お知らせ

Ishihara et. al., 2009

Ishihara et. al., 2009のモデル作成に必要なファイルをsourceforgeのCVSにアップしました。チェックアウトして使ってください。

モデル作成用xmlの名前はこちらです。
src/xml/ishihara_et_al_2009/FromTakeuchi2006.make.Mg1reduced_up.xml

とりあえず実行形式のzipも作成しておきました。
simBio-1.0-ishihara_et_al_2009.bin.zip

チュートリアル正誤表

simBioチュートリアルについて、現在までの修正点は以下の通りです。

p. 34 図2-2-2 3行3列目の角丸四角「linitial_value」
→ 「initial_value」

p. 49 6行目「からIK1、」
→ 「からIK1、」

p. 83 下から4行目 「変数名をクリックして、」 
→ 「変数名を右クリックして、」

p. 89 図4-3-15 変数offsetのコメントがonsetとなっている。
→ コメントもoffsetが正しいです。

p. 100 8行目「これで003.xmlを実行すると、」
→ 「[ファイル]→[別名保管]から新たな名前003.xmlを付けて保管し、実行すると、」

p. 104 下から4行目「繰り返すと安定します。」
→ 「しばらくシミュレーションを続けると安定します。」

p. 141 下から6行目 「Eclipase」 
→ 「Eclipse」

p. 146 図6-4-11が図6-4-9と同じ図
6-4-11_0010.png

p. 153 7行目「0014.xmlを作ります。」
→ 「0015.xmlを作ります。」

心筋細胞容積調節モデル

心筋細胞容積調節論文がThe Journal of General Physiologyに掲載されました。
論文の図を再現するソースコードは数週間以内に公開できるよう現在準備中です。

Ayako Takeuchi, Shuji Tatsumi, Nobuaki Sarai, Keisuke Terashima, Satoshi Matsuoka, and Akinori Noma,
Ionic Mechanisms of Cardiac Cell Swelling Induced by Blocking Na+/K+ Pump As Revealed by Experiments and Simulation.
The Journal of General Physiology, 128(5): 495-507, 2006.
doi:10.1085/jgp.200609646

チュートリアル

simBioの使い方とKyotoモデルのマニュアルが京都通信社さんから出版されました。 内容はゼロから始めてKyotoモデルを自由に使えるところまで解説しています。 詳しくは、


をご参照下さい。
ご注文はhttp://www.kyoto-info.com/kyoto/から御願いします。

京都通信社 
http://www.kyoto-info.com/kyoto/
shigotoba@kyoto-info.com
〒604-0022 京都市中京区室町通御池上る御池之町309
電話 075-211-2340 Fax 075-231-3561

医学のあゆみ

医学のあゆみに紹介記事が掲載されました。

皿井伸明、野間昭典
Kyotoモデル―心筋細胞の包括的数理モデル 
医学のあゆみ, 217: 616-622, 2006.

血管医学

血管医学に使い方を説明した記事が掲載されました。

皿井 伸明、松岡 達、野間 昭典
包括的心筋細胞モデル(京都モデル)
血管医学 Vol. 6, No. 6, p. 93-103, 2005-12.

simBio用Eclipseプラグイン

概要

Eclipse Javaパースペクティブで、ポップアップメニューからsimBioを実行します。 現在、RunGUI, Composer, ResultGenerator, XmlGeneratorに対応しています。

最新情報はhttp://jp.sim-bio.org/を参照してください。

使用条件

このプラグインはフリーソフトウェアです。 あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 劣等一般公衆利用許諾契約書(LGPL バージョン2.1)の定める条件の下で 再頒布または改変することができます。

このプラグインは有用であることを願って頒布されますが、*全くの無保証* です。 商業可能性の保証や特定の目的への適合性は、 言外に示されたものも含め全く存在しません。 詳しくはGNU 劣等一般公衆利用許諾契約書(LGPL_2-1.txt)をご覧ください。

LGPLの原文はhttp://www.gnu.org/copyleft/lesser.html、 LGPLの日本語参考訳はhttp://www.opensource.gr.jp/lesser/lgpl.ja.html にあります。

動作環境

  • Eclipse 3.x (Eclipse 3.1を使って作成・動作確認しました。)
  • simBio (simBio 0.2.1を使って作成・動作確認しました。)

インストール

UpdateSite: http://www.sim-bio.org/eclipse/update/からインストールしてください。 Eclipse 3.1での手順は以下の通りです。

  1. Eclipseのメニューから"ヘルプ" - "ソフトウェア更新" - "検索とインストール"を選択します。
  2. "インストールする新規フィーチャーを検索"をチェックし、"次へ"をクリックします。
  3. "新規リモート・サイト"をクリックします。
  4. "新規更新サイト"ダイアログの"名前:"欄に"simBio"等好きな名前を入力し、 "URL:"欄に"http://www.sim-bio.org/eclipse/update/"を入力し、"終了"をクリックします。 simBio用eclipseプラグイン更新サイト
  5. "I accept the terms in the license agreement"をチェックし、"次へ"をクリックします。
  6. "終了"をクリックします。
  7. "Verification"ダイアログが出現しますが、"全てインストール"をクリックします。
  8. "Install/Update"ダイアログが出現するので、"Yes"もしくは"Apply Changes"をクリックします。

もしくはzipファイル(simBio_eclipse_x.x.x.zip等)を展開し、出来たフォルダorg.simBio.eclipse_*をEclipse/pluginsフォルダに入れてください。

使用法

RunGUIで実行

simBioモデルxml用ポップアップメニュー 1つ以上のsimBio用モデルxmlを選択・右クリックし、[simBio] - [Run on GUI]をクリックすると、RunGUIで実行します。

クールバーから前回の構成で起動 1度実行すると、起動構成を保存しますので、2回目からはクールバーから

メニューから前回の構成で起動 もしくはメニューから前回の構成で起動出来ます。

Composerで実行

Composer用モデル構築xmlを選択・右クリックし、[simBio] - [Compose and Run]をクリックすると、モデルxmlを構築し、GUIで実行します。 実行後はcomposed.xmlが作成されていますので、フォルダーを更新してください。

ResultGeneratorで実行

モデルxmlとプロトコルxmlを選択・右クリックし、[simBio] - [Run Protocol]をクリックすると、ResultGeneratorで実行します。

xmlを生成

simBioモデルJavaクラス用ポップアップメニュー 1つ以上のReactorもしくはAnalyzerを選択・右クリックし、[simBio] - [generate XML]をクリックすると、XMLファイルを生成します。

著作権

Copyright (C) 2002-2005年 皿井伸明、及び貢献者。個別名については各ファイルに記載しています。

バグ、要望はsarai@card.med.kyoto-u.ac.jpまでご連絡下さい。

API

Javadoc APIをhttp://jp.sim-bio.org/api/に配置しました。

日本語サイト開設

心筋細胞モデルの開発に利用しているJavaパッケージを公開する日本語サイトを開設しました。

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