Ishihara et. al., 2009
Ishihara et. al., 2009のモデル作成に必要なファイルをsourceforgeのCVSにアップしました。チェックアウトして使ってください。 モデル作成用xmlの名前はこちらです。 src/xml/ishihara_et_al_2009/FromTakeuchi2006.make.Mg1reduced_up.xml とりあえず実行形式のzipも作成しておきました。 simBio-1...
simBio-jaとは？
心筋細胞などの生物学的数理モデルを開発するためのJavaパッケージです。
詳しくは参考文献をご参照下さい。
simBio 1.0でエラーが出るときは
simBio 1.0以降のソースを使うとき、エラーが発生してしまうことがあります。 英語版チュートリアルAdd tools.jar User Libraryで説明されているように、現在使用しているJDKのlibフォルダにあるtools.jarを認識させてください。 もし、これだけではエラーが消えないときは、ビルド・パスのライブラリからJUnit 3を削除し、もう一度[ライブラリの追加]からJUni...
チュートリアル解説
simBio チュートリアルには誤記だけではなく記述の不十分な点も残っているようです。コンピュータは馬鹿正直なので、優しく誤解を解いてあげてください。
チュートリアル正誤表
simBioチュートリアルについて、現在までに判明した修正点をまとめています。
eclipseのセットアップ法 (Windows XP)
XML編集機能、simBioプラグインを備え、日本語化されたeclipseを準備する方法を説明します。
eclipseのセットアップ法 (Mac OS X)
XML編集機能とsimBioプラグインを備え、日本語化されたeclipseを準備する方法を説明します。
simBio 1.0PR2を公開しました
SourceForgeからダウンロードできます。 前バージョンからの変更点は容積調節モデル(Takeuchi et al, 2006)を追加しました。実行方法はinstructionsを参照してください。ギャップジャンクションのカルシウムゲートモデル(Oka et al, 2006)を追加しました。ナトリウムカルシウム交換機転のノックアウト解析(Sarai et al, 2006)を追加しました。...
心筋細胞容積調節モデル
心筋細胞容積調節論文がThe Journal of General Physiologyに掲載されました。 論文の図を再現するソースコードは数週間以内に公開できるよう現在準備中です。 Ayako Takeuchi, Shuji Tatsumi, Nobuaki Sarai, Keisuke Terashima, Satoshi Matsuoka, and Akinori Noma, Ionic M...
simBioを使い始めるまで
http://jp.sim-bio.org/Movies/GettingStarted/ ではsimBioを使って、京都モデル(モルモット心筋細胞数理モデル)を使い始めるまでの手順をビデオで説明します。...
チュートリアル
simBioの使い方とKyotoモデルのマニュアルが京都通信社さんから出版されました。 内容はゼロから始めてKyotoモデルを自由に使えるところまで解説しています。 詳しくは、 もくじ (pdf, 15,157 バイト)序にかえて (pdf, 29,154 バイト)第I章 (pdf, 3,679,203 バイト)謝辞 (pdf, 14,535 バイト) をご参照下さい。 ご注文はhttp://ww...
