.
`class`	`PA2MS` Average and Convert pA to M/S.

Node として宣言されている org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.function のフィールド
`Node`	`ConcentrationAMP.ADPtotal`
`Node`	`ConcentrationAMP.ATPtotal`
`Node`	`ConcentrationAMP.cAMP`
`Node`	`KoDependency_IK1.Ko` concentration of extracellular potassium [mM]
`Node`	`Average.sum` total amount
`Node`	`Average.target` target to sum
`Node`	`PA2MS.Vi` internal volume (um^3)

org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule のクラス
`class`	`BetaAR_Gs` betaAR and Gs signaling module.
`class`	`CAMP` cAMP module.
`class`	`PKA` PKA module.
`class`	`PLB` Phospholamban module.

Node として宣言されている org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.molecule のフィールド
`Node`	`PKA.A2RCI` A2RCI concentration (mM)
`Node`	`PKA.A2RI` A2RI concentration (mM)
`Node`	`CAMP.AC` Adenylate cyclase concentration (mM)
`Node`	`PLB.ADP` ADP concentration (mM)
`Node`	`PKA.ARCI` ARCI concentration (mM)
`Node`	`PLB.ATP` ATP concentration (mM)
`Node`	`CAMP.ATP` ATP concentration (mM)
`Node`	`BetaAR_Gs.beta1_AR` free receptor concentration
`Node`	`BetaAR_Gs.beta1_AR_S301` site of 301 phosphorylated receptor concentration
`Node`	`BetaAR_Gs.beta1_AR_S464` site of 464 phosphorylated receptor concentration
`Node`	`BetaAR_Gs.beta1_ARact` active receptor concentration
`Node`	`PKA.cAMP` cAMP concentration (mM)
`Node`	`CAMP.cAMP` Phosphodiesterase concentration (mM)
`Node`	`PKA.cAMPtot` total cAMP concentration (mM)
`Node`	`CAMP.cAMPtot` total cAMP concentration (mM)
`Node`	`BetaAR_Gs.d_Gs_alpha_GTPtot` Multi newton raphson function
`Node`	`BetaAR_Gs.Gs` free gs_protein concentration
`Node`	`BetaAR_Gs.Gs_alpha_GDP` Multi newton raphson function
`Node`	`CAMP.Gs_alpha_GTP` Gs_alpha GTP-form concentration (mM)
`Node`	`CAMP.Gs_alpha_GTP_AC` Gs_alpha_GTP and AC complex concentration (mM)
`Node`	`CAMP.Gs_alpha_GTPtot` Gs_alpha_GTP total concentration (mM)
`Node`	`BetaAR_Gs.Gs_alpha_GTPtot` Multi newton raphson function
`Node`	`BetaAR_Gs.Gs_beta_gamma` gs_beta_gamma_protein concentration
`Node`	`BetaAR_Gs.Gstot` total gs_protein concentration
`Node`	`PLB.Inhib1` inhibitor-1 concentration (mM)
`Node`	`PLB.Inhib1p` phosphorylated inhibitor-1 concentration (mM)
`Node`	`PLB.Inhib1ptot` phosphorylated inhibitor-1 total (Inhib1p + PP1_Inhib) concentration (mM)
`Node`	`BetaAR_Gs.Iso` total ligand concentration
`Node`	`BetaAR_Gs.L` free ligand concentration
`Node`	`BetaAR_Gs.LR` ligand-receptor complex concentration
`Node`	`BetaAR_Gs.LRG` ligand-receptor-gs_protein complex concentration
`Node`	`CAMP.PDE` Phosphodiesterase concentration (mM)
`Node`	`PLB.PKA` PKA catalytic domain I concentration (mM)
`Node`	`PKA.PKA` PKA concentration (mM)
`Node`	`BetaAR_Gs.PKA` PKA catalitic domain I
`Node`	`PKA.PKACI_PKI` PKA and PKI complex concentration (mM)
`Node`	`PKA.PKI` protein kinase inhibitor (mM)
`Node`	`PLB.PLB` PLB concentration (mM)
`Node`	`PLB.PLBp` phosphorylated PLB concentration (mM)
`Node`	`PLB.PLBphos` percent of PLB phosphorylation
`Node`	`PLB.PP1` protein phosphatase-1 concentration (mM)
`Node`	`PLB.PP1_Inhib1p` protein phosphatase-1 and phosphorylated inhibitor-1 complex concentration (mM)
`Node`	`PKA.RCI` RCI concentration (mM)
`Node`	`BetaAR_Gs.RG` receptor-gs_protein complex concentration

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex のクラス
`class`	`ATPsynthesis` The lumped model of ATP synthesis.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex のフィールド
`Node`	`ATPsynthesis.ATP` ATP concentration ([ATP]).

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current のクラス
`class`	`MembraneTransporter` Abstract class of membrane transporters.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current のフィールド
`Node`	`Diffusion.Cai` concentration of intracellular Ca2+ [mM]
`Node`	`Diffusion.Cao` concentration of extracellular Ca2+ [mM]
`Node`	`MembraneTransporter.CCa` to see Ca current component
`Node`	`MembraneTransporter.CK` to see K current component
`Node`	`MembraneTransporter.CNa` to see Na current component
`Node`	`MembraneTransporter.current`
`Node`	`MembraneTransporter.currentCa`
`Node`	`MembraneTransporter.currentK`
`Node`	`MembraneTransporter.currentNa`
`Node`	`Diffusion.Ki` concentration of intracellular K+ [mM]
`Node`	`Diffusion.Ko` concentration of extracellular K+ [mM]
`Node`	`Diffusion.Nai` concentration of intracellular Na+ [mM]
`Node`	`Diffusion.Nao` concentration of extracellular Na+ [mM]

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier のフィールド
`Node`	`Carrier.amplitude` amplitude factor (A/F)
`Node`	`INaK.ATP` concentration of ATP[mM]
`Node`	`ICaPump.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`INaK.ATPconsumingRate` rate of ATP consumption
`Node`	`ICaPump.ATPconsumingRate` consuming rate of ATP; (mM/min)
`Node`	`INaK.ATPconsumption` ATP consumption[mM]
`Node`	`ICaPump.ATPconsumption` ATP consumed at the time t (mM)
`Node`	`INaCa.Cai` concentration of intracellular Calcium[mM]
`Node`	`ICaPump.Cai` Ca2+ concentration in cytoplasm (mM)
`Node`	`INaCa.Cao` concentration of intracellular Calcium[mM]
`Node`	`ICaPump.Cao` Ca2+ concentration in SR (mM, uptake site compartment)
`Node`	`INaK.dATP` differential ATP [mM/msec]
`Node`	`ICaPump.F` Faradey constant
`Node`	`Carrier.gate` reduced 2-state gate
`Node`	`INaK.Ki` concentration of intracellular Potassium[mM]
`Node`	`INaK.Ko` concentration of extracellular Potassium[mM]
`Node`	`INaK.Nai` concentration of intracellular Sodium[mM]
`Node`	`INaCa.Nai` concentration of intracellular Sodium [mM]
`Node`	`INaK.Nao` concentration of extracellular Sodium[mM]
`Node`	`INaCa.Nao` concentration of intracellular Sodium [mM]
`Node`	`INaK.T` absolute temperature[K]
`Node`	`INaCa.T` absolute temperature[K]
`Node`	`INaK.Vi` cell volume accessible for ion diffusion[um^3]
`Node`	`ICaPump.Vi` cell volume accessible for ion diffusion
`Node`	`INaK.Vm` membrane potential of cell[mV]
`Node`	`INaCa.Vm` membrane potential of cell[mV]

