simBio-ja

simBio 1.0以降のソースを使うとき、エラーが発生してしまうことがあります。
英語版チュートリアルAdd tools.jar User Libraryで説明されているように、現在使用しているJDKのlibフォルダにあるtools.jarを認識させてください。

もし、これだけではエラーが消えないときは、ビルド・パスのライブラリからJUnit 3を削除し、もう一度[ライブラリの追加]からJUnit 3を選択してください。

もし、これでも上手くいかないときはご連絡下さい。

simBio チュートリアルには誤記だけではなく記述の不十分な点も残っているようです。コンピュータは馬鹿正直なので、優しく誤解を解いてあげてください。

専門用語については囲み記事や注釈などで適宜解説を加えてありますが、抜けている箇所がありましたら著者までご連絡ください。 google.co.jp等の検索サイトで用語を検索すると、解説が得られる場合もあります。

I-2 simBioの入手

p. 15 囲みにあるように、ファイヤーウオールの背後からSourceForgeのCVSに接続できないときは、Eclipseにhttpプロキシを設定してください。

悪意のあるアクセスを遮断する目的で、企業や大学などでは内部のネットワークと外部のインターネットとの間に情報のやりとりを制限する障壁、すなわちファイヤーウォールを設けていることがあります。 ファイヤーウォールの設定によっては、「SourceForge」のCVSに接続するための通信路を設定せねばならない場合があります。この特別の通信路のことをプロキシと呼びます。

I-3 Eclipseプラグインのインストール

p. 22 項目3で躓くときは、p. 23中程の囲みにあるようにhttpプロキシを設定してください。

II-2 XMLからパラメータを変更する

p. 36 図2-2-5のようにtutorialが出来上がらないときは、p13,14のようにeclipseが設定されているか、simBioプロジェクトはちゃんと存在してて、モデルも動いているかを確認してから、一旦、tutorialプロジェクトを削除して、作り直してみてください。

p. 38 model.xmlを実行しようとすると、main classが見つからないのでプログラムを終了します。というエラーが出て開けないときは、図2-2-4のようにビルド・パスが正しく設定されているか確認してください。

III-4 パラメータ依存性の調べ方

p. 64 ①eraseでpageを削除しないと、以下のエラーが発生して停止します。

java.lang.IllegalArgumentException: Prefix string too short
	at java.io.File.createTempFile(Unknown Source)
	at org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues.(Unknown Source)

これはグラフ機能によるものなので、グラフが必要な場合はsimpleグラフを使用するために、org.simBio.sim.analyzer.graph.*をorg.simBio.sim.analyzer.graph.simple.*に変更してください。

p. 64 protocolとmakeでは囲みで説明している"をすべて'にしても良いです。

IV-3 機能要素の作成

p. 76と79の囲みにあるようにJavadocを作成するにはJDKが必要です。p. 78先頭の囲みを参照してください。

p. 83 simBioではJavaクラスの中で他の要素を参照するとき、Nodeもしくはdoubleを使います。積分計算の経過中に変化しうる要素はNodeとして定義し、絶対に変化しない数値はdoubleとして定義します。

IV-4 雛形XMLの作成

p. 91 積分計算のdtを決定するための数式はVariableListクラスに記述されています。

p. 91 生物学的なモデルの計算式と、計算結果を解析するプログラムとを区別するために、後者はAnalyzerと呼んでいます。org.simBio.sim.analyzer以下にあらかじめ標準的なAnalyzerは用意されています。新たに作成することも可能です。

IV-5 モデルXMLの構築

p. 95 ※15 Javadocに関する説明はp. 76を参照してください。

p. 96 hodgkin_huxley_1952.Membraneクラスではp. 84にあるようにpublic double Cmに1.0を設定しています。図4-5-4でもCmのinitial_valueに1.0を設定しています。実際の計算にはxmlに設定された値が用いられます。xmlにCmを定義する行そのものがなければ、クラスに記述された値が用いられます。initial_value属性だけがないときは、0.0が設定されます。

VI-5-(5) 解析解

p. 155 微分方程式がdy/dt=2tの様に紙と鉛筆で解ける場合は、解析解の方がEuler法等による近似解よりも誤差が少なくなり、計算速度も速くなります。ただし、その場合、一瞬で定常状態に達することが仮定されているので、それで良いか十分に検討する必要があります。

p. 157 00.19.xmlでカルモデュリンを微分方程式で計算するように変更したときは、CaTotalを削除して、これをリンクしていた部分をCaに直す必要があります。0017.xmlにおいて解析解でCaバッファーの計算をしたときは、

