simBio-ja

概要

Eclipse Javaパースペクティブで、ポップアップメニューからsimBioを実行します。 現在、RunGUI, Composer, ResultGenerator, XmlGeneratorに対応しています。

最新情報はhttp://jp.sim-bio.org/を参照してください。

使用条件

このプラグインはフリーソフトウェアです。 あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 劣等一般公衆利用許諾契約書(LGPL バージョン2.1)の定める条件の下で 再頒布または改変することができます。

このプラグインは有用であることを願って頒布されますが、*全くの無保証* です。 商業可能性の保証や特定の目的への適合性は、 言外に示されたものも含め全く存在しません。 詳しくはGNU 劣等一般公衆利用許諾契約書(LGPL_2-1.txt)をご覧ください。

LGPLの原文はhttp://www.gnu.org/copyleft/lesser.html、 LGPLの日本語参考訳はhttp://www.opensource.gr.jp/lesser/lgpl.ja.html にあります。

動作環境

• Eclipse 3.x (Eclipse 3.1を使って作成・動作確認しました。)
• simBio (simBio 0.2.1を使って作成・動作確認しました。)

インストール

UpdateSite: http://www.sim-bio.org/eclipse/update/からインストールしてください。 Eclipse 3.1での手順は以下の通りです。

1. Eclipseのメニューから"ヘルプ" - "ソフトウェア更新" - "検索とインストール"を選択します。
2. "インストールする新規フィーチャーを検索"をチェックし、"次へ"をクリックします。
3. "新規リモート・サイト"をクリックします。
4. "新規更新サイト"ダイアログの"名前:"欄に"simBio"等好きな名前を入力し、 "URL:"欄に"http://www.sim-bio.org/eclipse/update/"を入力し、"終了"をクリックします。
5. "インストール"ダイアログが現れるので、 "simBio"をチェックし、"次へ"をクリックします。
6. "I accept the terms in the license agreement"をチェックし、"次へ"をクリックします。
7. "終了"をクリックします。
8. "Verification"ダイアログが出現しますが、"全てインストール"をクリックします。
9. "Install/Update"ダイアログが出現するので、"Yes"もしくは"Apply Changes"をクリックします。

もしくはzipファイル(simBio_eclipse_x.x.x.zip等)を展開し、出来たフォルダorg.simBio.eclipse_*をEclipse/pluginsフォルダに入れてください。

使用法

RunGUIで実行

1つ以上のsimBio用モデルxmlを選択・右クリックし、[simBio] - [Run on GUI]をクリックすると、RunGUIで実行します。

1度実行すると、起動構成を保存しますので、2回目からはクールバーから

もしくはメニューから前回の構成で起動出来ます。

Composerで実行

Composer用モデル構築xmlを選択・右クリックし、[simBio] - [Compose and Run]をクリックすると、モデルxmlを構築し、GUIで実行します。 実行後はcomposed.xmlが作成されていますので、フォルダーを更新してください。

ResultGeneratorで実行

モデルxmlとプロトコルxmlを選択・右クリックし、[simBio] - [Run Protocol]をクリックすると、ResultGeneratorで実行します。

xmlを生成

1つ以上のReactorもしくはAnalyzerを選択・右クリックし、[simBio] - [generate XML]をクリックすると、XMLファイルを生成します。

著作権

Copyright (C) 2002-2005年 皿井伸明、及び貢献者。個別名については各ファイルに記載しています。

バグ、要望はsarai@card.med.kyoto-u.ac.jpまでご連絡下さい。