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf のクラス
`class`	`ILCCa` Calcium activated Non-Selective Cation current.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.cf のフィールド
`Node`	`Ist.activation` gate variable
`Node`	`ICaT.activation` open probability of activation gate
`Node`	`ICaL.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`ICaL.CaDiadic` local Ca2+ concentration near the mouth of L-type Ca channel (mM)
`Node`	`Ist.Cai` intracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`ILCCa.Cai` intracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`ICaL.Cai` intracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`Iha.closedState1`
`Node`	`Iha.closedState2`
`Node`	`CfChannel.constantFieldCa` Ca2+ flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`CfChannel.constantFieldK` K+ flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`CfChannel.constantFieldNa` Na+ flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`INa.gate` ultra-slow gate
`Node`	`ICaL.gate` ultra-slow gate probability
`Node`	`Ito.gate1` activation gating variable
`Node`	`Ito.gate2` inactivation gating variable
`Node`	`IKpl.GK` channel conductance
`Node`	`Ist.inactivation` gate variable
`Node`	`ICaT.inactivation` open probability of inactivation gate
`Node`	`Iha.openState1`
`Node`	`Iha.openState2`
`Node`	`INa.pAI` AI state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pAI` AI state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`INa.pAP` AP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pAP` AP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pC` C state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`INa.pRP` RP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pRP` PR state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pU` U state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.pUCa` UCa state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`Ist.slowInactivation` gate variable
`Node`	`ICaL.sumCa` integration of ICaL
`Node`	`Ito.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`Ist.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`INa.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`IKpl.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`Iha.Vm`
`Node`	`ICaT.Vm` membrane potential
`Node`	`ICaL.Vm` membrane potential (mV)

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel のクラス
`class`	`Channel` template of Channel.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.channel のフィールド
`Node`	`IRyR.CaDiadic` local Ca2+ concentration near the mouth of RyR channel
`Node`	`IRyR.Cai` intracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`IRyR.Cao` extracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`IRyR.close` close state probability
`Node`	`IRyR.open` open state probability
`Node`	`IRyR.sumCa` integration of IRyR

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette のクラス
`class`	`CurrentClamp` current clamp, external current in the RC membrane model.
`class`	`Pipette` external current in the RC membrane model.
`class`	`VoltageClamp` voltage clamp protocol.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette のフィールド
`Node`	`VoltageClamp.observedCurrent` current through the cell membrane
`Node`	`VoltageClamp.timeStep` time step for integral calculation
`Node`	`VoltageClamp.Vm` membrane potential

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium のクラス
`class`	`IKATP` ATP-sensitive potassium current.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.potassium のフィールド
`Node`	`IK1.alfa` rate constant
`Node`	`IKATP.ATPi` concentration of intracellular ATP[mM]
`Node`	`IKs.Ca` intracellular Ca2+ concentration
`Node`	`IKACh.gate`
`Node`	`IK1.gate` gate, blocked by polyamine (time dependent compornent)
`Node`	`IKs.gate1` the open probability of voltage-dependent gate
`Node`	`IKr.gate1` activation gating variable (the rapid component)
`Node`	`IKs.gate2` the open probability of [Ca2+]i-dependent gate
`Node`	`IKr.gate2` activation gating variable (the slow component)
`Node`	`IKr.gate3` inactivation gating variable
`Node`	`PureKchannel.permeabilityK` channel permeability for potassium
`Node`	`PureKchannel.reversalPotential` reversal potential
`Node`	`PureKchannel.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`IKs.Vm` Membrane Potential(mV)

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function のクラス
`class`	`Charge` keep whole cell current from external solution.
`class`	`ConstantField` calculate constant field.
`class`	`Diffusion_a` The first order ordinary differential equation is solved using analytic equation.
`class`	`Diffusion_t` The first order ordinary differential equation is solved using analytic equation.
`class`	`KoDependency` dependency of extracellular potassium concentration.
`class`	`RateConstant` function, c1/(c2exp((x+c3)/c4)+c5exp((x+c6)/c7))
`class`	`RateConstantK`
`class`	`RateConstantVm`
`class`	`ReversalPotential` calculate reversal potential of the specific ion.
`class`	`Volume`

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.function のフィールド
`Node`	`Charge.Cm` membrane capacitance (pF)
`Node`	`Diffusion_a.dt`
`Node`	`ReversalPotential.in` intracellular ion concentration (mM)
`Node`	`Current.in` internal ion concentration (mM)
`Node`	`ConstantField.in` intracellular ion concentration (mM)
`Node`	`KoDependency.Ko` concentration of extracellular potassium [mM]
`Node`	`ReversalPotential.out` extracellular ion concentration (mM)
`Node`	`Current.out` external ion concentration (mM)
`Node`	`ConstantField.out` extracellular ion concentration (mM)
`Node`	`Volume.ratio` ratio
`Node`	`RateConstantK.reversalPotential`
`Node`	`Diffusion_t.t`
`Node`	`ReversalPotential.T` the absolute temperature (K)
`Node`	`ConstantField.T` the absolute temperature (K)
`Node`	`Diffusion_t.target`
`Node`	`Diffusion_a.target`
`Node`	`Volume.total` total value
`Node`	`Current.Vi` internal volume (um^3)
`Node`	`RateConstantVm.Vm`
`Node`	`RateConstantK.Vm`
`Node`	`ConstantField.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`Charge.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`Current.Vo` external volume (um^3)

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer のクラス
`class`	`Buffer` abstract of buffer

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer のフィールド
`Node`	`Buffer.free` free concentration (mM)

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca のクラス
`class`	`Analytic` instantaneous Ca buffer, using analytic equation as for Zeng et al, 1995 J.
`class`	`Analytic_RK` instantaneous Ca buffer using analytic equation as for Zeng et al, 1995.
`class`	`InstantCaBuffer` instantaneous Ca buffer, iterative method.
`class`	`ODE` Ca buffer, using ordinary differential equation (ODE).
`class`	`TroponinNL` Troponin state transition of Cardiac Muscle Model by Negroni and Lascano.
`class`	`TroponinNL_RK` Troponin state transition of Negroni and Lascano contraction model for Runge-Kutta.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca のフィールド
`Node`	`TroponinNL.ATP`
`Node`	`TroponinNL.ATPconsumingRate`
`Node`	`TroponinNL.ATPconsumption`
`Node`	`TroponinNL.Ca`
`Node`	`ODE.Ca` free Ca²⁺ concentration (mM)
`Node`	`InstantCaBuffer.Ca`
`Node`	`Analytic_RK.Ca` free calcium concentration (mM)
`Node`	`Analytic.Ca`
`Node`	`TroponinNL_RK.CaTotal` total Ca concentration
`Node`	`Analytic_RK.CaTotal` total calcium concentration (free calcium + buffered calcium + influx/efflux calcium) (mM)
`Node`	`TroponinNL.TCa`
`Node`	`TroponinNL.TCaCB`
`Node`	`TroponinNL.TCB`

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.enzyme での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.enzyme のクラス
`class`	`CrossBridgeNL` Cross bridge kinetics of Cardiac Muscle Model by Negroni and Lascano.
`class`	`IsometricContraction` Isometric Contraction

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.enzyme のフィールド
`Node`	`CrossBridgeNL.forceCB`
`Node`	`CrossBridgeNL.forceExt`
`Node`	`CrossBridgeNL.h`
`Node`	`CrossBridgeNL.halfsarcomerelength`
`Node`	`CrossBridgeNL.InextensibleLength`

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.current.carrier での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.current.carrier のフィールド
`Node`	`INaK.ADP`
`Node`	`ICaPump.ADP`
`Node`	`INaK.Pi`

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp のクラス
`class`	`Anoxia` Anoxia condition on ventricular cell model was occured to regulate the oxygen concentration.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.exp のフィールド
`Node`	`Anoxia.elapsedTime`
`Node`	`Anoxia.oxygen`

