simBio-ja

SourceForgeからダウンロードできます。

前バージョンからの変更点は

1. 容積調節モデル(Takeuchi et al, 2006)を追加しました。実行方法はinstructionsを参照してください。
2. ギャップジャンクションのカルシウムゲートモデル(Oka et al, 2006)を追加しました。
3. ナトリウムカルシウム交換機転のノックアウト解析(Sarai et al, 2006)を追加しました。
4. ヒト心室筋細胞モデル(Kurata et al, 2005, ten Tusscher et al, 2004) を追加しました。
5. ギャップジャンクションモデル(Henriquez et al, 2001)を追加しました。
6. 解説を改訂しました。

http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=146713からダウンロードしてください。

前のバージョンから更新した点は、

1. ヒト心室筋細胞モデルten Tusscher et al (2004)を追加しました。src/xml/tenTusscher_et_al_2004を実行してください。その他の実行可能モデルのリストはhttp://www.sim-bio.org/model/です。
2. モデルxmlの一部分を変更してから実行できるようになりました。例はsrc/xml/matsuoka_et_al2003/Fig.2.make.xmlです。 src/xml/kuratomi_et_al_2003.xmlは削除され、matsuoka_et_al_2003からの変更点だけをkuratomi_et_al_2003.make.xmlに記述しました
3. テストケースを追加しました
4. 重複していたjarを削除
5. Javadocコメントを改訂
6. Ist, Ito, GUIのバグを解消

詳しくはhttp://sourceforge.net/projects/simbio/をご覧下さい。

心筋細胞モデル、上皮、膵臓ベータ細胞モデルなどのシミュレーションツール、simBioを公開しました。simBioはJavaとXMLで書かれている常微分方程式計算ツールです。

前のバージョンからの更新点は、

1. ライセンスにLGPLを適用しました。
2. GUIが新しくなりました。
3. 心筋細胞容積調節モデル(Terashima et al, 2006, in press)をシミュレーションできます。
4. XMLファイルの英語コメントを、計算終了後に保存したときに保持するようになりました。

このパッケージで実行可能なモデルの一覧: http://www.sim-bio.org/model/

download: http://sourceforge.net/projects/simbio/

メーリングリスト: http://sourceforge.net/projects/simbio/

参考文献

1. 皿井 伸明、天野 晃、松岡 達、松田 哲也、野間 昭典 生物学的視点に基づくオブジェクト指向生体機能シミュレーション シミュレーション, vol. 23, No. 1, p. 4-13, 2004.
2. Nobuaki Sarai, Satoshi Matsuoka and Akinori Noma simBio: a Java package for the development of detailed cell models Progress in Biophysics and Molecular Biology, 2005, in press

CellML形式で記述されたモデルをsimBio形式に変換する機能をAlan Garny博士がCellular Open Resource　(COR)に追加してくれました。

実行結果

xml/cor/vanderpol_model_1928.xml

これらを含んだ最新版を公開します。

ダウンロード: SourceForge.net ファイルリスト

Javadoc APIも更新しました。

以前のバージョンからの変更点は、docs_jaを展開した中のhistory/index.htmlを参照してください。

Matsuoka et al., 2004を実行できるsimBio最新版を公開します。

ダウンロード: SourceForge.net ファイルリスト

Matsuoka S, Sarai N, Jo H, Noma A.
Simulation of ATP metabolism in cardiac excitation-contraction coupling.
Prog Biophys Mol Biol. 2004 Jun-Jul;85(2-3):279-99.

Matsuoka et al., 2003に記載されたモルモット心筋細胞、興奮収縮モデルにミトコンドリアATP産生モデルが追加されています。

1. simBio_*.zipをダウンロードし、適当なディレクトリに全て展開して下さい。
2. 展開した中に含まれているsimBio_*.jarをダブルクリックして実行して下さい。(実行にはJavaが必要です。Java 2 Platform, Standard Edition, v 1.4.2 (J2SE) をhttp://java.sun.com/j2se/1.4.2/ja/download.htmlからダウンロードしてインストールして下さい。)
3. メニューの[File]-[Open]でxml/matsuoka_et_al_2004/exp/AnoxiaSimulation.xmlを開いて下さい。
4. メニューの[Model]-[Start]で無酸素状態に変化したときのシミュレーションを実行します。