の関係がありましたが、0019.xmlでは、

であり、CaTotalは計算に不要になるからです。

XML編集機能、simBioプラグインを備え、日本語化されたeclipseを準備する方法を説明します。

Windows標準の展開ツールは時間がかかるので、圧縮展開ツール7-zipをダウンロードしてインストールします。

Web Tools Platform (WTP) Projectのdownloadsページから最新版リリース1.5.3のページに移動し、Windows用のAll-in-one wtp-all-in-one-sdk-R-1.5.3-win32.zipをクリックし、ミラーサイトの一覧から近いところを選んで（自動的に選んでくれてます）ダウンロードします。これを展開するために右クリックしてポップアップメニューから[7-Zip] - [Extract files]をクリックします。展開先(Extract to)にC:\Program Filesを選択して実行すると、C:\Program Files\eclipseフォルダが出来ます。

WTP 1.5.3はeclipse 3.2.2を元にしているので、eclipse downloadsページのAll Versionsと書かれているリンクをクリックし、ページの下の方にある3.2.1_Language Packをクリック、eclipseの日本語パックNLpack1-eclipse-SDK-3.2.1-win32.zipをダウンロードします。先ほどと同様に7-ZipでC:\Program Filesに展開します。

Language Packs: 1.5.xのページに移動し、WTPの日本語パックNLpack1-wtp-sdk-R-1.5.1-200609230508a.zipをダウンロードします。先ほどと同様に7-ZipでC:\Program Filesに展開します。

simBioのダウンロードページからsimBio.Eclipse.Plug-in-0.2.1.bin.zipをダウンロードします。7-Zipで先ほどとは違ってC:\Program Files\eclipseに展開します。

ここで他のPCにセットアップするときのためにC:\Program Files\eclipseフォルダを選択し、右クリック、7-Zipでzipに圧縮しておくと良いでしょう。

C:\Program Files\eclipse\eclipse.exeをマウスの右ボタンでドラッグしてスタートメニュー、全てのプログラムにドロップし、ポップアップメニューからショートカットを作成します。クリックして実行すると、日本語化され、simBioプラグインもインストールされたeclipseが起動します。

XML編集機能、simBioプラグインを備え、日本語化されたeclipseを準備する方法を説明します。

Web Tools Platform (WTP) Projectのdownloadsページから最新版リリース1.5.3のページに移動し、Mac用のAll-in-one wtp-all-in-one-sdk-R-1.5.3-macosx-carbon.tar.gzをクリックし、ミラーサイトの一覧から近いところを選んで（自動的に選んでくれてます）ダウンロードします。これを展開すると、eclipseフォルダが出来ます。

WTP 1.5.3はeclipse 3.2.2を元にしているので、eclipse downloadsページのAll Versionsと書かれているリンクをクリックし、ページの下の方にある3.2.1_Language Packをクリック、eclipseの日本語パックNLpack1-eclipse-SDK-3.2.1-gtk.zipをダウンロードして展開するとeclipse 2フォルダが出来ます。

eclipse 2/featuresに含まれているフォルダとファイル全てを選択してeclipse/featuresに移動し（ドラッグ＆ドロップ）、eclipse 2/pluginsに含まれているもの全てを同様にeclipse/pluginsに移動し、空になったeclipse 2フォルダを削除してください。

Language Packs: 1.5.xのページに移動し、WTPの日本語パックNLpack1-wtp-sdk-R-1.5.1-200609230508a.zipをダウンロードして展開するとeclipse 2フォルダが出来ます。先ほどと同様に含まれてるファイルをeclipseフォルダに移動してください。

simBioのダウンロードページからsimBio.Eclipse.Plug-in-0.2.1.bin.zipをダウンロードして展開するとsimBio.Eclipse.Plug-in-0.2.1.binフォルダが出来ます。先ほどと同様に含まれてるファイルをeclipseフォルダに移動してください。

ここで他のPCにセットアップするときのためにeclipseフォルダをzipに圧縮しておくと良いでしょう。

eclipseフォルダを“アプリケーション”フォルダに移動し、その中に含まれているEclipseを実行（ダブルクリック）すると、日本語化され、simBioプラグインもインストールされたeclipseが起動します。

http://jp.sim-bio.org/Movies/GettingStarted/
ではsimBioを使って、京都モデル(モルモット心筋細胞数理モデル)を使い始めるまでの手順をビデオで説明します。