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function のクラス
`class`	`Acidity` calculation of pH (acidity) of the optional solution.
`class`	`ConcentrationCyta2` Calculation of the concentration of Cytochrome a2+ [Cyt a2+] = [Cyt a]total/(1 + A_3/2) where; A_3/2 = 10^((Ema - Ema0)/Z) :ratio of oxidized cytochrome a3 to reduced cytochrome a3
`class`	`ConcentrationPi` calculation of iorganic phosphate concentration (conformed to mass conservation law) Pitotal = 3[ATP]cell + 2[ADP]cell + [AMP] + [PhosphoCreatine] + [Pi]cell + (3[ATP]mito + 2[ADP]mito + [Pi]mito) / Rcm [Pi]cell = Pitotal - (3[ATP]cell + 2[ADP]cell + [AMP] + [PhosphoCreatine] + (3[ATP]mito + 2[ADP]mito + [Pi]mito) / Rcm)
`class`	`GradientP` proton driving force dP = 1/(1 - u) * dpH
`class`	`GradientpH` proton gradient on mitochondrial inner membrane.
`class`	`MassConservation` calculation of molecular concentration conformed to mass conservation law [A] = [A]total - [A']
`class`	`MassConservation2` calculation of molecular concentration conformed to mass conservation law [A] = [A]total - [A']
`class`	`MembranePotential` membrane potential on mitochondrial inner membrane.
`class`	`MetalFreeConcentration` free concentration of metal affinity molecule [A]free = [A]total / (1 + [metal]free / kD)
`class`	`PartialPotential` calcuration of partial potential.
`class`	`PressureToConcentration` calculation of concentration of gas-molecule from partial pressure.
`class`	`RedoxPotential` Calculation of the redox potential.
`class`	`RedoxPotentialCyta` Calculation of the redox potential of cytochrome a Ema = Emc + dP * (2 + 2 * u) / 2
`class`	`VolumeRatio` Calculation of volume ratio between cell and organella.
`class`	`Zvalue` calculation of z value.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function のフィールド
`Node`	`ConcentrationAMP.AdenosineTotal`
`Node`	`ConcentrationPi.ADPtcell` total ADP concentration in cytosol
`Node`	`ConcentrationAMP.ADPtcell`
`Node`	`ConcentrationPi.ADPtmit` total ADP concentration in mitochondria
`Node`	`ConcentrationPi.AMP` AMP concentration in cytosol
`Node`	`ConcentrationPi.ATPtcell` total ATP concentration in cytosol
`Node`	`ConcentrationAMP.ATPtcell`
`Node`	`ConcentrationPi.ATPtmit` total ATP concentration in mitochondria
`Node`	`RedoxPotentialCyta.dP` proton gradient
`Node`	`MembranePotential.dP` proton driving force
`Node`	`MembranePotential.dpH` proton gradient of mitochondrial matrix to cytosol
`Node`	`GradientP.dpH` proton gradient between cytosol and matrix
`Node`	`ConcentrationCyta2.Ema` redox potential of cytochrome a
`Node`	`RedoxPotentialCyta.Emc` redox potential of cytochrome c
`Node`	`MetalFreeConcentration.metal` metal ion concentration
`Node`	`MassConservation.other` other concentration of the same molecular group
`Node`	`PressureToConcentration.PartialPressure`
`Node`	`ConcentrationPi.PCr` phosphocreatine concentration in cytosol
`Node`	`GradientpH.pHcell` pH of cytosol
`Node`	`GradientpH.pHmit` pH of mitochondrial matrix
`Node`	`ConcentrationPi.Pimit` iorganic phosphate concentration in mitochondria
`Node`	`RedoxPotential.Product` product and substrate concentrations of reaction
`Node`	`Acidity.Proton`
`Node`	`VolumeRatio.ratio` volume ratio
`Node`	`ConcentrationPi.Rcm` volume ratio between cytosol and mitochondrial matrix
`Node`	`RedoxPotential.Substrate` product and substrate concentrations of reaction
`Node`	`PartialPotential.total` membrane potential
`Node`	`MetalFreeConcentration.total` total concentration
`Node`	`MassConservation.total` total concentration
`Node`	`ConcentrationCyta2.Zvalue` Z = 2.303 * R * T / F

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.chemical での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.chemical のクラス
`class`	`CN` effect of CN addition.
`class`	`FCCP` effect of FCCP addition.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.chemical のフィールド
`Node`	`CN.CN` cyanide concentration
`Node`	`FCCP.FCCP` FCCP concentration

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule のクラス
`class`	`SubstrateDehydrogenation` NADH dehydrogenation.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule のフィールド
`Node`	`Diffusion.external` external concentration
`Node`	`Diffusion.internal` internal concentration
`Node`	`SubstrateDehydrogenation.NAD` NAD+ concentration
`Node`	`SubstrateDehydrogenation.NADH` NADH concentration
`Node`	`SubstrateDehydrogenation.Rcm` ratio of cytosol active volume and mitochondria volume

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer のクラス
`class`	`HBuffering` Buffering capacity coefficient for H⁺ (r_buffer).

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer のフィールド
`Node`	`HBuffering.pH` a measure of the activity of hydrogen ions (H⁺) in a solution

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer.Ca での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer.Ca のフィールド
`Node`	`TroponinNL_RK.ADP`
`Node`	`TroponinNL_RK.Pi`

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme のクラス
`class`	`AK` Adenylate Kinase (AK) System vAK = kf[ADP]free_cell[ADP]mg_cell - kb[ATP]mg_cell[AMP]cell
`class`	`CK` Creatine Kinase (CK) System.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.enzyme のフィールド
`Node`	`AK.ADPfree` free ADP concentration in cytosol
`Node`	`AK.ADPmg` Mg binding ADP concentration in cytosol
`Node`	`CK.ADPtotal` total ADP concentration in cytosol
`Node`	`AK.ADPtotal` total ADP concentration in cytosol
`Node`	`AK.AMP` AMP concentration in cytosol
`Node`	`AK.ATPmg` Mg binding ATP concentration in cytosol
`Node`	`CK.ATPtotal` total ATP concentration in cytosol
`Node`	`AK.ATPtotal` total ATP concentration in cytosol
`Node`	`CK.Cr` creatine concentration in cytosol
`Node`	`CK.PCr` phosphocreatine concentration in cytosol
`Node`	`CK.Proton` proton concentration in cytosol

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain のクラス
`class`	`ATPsynthase` Mitochondrial F1/F0 ATP Synthase.
`class`	`ComplexI` NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I).
`class`	`ComplexIII` Cytochrome bc1 Complex (complex III).
`class`	`ComplexIV` Cytochrome c Oxidase (complex IV).
`class`	`OxidativePhosphorylation` Differential equation for reactions of oxidattive phosphorylation.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain のフィールド
`Node`	`ComplexIV.a2` cytochrome a2+ (reduced) concentration
`Node`	`ATPsynthase.ADPtmito` total ADP concentration in mitochondrial matrix
`Node`	`ATPsynthase.ATPtmito` total ATP concentration in mitochondrial matrix
`Node`	`ComplexIV.c2` cytochrome c2+ (reduced) concentration
`Node`	`OxidativePhosphorylation.Cytc2` cytochrome c2+ (reduced) concentration
`Node`	`ComplexIII.dP` proton driving force of mitochondrial inner membrane
`Node`	`ComplexI.dP` proton driving force on mitochondrial inner membrane
`Node`	`ATPsynthase.dP` proton driving force on mitochondrial inner membrane
`Node`	`ComplexIII.Emc` redox potential for cytochrome c
`Node`	`ComplexI.EmN` redox potential for NADH
`Node`	`ComplexIII.EmU` redox potential for ubiquinone
`Node`	`ComplexI.EmU` redox potential for ubiquinone
`Node`	`ATPsynthase.Hcell` proton concentration in cytosol
`Node`	`OxidativePhosphorylation.Hmito` proton concentration in mitochondrial matrix
`Node`	`ATPsynthase.Hmito` proton concentration in mitochondrial matrix
`Node`	`ComplexIV.kC4` rate constant of complex IV
`Node`	`OxidativePhosphorylation.NADH` mitochondrial NADH concentration
`Node`	`ComplexIV.O2` oxygen concentration
`Node`	`OxidativePhosphorylation.Oxygen` oxygen concentration
`Node`	`ATPsynthase.Pitmito` inorganic phosphate concentration in mitochondrial matrix
`Node`	`OxidativePhosphorylation.rbuffermito` buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
`Node`	`ATPsynthase.rbuffermito` buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
`Node`	`OxidativePhosphorylation.Rcm` ratio of cytosol volume and mitochondria volume
`Node`	`ATPsynthase.Rcm` ratio of cytosol volume and mitochondria volume
`Node`	`OxidativePhosphorylation.UQH2` ubiquinol (UQH2) concentration
`Node`	`OxidativePhosphorylation.vC1` rate of complex I
`Node`	`OxidativePhosphorylation.vC3` rate of complex III
`Node`	`OxidativePhosphorylation.vC4` rate of complex IV

org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter のクラス
`class`	`ANT` ADP/ATP carrier, ADP/ATP translocase, SLC25A4.
`class`	`PhosphateCarrier` Phosphate Transporter.
`class`	`ProtonLeak` Proton leak from cytosol to intremitochondoria.

