simBioパッケージに含まれている物

simBioのフォルダは Apache Maven の 標準フォルダー配置に倣っています。

Javeソースが入ってます。

• org.simBioにはmainメソッドを持つ起動用クラスを配置しています。

• org.simBio.bioには生物学的モデルを計算するクラスを配置しています。

  org.simBio.bioパッケージの下にpaperとして発表されている物は一般のpaper引用形式で、 それ以外は適当なパッケージを作って作成して下さい。

  • org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952
  • org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003
  • org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004
• org.simBio.coreには積分計算を行う基本クラスを配置しています。
• org.simBio.simにはGUI及び解析クラスを配置しています。

Javeソースと同じフォルダのdoc-filesフォルダにJavadocから参照される文書が入ってます。

モデルxmlが入ってます。

Javaソースのプロジェクトと同名のxmlフォルダーの下にそれを動かすモデルxmlが入ってます。 xmlが一つだけの場合は、同名のxmlファイルを作成しています。

• xml/hodgkin_huxley_1952.xml
• xml/matsuoka_et_al_2003/model.xml
• xml/matsuoka_et_al_2004/model.xml

ドキュメントが入ってます。