Node として宣言されている org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter のフィールド
`Node`	`ANT.ADPfcell` Mg free ADP concentration in cytosol (mM)
`Node`	`ANT.ADPfmito` Mg free ADP concentration in mitohocndria (mM)
`Node`	`ANT.ADPtcell` total ADP concentration in cytosol (mM)
`Node`	`ANT.ATPfcell` Mg free ATP concentration in cytosol (mM)
`Node`	`ANT.ATPfmito` Mg free ATP concentration in mitohocndria (mM)
`Node`	`ANT.ATPtcell` total ATP concentration in cytosol (mM)
`Node`	`ANT.ATPtmito` total ATP concentration in mitohocndria (mM)
`Node`	`ProtonLeak.dP` proton gradient of mitohocndrial inner membrane
`Node`	`ANT.dPsicell` membrane potential at matrix side of mitochondrial inner membrane (mV)
`Node`	`ANT.dPsimito` membrane potential at matrix side of mitochondrial inner membrane (mV)
`Node`	`ProtonLeak.Hcell` proton concentration in cytosol (mM)
`Node`	`PhosphateCarrier.Hcell` proton concentration in cytosol (mM)
`Node`	`ProtonLeak.Hmito` proton concentration in mitohocndria (mM)
`Node`	`PhosphateCarrier.Hmito` proton concentration in mitochondrial matrix (mM)
`Node`	`ANT.Hmito` proton concentration in mitohocndria (mM)
`Node`	`ProtonLeak.kLK1` rate constant of proton leak (mM/msec)
`Node`	`PhosphateCarrier.pHcell` pH in cytosol
`Node`	`PhosphateCarrier.pHmito` pH in mitochondrial matrix
`Node`	`PhosphateCarrier.Pitcell` inorganic phosphate concentration in cytosol (mM)
`Node`	`PhosphateCarrier.Pitmito` inorganic phosphate concentration in mitochondrial matrix (mM)
`Node`	`ProtonLeak.rbuffermito` buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
`Node`	`PhosphateCarrier.rbuffermito` buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
`Node`	`ANT.rbuffermito` buffering capacity for proton in mitochondrial matrix
`Node`	`ProtonLeak.Rcm` ratio of cytosol volume and mitochondria volume
`Node`	`PhosphateCarrier.Rcm` ratio of cytosol volume and mitochondria volume
`Node`	`ANT.Rcm` ratio of cytosol volume and mitochondria volume

org.simBio.bio.negroni_lascano_1996 での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.negroni_lascano_1996 のクラス
`class`	`CrossBridge` Cross bridge kinetics of Cardiac Muscle Model by Negroni and Lascano.
`class`	`Qpump` equation 8 in the Negroni and Lascano, 1996 Qpump=Kp/(1+(Km/[Ca2+])^2)
`class`	`Qrel` equation 9 in the Negroni and Lascano, 1996

Node として宣言されている org.simBio.bio.negroni_lascano_1996 のフィールド
`Node`	`Troponin.Ca`
`Node`	`Qrel.Ca`
`Node`	`Qpump.Ca`
`Node`	`Qrel.CaRest`
`Node`	`Troponin.dXdt`
`Node`	`CrossBridge.dXdt`
`Node`	`Qrel.elapsedTime`
`Node`	`CrossBridge.Fb`
`Node`	`CrossBridge.Fp`
`Node`	`Qrel.Km`
`Node`	`Qpump.Km`
`Node`	`Qrel.Kp`
`Node`	`Qpump.Kp`
`Node`	`Troponin.L`
`Node`	`CrossBridge.L`
`Node`	`Qrel.Qm`
`Node`	`Qrel.Qpump`
`Node`	`Qrel.QpumpRest`
`Node`	`Qrel.Qsr`
`Node`	`Qrel.t0`
`Node`	`Qrel.t1`
`Node`	`Troponin.TCa`
`Node`	`Troponin.TCaCB`
`Node`	`CrossBridge.TCaCB`
`Node`	`Troponin.TCB`
`Node`	`CrossBridge.TCB`
`Node`	`CrossBridge.X`

org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp のクラス
`class`	`LChange` muscle length is set with the controlled step and duration
`class`	`Model` Cardiac Muscle Model by Negroni and Lascano.

Node として宣言されている org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp のフィールド
`Node`	`Model.Ca`
`Node`	`Model.Fb`
`Node`	`Model.Fp`
`Node`	`Model.L`
`Node`	`LChange.L` muscle length
`Node`	`Model.TCa`
`Node`	`Model.TCaCB`
`Node`	`Model.TCB`
`Node`	`Model.X`

org.simBio.bio.noble_et_al_1998 での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.noble_et_al_1998 のフィールド
`Node`	`Model.CaCalmod`
`Node`	`Model.Cads`
`Node`	`Model.Cai`
`Node`	`Model.Carel`
`Node`	`Model.CaTrop`
`Node`	`Model.Caup`
`Node`	`Model.CrossBridge`
`Node`	`Model.d`
`Node`	`Model.E`
`Node`	`Model.f`
`Node`	`Model.f2`
`Node`	`Model.f2ds`
`Node`	`Model.FrAct`
`Node`	`Model.FrProd`
`Node`	`Model.h`
`Node`	`Model.ICaL`
`Node`	`Model.IKr`
`Node`	`Model.IKs`
`Node`	`Model.Istim`
`Node`	`Model.Ki`
`Node`	`Model.Ko`
`Node`	`Model.LightChain`
`Node`	`Model.m`
`Node`	`Model.Nai`
`Node`	`Model.r`
`Node`	`Model.s`
`Node`	`Model.Tension`
`Node`	`Model.xr1`
`Node`	`Model.xr2`
`Node`	`Model.xs`

org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function のクラス
`class`	`JunctionalConductance` Calculate the junctional conductance (nS).
`class`	`JunctionalPotential` Calculate the trans-junctional potential between neighbouring two cells.

Node として宣言されている org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function のフィールド
`Node`	`JunctionalConductance.gj` the unitary conductance of gap junction channels (pS)
`Node`	`JunctionalConductance.pOpen` the mean open probability of the gates
`Node`	`JunctionalPotential.Vm1` membrane potential of cell no 1
`Node`	`JunctionalPotential.Vm2` membrane potential of cell no 2

org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics のクラス
`class`	`IndependentGate` Calculate the mean open probability of the gating model consisting of multiple independent gates.
`class`	`MultiStateModel` Ligand-operated multi transition model.
`class`	`RateConstantCaGate` Calculate the forward and backward rate constans of two-state model by using time constant, pKd and Hill coefficient
`class`	`TwoStateModel` Two-state model.

Node として宣言されている org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics のフィールド
`Node`	`TwoStateModel.close` closed state probability
`Node`	`MultiStateModel.close` closed state probability
`Node`	`RateConstantCaGate.k_backward` backward rate constant
`Node`	`RateConstantCaGate.k_forward` forward rate constant
`Node`	`TwoStateModel.ligand` ligand concentration
`Node`	`MultiStateModel.ligand` ligand concentration
`Node`	`TwoStateModel.open` open state probability
`Node`	`MultiStateModel.open` open state probability
`Node`	`RateConstantCaGate.pX` p[X].

org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure のクラス
`class`	`GapJunctionK` Gap junction model.

Node として宣言されている org.simBio.bio.oka_et_al_2006.structure のフィールド
`Node`	`GapJunction.Cm1` membrane capacitance of cell #1 (pF)
`Node`	`GapJunction.Cm2` membrane capacitance of cell #2 (pS)
`Node`	`GapJunction.conductance` conductance of gapjunction (nS)
`Node`	`GapJunctionK.Ki1` intracellular K⁺ concentration of cell #1 (mM)
`Node`	`GapJunctionK.Ki2` intracellular K⁺ concentration of cell #2 (mM)
`Node`	`GapJunction.Vm1` membrane potential of cell #1 (mV)
`Node`	`GapJunction.Vm2` membrane potential of cell #2 (mV)
`Node`	`GapJunctionK.volume1` cell volume of cell #1 (um³)
`Node`	`GapJunctionK.volume2` cell volume of cell #2 (um³)

org.simBio.bio.sarai_et_al_2003 での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.sarai_et_al_2003 のフィールド
`Node`	`VoltageClamp.observedCurrent` total current through the cell membrane (pA)
`Node`	`VoltageClamp.Vm` membrane potential (mV)

org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.carrier での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.carrier のフィールド
`Node`	`IPMCA.ADP` intracellular ADP concentration (mM)
`Node`	`IPMCA.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`IPMCA.Cai` Ca²⁺ concentration in cytoplasm (mM)
`Node`	`IPMCA.Cao` Ca²⁺ concentration in external solution (mM)
`Node`	`IPMCA.dATP` rate of the ATP consumption (mM/ms)
`Node`	`IPMCA.Vi` cell volume accessible for ion diffusion

org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.current.cf のフィールド
`Node`	`ICaL.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`ICaL.CaDiadic` local Ca2+ concentration near the mouth of L-type Ca channel (mM)
`Node`	`ICaL.Cai` intracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`ICaL.gate` ultra-slow gate probability
`Node`	`ICaL.pAI` AI state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pAP` AP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pC` C state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.pRP` PR state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pU` U state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.pUCa` UCa state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.sumCa` integration of ICaL
`Node`	`ICaL.Vm` membrane potential (mV)

org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function のクラス
`class`	`Rate` Rate.
`class`	`Ratio` Ratio.

Node として宣言されている org.simBio.bio.sarai_et_al_2006.function のフィールド
`Node`	`Ratio.denominator` denominator
`Node`	`Ratio.numerator` numerator
`Node`	`Rate.sum` total amount
`Node`	`Rate.target` target to sum

org.simBio.bio.sarai_noma_2004 での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.sarai_noma_2004 のフィールド
`Node`	`VoltageClamp.Vm`

org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState のクラス
`class`	`MonteCarlo`
`class`	`NaChannel` 4 state gate of fast Sodium channel calculated by Monte Carlo method and ordinary differential Equations.

Node として宣言されている org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState のフィールド
`protected Node`	`ODE.pAI`
`protected Node`	`ODE.pAP`
`protected Node`	`ODE.pRP`

org.simBio.bio.sarai_noma_2004.structure での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.sarai_noma_2004.structure のフィールド
`Node`	`GapJunction.Cm1` membrane capacitance of cell #1
`Node`	`GapJunction.Cm2` membrane capacitance of cell #2
`Node`	`GapJunction.Vm1` membrane potential of cell #1
`Node`	`GapJunction.Vm2` membrane potential of cell #2

org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current のクラス
`class`	`PMCA` sarcolemmal Ca²⁺ pump.

Node として宣言されている org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.current のフィールド
`Node`	`ICaL.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`IRyR.CaDiadic` local Ca2+ concentration near the mouth of RyR channel
`Node`	`ICaL.CaDiadic` local Ca²⁺ concentration near the mouth of L-type Ca channel (mM)
`Node`	`PMCA.Cai` concentration of intracellular Ca²⁺ [mM]
`Node`	`IRyR.Cai` intracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`INaCa.Cai` concentration of intracellular Ca²⁺ [mM]
`Node`	`ICaL.Cai` intracellular Ca²⁺ concentration (mM)
`Node`	`INaCa.Cao` concentration of extracellular Ca²⁺ [mM]
`Node`	`IRyR.Carel` calcium concentration in SR rel (mM)
`Node`	`IRyR.close` close state probability
`Node`	`CfChannel.constantFieldCa` Ca2+ flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`CfChannel.constantFieldCl` Cl- flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`CfChannel.constantFieldK` K+ flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`CfChannel.constantFieldNa` Na+ flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`ICaL.gate` ultra-slow gate probability
`Node`	`INaCa.inActivation1` I1 probability for inactivation gate 1 (Na-dependent)
`Node`	`INaCa.inActivation2` I2 probability for inactivation gate 2 (Ca-dependent)
`Node`	`INaCa.Nai` concentration of intracellular Na⁺ [mM]
`Node`	`INaCa.Nao` concentration of extracellular Na⁺ [mM]
`Node`	`IRyR.open` open state probability
`Node`	`ICaL.pAI` AI state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pAP` AP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pC` C state probability for Ca²⁺-dependent gate
`Node`	`INaCa.pE1total` E1 probability
`Node`	`PMCA.permeabilityCa` factor to define the maximum PMCA current [pA/pF]
`Node`	`CfChannel.permeabilityCa` channel permeability for Ca2+
`Node`	`CfChannel.permeabilityCl` channel permeability for Cl- [pA/pF/mM]
`Node`	`CfChannel.permeabilityK` channel permeability for K+ [pA/pF/mM][pA/pF/mM]
`Node`	`CfChannel.permeabilityNa` channel permeability for Na+ [pA/pF/mM]
`Node`	`ICaL.pRP` PR state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pU` U state probability for Ca²⁺-dependent gate
`Node`	`ICaL.pUCa` UCa state probability for Ca²⁺-dependent gate
`Node`	`INaCa.T` absolute temperature [K]
`Node`	`INaCa.Vm` membrane potential [mV]
`Node`	`ICaL.Vm` membrane potential (mV)

org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function のクラス
`class`	`Electroneutrality` Calculate difference between total amounts of cations and anions.
`class`	`ENaCa` equilibrium potential for Na⁺/Ca²⁺ exchanger.
`class`	`Ouabain` Calculate ouabain effect on amplitude of INaK.

Node として宣言されている org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function のフィールド
`Node`	`Electroneutrality.aCa` amount of intracellular Ca²⁺ [pEq]
`Node`	`Electroneutrality.aCl` amount of intracellular Cl^- [pEq]
`Node`	`Electroneutrality.aK` amount of intracellular K⁺ [pEq]
`Node`	`Electroneutrality.aLA` amount of intracellular LA [pEq]
`Node`	`Electroneutrality.aNa` amount of intracellular Na⁺ [pEq]
`Node`	`Electroneutrality.Ca` concentration of intracellular Ca²⁺ [mM]
`Node`	`Electroneutrality.Cl` concentration of intracellular Cl^- [mM]
`Node`	`ENaCa.ECa` equilibrium potential for Ca²⁺ [mV]
`Node`	`ENaCa.ENa` equilibrium potential for Na⁺ [mV]
`Node`	`Electroneutrality.K` concentration of intracellular K⁺ [mM]
`Node`	`Electroneutrality.LA` concentration of intracellular LA [mM]
`Node`	`Ouabain.max` maximum amplitude [A/F]
`Node`	`Electroneutrality.Na` concentration of intracellular Na⁺ [mM]
`Node`	`Ouabain.ouabain` concentration of extracellular ouabain [mM]
`Node`	`Electroneutrality.totalanion` amount of intracellular total anions [pEq]
`Node`	`Electroneutrality.totalcation` amount of intracellular total cations [pEq]
`Node`	`Electroneutrality.volume` intracellular actuve volume [um^3]

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.complex での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.complex のフィールド
`Node`	`SR.Cai`
`Node`	`SR.CaTotal`
`Node`	`SR.Ileak`
`Node`	`SR.Irel`
`Node`	`SR.Iup`

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current のクラス
`class`	`IbCa` Background Ca²⁺ current.
`class`	`IbNa` Background Na⁺ current.
`class`	`ICa` L-type Ca²⁺ current.
`class`	`IpK` Plateau K current.
`class`	`Ito_endo` Transient outward current.

Node として宣言されている org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current のフィールド
`Node`	`IpCa.Cai`
`Node`	`ICa.Cai`
`Node`	`ICa.Cao`
`Node`	`Ito_endo.conductance`
`Node`	`Ito.conductance`
`Node`	`INa.conductance`
`Node`	`IKs.conductance`
`Node`	`IKr.conductance`
`Node`	`IK1.conductance`
`Node`	`ICa.conductance`
`Node`	`ICa.d`
`Node`	`ICa.dinfi`
`Node`	`Ito_endo.dt`
`Node`	`Ito.dt`
`Node`	`INa.dt`
`Node`	`IKs.dt`
`Node`	`IKr.dt`
`Node`	`ICa.dt`
`Node`	`ICa.dtau`
`Node`	`ICa.eCa`
`Node`	`IbCa.eCa`
`Node`	`Ito_endo.eK`
`Node`	`Ito.eK`
`Node`	`IpK.eK`
`Node`	`IKr.eK`
`Node`	`IK1.eK`
`Node`	`IKs.eKs`
`Node`	`INa.eNa`
`Node`	`IbNa.eNa`
`Node`	`ICa.f`
`Node`	`ICa.fCa`
`Node`	`ICa.fCainfi`
`Node`	`ICa.finfi`
`Node`	`ICa.ftau`
`Node`	`IK1.gate`
`Node`	`INa.h`
`Node`	`INa.hinfi`
`Node`	`INa.htau`
`Node`	`INa.j`
`Node`	`INa.jinfi`
`Node`	`INa.jtau`
`Node`	`IKr.Ko`
`Node`	`IK1.Ko`
`Node`	`INa.m`
`Node`	`INa.minfi`
`Node`	`INa.mtau`
`Node`	`Ito_endo.r`
`Node`	`Ito.r`
`Node`	`Ito_endo.rinfi`
`Node`	`Ito.rinfi`
`Node`	`Ito_endo.rtau`
`Node`	`Ito.rtau`
`Node`	`Ito_endo.s`
`Node`	`Ito.s`
`Node`	`Ito_endo.sinfi`
`Node`	`Ito.sinfi`
`Node`	`INa.ssActivation`
`Node`	`INa.ssInactivation`
`Node`	`Ito_endo.stau`
`Node`	`Ito.stau`
`Node`	`Ito_endo.Vm`
`Node`	`Ito.Vm`
`Node`	`IpK.Vm`
`Node`	`INa.Vm`
`Node`	`IKs.Vm`
`Node`	`IKr.Vm`
`Node`	`IK1.Vm`
`Node`	`ICa.Vm`
`Node`	`IbNa.Vm`
`Node`	`IbCa.Vm`
`Node`	`IKr.xr1`
`Node`	`IKr.xr1infi`
`Node`	`IKr.xr1tau`
`Node`	`IKr.xr2`
`Node`	`IKr.xr2infi`
`Node`	`IKr.xr2tau`
`Node`	`IKs.xs`
`Node`	`IKs.xsinfi`
`Node`	`IKs.xstau`

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.carrier のフィールド
`Node`	`INaCa.alfa`
`Node`	`INaK.amplitude`
`Node`	`INaCa.amplitude`
`Node`	`INaCa.Cai`
`Node`	`INaCa.Cao`
`Node`	`INaK.F`
`Node`	`INaCa.gamma`
`Node`	`INaCa.KmCa`
`Node`	`INaK.KmK`
`Node`	`INaK.KmNa`
`Node`	`INaCa.KmNai`
`Node`	`INaK.Ko`
`Node`	`INaCa.ksat`
`Node`	`INaK.Nai`
`Node`	`INaCa.Nai`
`Node`	`INaCa.Nao`
`Node`	`INaK.R`
`Node`	`INaK.T`
`Node`	`INaK.Vm`
`Node`	`INaCa.Vm`

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux のクラス
`class`	`UpTake` Pump current taking up calcium into SR.

Node として宣言されている org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux のフィールド
`Node`	`UpTake.Cai`
`Node`	`Release.Cai`
`Node`	`Leak.Cai`
`Node`	`Release.Casr`
`Node`	`Leak.Casr`
`Node`	`Release.d`
`Node`	`Release.dt`
`Node`	`Release.g`
`Node`	`Release.ginfi`
`Node`	`Release.Vm`

org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function のクラス
`class`	`ReversalPotential2` calculate reversal potential of the specific Ion.

Node として宣言されている org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.function のフィールド
`Node`	`Current.in`
`Node`	`ReversalPotential2.Ki`
`Node`	`ReversalPotential2.Ko`
`Node`	`ReversalPotential2.Nai`
`Node`	`ReversalPotential2.Nao`
`Node`	`Charge.Vm`

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.complex での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.complex のクラス
`class`	`WaterFlux` Water flux across the cell membrane [um³/ms].

Node として宣言されている org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.complex のフィールド
`Node`	`WaterFlux.Caext` concentration of extracellular Ca²⁺ [mM]
`Node`	`WaterFlux.Caint` concentration of intracellular Ca²⁺ [mM]
`Node`	`WaterFlux.Clext` concentration of extracellular Cl^- [mM]
`Node`	`WaterFlux.Clint` concentration of intracellular Cl^- [mM]
`Node`	`WaterFlux.Kext` concentration of extracellular K⁺ [mM]
`Node`	`WaterFlux.Kint` concentration of intracellular K⁺ [mM]
`Node`	`WaterFlux.LAext` concentration of extracellular large anionic compound [mM]
`Node`	`WaterFlux.LAint` concentration of intracellular large anionic compound [mM]
`Node`	`WaterFlux.Naext` concentration of extracellular Na⁺ [mM]
`Node`	`WaterFlux.Naint` concentration of intracellular Na⁺ [mM]
`Node`	`WaterFlux.TotalIonext` sum of extracellular ionic concentration [mM]
`Node`	`WaterFlux.TotalIonint` sum of intracellular ionic concentration [mM]
`Node`	`WaterFlux.volumeext` extracellular volume [um³]
`Node`	`WaterFlux.volumeint` intracellular volume [um³]

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current での Node の使用

Node として宣言されている org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current のフィールド
`Node`	`Diffusion.Cai` concentration of intracellular Ca2+ [mM]
`Node`	`Diffusion.Cao` concentration of extracellular Ca2+ [mM]
`Node`	`MembraneTransporter.CCl` to see Cl current component
`Node`	`Diffusion.Cli` concentration of intracellular Cl- [mM]
`Node`	`Diffusion.Clo` concentration of extracellular Cl- [mM]
`Node`	`MembraneTransporter.currentCl` link to the Cl component (pA) of compartment
`Node`	`Diffusion.Ki` concentration of intracellular K+ [mM]
`Node`	`Diffusion.Ko` concentration of extracellular K+ [mM]
`Node`	`Diffusion.Nai` concentration of intracellular Na+ [mM]
`Node`	`Diffusion.Nao` concentration of extracellular Na+ [mM]

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.carrier での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.carrier のクラス
`class`	`NKCC` Flux via Na⁺-K⁺-2Cl^- cotransporter [amol/msec].

Node として宣言されている org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.carrier のフィールド
`Node`	`NKCC.ClFlux` Cl- current carried by NKCC1 [pA]
`Node`	`NKCC.Cli` concentration of intracellular Cl^- [mM]
`Node`	`NKCC.Clo` concentration of extracellular Cl^- [mM]
`Node`	`NKCC.Ki` concentration of intracellular K⁺ [mM]
`Node`	`NKCC.Ko` concentration of extracellular K⁺ [mM]
`Node`	`NKCC.Nai` concentration of intracellular Na⁺ [mM]
`Node`	`NKCC.Nao` concentration of extracellular Na⁺ [mM]
`Node`	`NKCC.P` factor to define the maximum flux via NKCC1 [amol]
`Node`	`NKCC.pE1S` probability of pE1S

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf のクラス
`class`	`CfChannel` calculate current component of Na, K, Ca, and Cl ion according to the constant field theory.
`class`	`IClb`
`class`	`IVRCC` volume-regulated Cl- current.

Node として宣言されている org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf のフィールド
`Node`	`Ist.activation`
`Node`	`ICaT.activation` open probability of activation gate
`Node`	`ICFTR.ATP` concentration of intracellular ATP [mM]
`Node`	`ICaL.ATP` intracellular ATP concentration (mM)
`Node`	`Iha.C1`
`Node`	`Iha.C2`
`Node`	`ICaL.CaDiadic` local Ca²⁺ concentration near the mouth of L-type Ca channel (mM)
`Node`	`Ist.Cai`
`Node`	`ILCCa.Cai` intracellular calcium concentration (mM)
`Node`	`ICaL.Cai` intracellular Ca²⁺ concentration (mM)
`Node`	`ICFTR.cAMP` concentration of intracellular cAMP [mM]
`Node`	`CfChannel.constantFieldCa` Ca2+ flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`CfChannel.constantFieldCl` Cl- flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`CfChannel.constantFieldK` K+ flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`CfChannel.constantFieldNa` Na+ flux calculated by constant field theory [mM]
`Node`	`ICFTR.cPKA` fraction of cAMP-activated PKA
`Node`	`INa.gate` ultra-slow gate
`Node`	`ICaL.gate` ultra-slow gate probability
`Node`	`Ito.gate1` activation gating variable
`Node`	`Ito.gate2` inactivation gating variable
`Node`	`IKpl.GK` channel conductance
`Node`	`Ist.inactivation`
`Node`	`ICaT.inactivation` open probability of inactivation gate
`Node`	`ICFTR.Isoprenaline` concentration of extracellular isoprenaline [uM]
`Node`	`Iha.O1`
`Node`	`Iha.O2`
`Node`	`Iha.O3`
`Node`	`INa.pAI` AI state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pAI` AI state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`INa.pAP` AP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pAP` AP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pC` C state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`IVRCC.permeabilityCl` converting factor for IVRCC [pA/pF/mM]
`Node`	`INab.permeabilityK` converting factor (conductance) for K+ background current [pA/pF/mM]
`Node`	`IClb.permeabilityK` converting factor (conductance) for K+ background current [pA/pF/mM]
`Node`	`ICFTR.POpen` open probability
`Node`	`INa.pRP` RP state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pRP` PR state probability for voltage-dependent gate
`Node`	`ICaL.pU` U state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`ICaL.pUCa` UCa state probability for calcium-dependent gate
`Node`	`Ist.slowInact`
`Node`	`IVRCC.Vm` membrane potential [mV]
`Node`	`Ito.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`Ist.Vm`
`Node`	`INa.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`IKpl.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`Iha.Vm`
`Node`	`ICaT.Vm` membrane potential
`Node`	`ICaL.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`IVRCC.Vt` intracellular volume [um^3]

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium のクラス
`class`	`PureKchannel` calculate pure potassium channel current.

Node として宣言されている org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.potassium のフィールド
`Node`	`IK1.alfa` rate constant
`Node`	`IKATP.ATPi` concentration of intracellular ATP[mM]
`Node`	`IKs.Ca` intracellular Ca²⁺ concentration
`Node`	`IK1.gate` gate, blocked by polyamine (time dependent compornent)
`Node`	`IKs.gate1` the open probability of voltage-dependent gate
`Node`	`IKr.gate1` activation gating variable (the rapid component)
`Node`	`IKs.gate2` the open probability of [Ca2+]i-dependent gate
`Node`	`IKr.gate2` activation gating variable (the slow component)
`Node`	`IKr.gate3` inactivation gating variable
`Node`	`PureKchannel.permeabilityK` channel permeability for potassium
`Node`	`IKr.POpen`
`Node`	`PureKchannel.reversalPotential` reversal potential
`Node`	`PureKchannel.Vm` membrane potential (mV)
`Node`	`IKs.Vm` Membrane Potential(mV)

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment のクラス
`class`	`StepChanger2` step change
`class`	`TonicityChange` Change extracellular fluid tonicity

Node として宣言されている org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.experiment のフィールド
`Node`	`TonicityChange.Caext` concentration of extracellular Ca2+ [mM]
`Node`	`TonicityChange.Cainitial` concentration of initial extracellular Ca2+ [mM]
`Node`	`TonicityChange.Clext` concentration of extracellular Cl- [mM]
`Node`	`TonicityChange.Clinitial` concentration of initial extracellular Cl- [mM]
`Node`	`TonicityChange.elapsedTime`
`Node`	`TonicityChange.Kext` concentration of extracellular K+ [mM]
`Node`	`TonicityChange.Kinitial` concentration of initial extracellular K+ [mM]
`Node`	`TonicityChange.LAext` concentration of extracellular large anionic compound [mM]
`Node`	`TonicityChange.LAinitial` concentration of initial extracellular large anionic compound [mM]
`Node`	`TonicityChange.Naext` concentration of extracellular Na+ [mM]
`Node`	`TonicityChange.Nainitial` concentration of initial extracellular Na+ [mM]
`Node`	`VolumeRatio.Vt` total cell volume (um^3)

org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function での Node の使用

Node を実装している org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function のクラス
`class`	`AmplitudeNaK` Calculate volume-dependency of INaK amplitude.
`class`	`KoDependency2` Calculate Ko dependency for IKATP.
`class`	`Tonicity` Tonicity of extracellular fluid .
`class`	`TotalVolume` Calculate total cell volume from cell volume accessible for ion diffusion.

Node として宣言されている org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function のフィールド
`Node`	`Tonicity.Caext` concentration of extracellular Ca2+ [mM]
`Node`	`Tonicity.Clext` concentration of extracellular Cl- [mM]
`Node`	`Tonicity.Kext` concentration of extracellular K+ [mM]
`Node`	`KoDependency2.Ko` out side Potassium concentration
`Node`	`KoDependency.Ko` concentration of extracellular Potassium (mM)
`Node`	`Tonicity.LAext` concentration of extracellular large anionic compound [mM]
`Node`	`Tonicity.Naext` concentration of extracellular Na+ [mM]
`Node`	`Volume.ratio` ratio
`Node`	`Tonicity.T` extracellular fluid tonicity
`Node`	`Volume.total` total value
`Node`	`TotalVolume.Vi` the osmotically active cell volume (um^3)
`Node`	`AmplitudeNaK.Vt` total cell volume [um^3]

org.simBio.core での Node の使用

org.simBio.core での Node のサブインタフェース
`interface`	`Variable`

Node を実装している org.simBio.core のクラス
`class`	`Analyzer` Please inherit this Class to manipulate every Node.
`class`	`Component` super class of the core package, similar to public String, Component of the Composite Pattern.
`class`	`Composite` Composite Pattern.
`class`	`Conductor` root instance to conduct integration.
`class`	`Link` making Link
`class`	`Parameter` labeled public double, Component of the Composite Pattern.
`class`	`Reactor` set of equations.

Node として宣言されている org.simBio.core のフィールド
`Node`	`Conductor.duration` duration of integration
`Node`	`Conductor.elapsedTime` elapsed time
`Node`	`Conductor.timeStep` time step of integration

Node を返す org.simBio.core のメソッド
`protected Node`	`Composite.getLink(java.lang.String name)` 引数のnameで指定されたxmlのlinkが指し示す対象への参照を返す。
`Node`	`Composite.getNode(java.lang.String name)` serch the Node of the same name, 受け取った文字列と同じ名前の最初に見つかったNodeを返す。

org.simBio.core.integrator での Node の使用

Node を実装している org.simBio.core.integrator のクラス
`class`	`Concentration` The amount of ion (or molecule) is hold as value.
`class`	`Euler` the variable calculated by euler method オイラー法で計算される変数
`class`	`Positive` keep the value positive.
`class`	`PositiveRK` Keep the value positive, for Runge-Kutta.
`class`	`Probability` Keep the value between 0 and 1.
`class`	`RungeKutta` RungeKutta法で計算される変数 the variable calculated by RungeKutta method

org.simBio.sim.analyzer での Node の使用

Node を実装している org.simBio.sim.analyzer のクラス
`class`	`StopWatch`
`class`	`VisualizeAnalyzer` base class for visualized Node(Viewer, Graph, Axis).

Node として宣言されている org.simBio.sim.analyzer のフィールド
`Node`	`StopWatch.elapsedTime`
`Node`	`StopWatch.lapTime`
`Node`	`StopWatch.totalTime`

Node を返す org.simBio.sim.analyzer のメソッド
`protected Node`	`VisualizeAnalyzer.getNodeHierarchically(java.lang.String name)` serch the Node of the same name(or upper level node). if the Node is Link, follow the Link.
`Node`	`VisualizeAnalyzer.getNodeRecursive(java.lang.String name)` serch the Node of the same name. if the Node is Link, follow the Link.

Node 型のパラメータを持つ org.simBio.sim.analyzer のメソッド
`protected double`	`VisualizeAnalyzer.getDouble(Node node)` get value from node. if node is null, return 0.0

org.simBio.sim.analyzer.csv での Node の使用

Node を実装している org.simBio.sim.analyzer.csv のクラス
`class`	`ALaCarte` Writes a numerical value of selected nodes to csv file.
`class`	`CsvMaker` csv形式で値をfileに書き出す。
`class`	`Siblings` should be placed into the xml file of the parent node from which one wants to get the childrens' parameters 親Reactorの持つ全てのVariableとReactorの値をcsv形式で書き出す
`class`	`Total` writes values of all parameters, variables and nodes to csv file 親Reactor以下のTreeに存在する全てのReactorとParameterの値をcsv fileに書き出す

Node として宣言されている org.simBio.sim.analyzer.csv のフィールド
`Node`	`CsvMaker.elapsedTime`

org.simBio.sim.analyzer.csv.result での Node の使用

Node を実装している org.simBio.sim.analyzer.csv.result のクラス
`class`	`AbstractAppender` append the parameters to CSV file at the end of calculation.

Node として宣言されている org.simBio.sim.analyzer.csv.result のフィールド
`Node`	`AbstractAppender.fileName` file name to write result data.

org.simBio.sim.analyzer.graph での Node の使用

Node を実装している org.simBio.sim.analyzer.graph のクラス
`class`	`AbstractGraph` Graphのフレームワークを提供する. 本クラスでは、画面の再描画機能などは提供せずに、継承したGraph系クラスをシンプルに実装できるようにフレームワークを構成する。
`class`	`Axis` 座標軸の基底クラス.
`class`	`AxisX` X座標軸クラス
`class`	`AxisXFix` x axis (do not scroll) for RelationGraph.
`class`	`AxisXLog` x axis by log scale.
`class`	`AxisY` Y座標軸クラス
`class`	`AxisYLog` y axis by log scale.
`class`	`BasicGraph` 時系列データを表示するGraph.
`class`	`Graph` 2D graph 時系列データを表示するGraph(最適化済).
`class`	`Graph4State` targetを、面として表示する. 線・点の描画メソッドをoverrideして、面を描画するようにしています。
`class`	`RelationGraph` 2D graph of relation between two parameters.
`class`	`StepChart` targetをずらして表示する。
`class`	`Viewer` Graph viewer.

Node として宣言されている org.simBio.sim.analyzer.graph のフィールド
`protected Node[]`	`AbstractGraph.target` 描画対象となるNode (target X)

org.simBio.sim.analyzer.graph.simple での Node の使用

Node を実装している org.simBio.sim.analyzer.graph.simple のクラス
`class`	`RateGraph` sample graph for bio.function
`class`	`RateGraph_KA` sample graph for bio.function
`class`	`RelationGraph_LP` 2D graph of relation between two parameters for org.simBio.sim.analyzer.measure.LeadPotential.

Node として宣言されている org.simBio.sim.analyzer.graph.simple のフィールド
`Node`	`RateGraph_KA.iv`
`Node`	`RateGraph_KA.max`
`Node`	`RateGraph_KA.min`
`Node`	`RateGraph_KA.step`
`Node`	`Axis.units`
`Node`	`RelationGraph_LP.Vm`

org.simBio.sim.analyzer.measure での Node の使用

Node を実装している org.simBio.sim.analyzer.measure のクラス
`class`	`AbstractMeasure` Measuring.
`class`	`Amplitude` get the difference between the maximum and minimum value of the target.
`class`	`AmplitudeInCycle` get the difference between the maximum and minimum value of the target in a cycle.
`class`	`APD` Measuring Action Potential Duration.
`class`	`APDforSA` ペースメーカモデルの活動電位持続時間を計測する。
`class`	`APDforSA2` ペースメーカモデルの活動電位持続時間を計測する。
`class`	`HR` 心拍数を計測する。
`class`	`LeadPotential` Lead Potentialを計算する。
`class`	`Limitter` targetの値が設定値を超えたら計算を終了する。
`class`	`PeakDetect` onsetとoffsetの間でtargetの極値を求める。
`class`	`Sum` targetsの和を求める。
`class`	`Vmax` Measuring dV/dt max.
`class`	`VmaxTime` measure Vmax and timing of Vmax.

Node として宣言されている org.simBio.sim.analyzer.measure のフィールド
`Node`	`APDforSA2.APA` 活動電位の大きさ (mV)
`Node`	`APD.APA`
`Node`	`LeadPotential.CCa`
`Node`	`LeadPotential.CCl`
`Node`	`LeadPotential.CK`
`Node`	`VmaxTime.Cm` membrane capacitance (pS)
`Node`	`Vmax.Cm`
`Node`	`LeadPotential.CNa`
`Node`	`LeadPotential.currentCa`
`Node`	`LeadPotential.currentCl`
`Node`	`LeadPotential.currentK`
`Node`	`LeadPotential.currentNa`
`Node`	`LeadPotential.ECa`
`Node`	`LeadPotential.ECl`
`Node`	`LeadPotential.EK`
`Node`	`LeadPotential.ENa`
`Node`	`LeadPotential.INaK`
`Node`	`LeadPotential.IPMCA_CCa`
`Node`	`Vmax.It`
`Node`	`APD.It`
`Node`	`HR.iTotal` 総電流 (pA)
`Node`	`APDforSA2.iTotal` 総電流 (pA)
`Node`	`VmaxTime.Itotal` total membrane current (pA)
`Node`	`AmplitudeInCycle.maximum` maximum value of the target
`Node`	`Amplitude.maximum` maximum value of the target
`Node`	`APDforSA2.MDP` 最大分極電位 (mV)
`Node`	`AmplitudeInCycle.minimum` minimum value of the target
`Node`	`Amplitude.minimum` minimum value of the target
`Node`	`APDforSA2.OverShoot` 活動電位のピーク (mV)
`Node`	`APD.peak`
`Node`	`APD.percent`
`Node`	`APD.resting`
`Node`	`PeakDetect.target`
`Node`	`Limitter.target` 計測対象
`Node`	`AmplitudeInCycle.target` to analyze
`Node`	`Amplitude.target` to analyze
`Node`	`LeadPotential.Vm`
`Node`	`APDforSA.Vm` 膜電位 (mV)
`Node`	`APD.Vm`
`Node`	`VmaxTime.Vmax` Vmax: maximum rate of rise (mV/ms)

org.simBio.util.numerical での Node の使用

Node を実装している org.simBio.util.numerical のクラス
`class`	`MathFunction` This abstract class represents a mathematical function on a simBio model tree.
`class`	`MathMultivariableFunction` This abstract class represents a mathematical function on a simBio model tree (light-weight version).
`class`	`MathUnivariableFunction` This abstract class represents a mathematical function on a simBio model tree (light-weight version).

org.simBio.util.numerical.methods での Node の使用

Node 型のパラメータを持つ org.simBio.util.numerical.methods のメソッド
`static double`	`BroydenMethod.solve(MathFunction[] functions, Node[] nodes)` Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.
`static double`	`BroydenMethod.solve(MathFunction[] functions, Node[] nodes, double epsilon, int iteration)` Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.
`static double`	`SecantMethod.solve(MathFunction function, Node node)` Solve the specified nonlinear equation.
`static double`	`SecantMethod.solve(MathFunction function, Node node, double epsilon)` Solve the specified nonlinear equation.
`static double`	`BroydenMethod.solve(MathMultivariableFunction[] functions, Node[] nodes)` Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.
`static double`	`BroydenMethod.solve(MathMultivariableFunction[] functions, Node[] nodes, double epsilon, int iteration)` Solves the specified nonlinear equations for the specified variables.
`static double`	`SecantMethod.solve(MathUnivariableFunction function, Node node)` Solve the specified nonlinear equation.
`static double`	`SecantMethod.solve(MathUnivariableFunction function, Node node, double epsilon)` Solve the specified nonlinear equation.

概要

パッケージ

クラス

使用

階層ツリー

非推奨 API

索引

ヘルプ

前次

フレームあり フレームなし

インタフェースorg.simBio.core.Node の使用

インタフェース
org.simBio.core.Node の使用