専門用語については囲み記事や注釈などで適宜解説を加えてありますが、抜けている箇所がありましたら著者までご連絡ください。 google.co.jp等の検索サイトで用語を検索すると、解説が得られる場合もあります。

I-2 simBioの入手

p. 15 囲みにあるように、ファイヤーウオールの背後からSourceForgeのCVSに接続できないときは、Eclipseにhttpプロキシを設定してください。

悪意のあるアクセスを遮断する目的で、企業や大学などでは内部のネットワークと外部のインターネットとの間に情報のやりとりを制限する障壁、すなわちファイヤーウォールを設けていることがあります。 ファイヤーウォールの設定によっては、「SourceForge」のCVSに接続するための通信路を設定せねばならない場合があります。この特別の通信路のことをプロキシと呼びます。

I-3 Eclipseプラグインのインストール

p. 22 項目3で躓くときは、p. 23中程の囲みにあるようにhttpプロキシを設定してください。

II-2 XMLからパラメータを変更する

p. 36 図2-2-5のようにtutorialが出来上がらないときは、p13,14のようにeclipseが設定されているか、simBioプロジェクトはちゃんと存在してて、モデルも動いているかを確認してから、一旦、tutorialプロジェクトを削除して、作り直してみてください。

p. 38 model.xmlを実行しようとすると、main classが見つからないのでプログラムを終了します。というエラーが出て開けないときは、図2-2-4のようにビルド・パスが正しく設定されているか確認してください。

III-4 パラメータ依存性の調べ方

p. 64 ①eraseでpageを削除しないと、以下のエラーが発生して停止します。

java.lang.IllegalArgumentException: Prefix string too short
	at java.io.File.createTempFile(Unknown Source)
	at org.simBio.sim.analyzer.graph.results.TimeSeriesValues.(Unknown Source)

これはグラフ機能によるものなので、グラフが必要な場合はsimpleグラフを使用するために、org.simBio.sim.analyzer.graph.*をorg.simBio.sim.analyzer.graph.simple.*に変更してください。

p. 64 protocolとmakeでは囲みで説明している"をすべて'にしても良いです。

IV-3 機能要素の作成

p. 76と79の囲みにあるようにJavadocを作成するにはJDKが必要です。p. 78先頭の囲みを参照してください。

p. 83 simBioではJavaクラスの中で他の要素を参照するとき、Nodeもしくはdoubleを使います。積分計算の経過中に変化しうる要素はNodeとして定義し、絶対に変化しない数値はdoubleとして定義します。

IV-4 雛形XMLの作成

p. 91 積分計算のdtを決定するための数式はVariableListクラスに記述されています。

p. 91 生物学的なモデルの計算式と、計算結果を解析するプログラムとを区別するために、後者はAnalyzerと呼んでいます。org.simBio.sim.analyzer以下にあらかじめ標準的なAnalyzerは用意されています。新たに作成することも可能です。

IV-5 モデルXMLの構築

p. 95 ※15 Javadocに関する説明はp. 76を参照してください。

p. 96 hodgkin_huxley_1952.Membraneクラスではp. 84にあるようにpublic double Cmに1.0を設定しています。図4-5-4でもCmのinitial_valueに1.0を設定しています。実際の計算にはxmlに設定された値が用いられます。xmlにCmを定義する行そのものがなければ、クラスに記述された値が用いられます。initial_value属性だけがないときは、0.0が設定されます。

VI-5-(5) 解析解

p. 155 微分方程式がdy/dt=2tの様に紙と鉛筆で解ける場合は、解析解の方がEuler法等による近似解よりも誤差が少なくなり、計算速度も速くなります。ただし、その場合、一瞬で定常状態に達することが仮定されているので、それで良いか十分に検討する必要があります。

p. 157 00.19.xmlでカルモデュリンを微分方程式で計算するように変更したときは、CaTotalを削除して、これをリンクしていた部分をCaに直す必要があります。0017.xmlにおいて解析解でCaバッファーの計算をしたときは、

の関係がありましたが、0019.xmlでは、

であり、CaTotalは計算に不要になるからです。

1. 容積調節モデル(Takeuchi et al, 2006)を追加しました。実行方法はinstructionsを参照してください。
2. ギャップジャンクションのカルシウムゲートモデル(Oka et al, 2006)を追加しました。
3. ナトリウムカルシウム交換機転のノックアウト解析(Sarai et al, 2006)を追加しました。
4. ヒト心室筋細胞モデル(Kurata et al, 2005, ten Tusscher et al, 2004) を追加しました。
5. ギャップジャンクションモデル(Henriquez et al, 2001)を追加しました。
6. 解説を改訂しました。

1. ヒト心室筋細胞モデルten Tusscher et al (2004)を追加しました。src/xml/tenTusscher_et_al_2004を実行してください。その他の実行可能モデルのリストはhttp://www.sim-bio.org/model/です。
2. モデルxmlの一部分を変更してから実行できるようになりました。例はsrc/xml/matsuoka_et_al2003/Fig.2.make.xmlです。 src/xml/kuratomi_et_al_2003.xmlは削除され、matsuoka_et_al_2003からの変更点だけをkuratomi_et_al_2003.make.xmlに記述しました
3. テストケースを追加しました
4. 重複していたjarを削除
5. Javadocコメントを改訂
6. Ist, Ito, GUIのバグを解消

参考文献

1. 皿井 伸明、天野 晃、松岡 達、松田 哲也、野間 昭典 生物学的視点に基づくオブジェクト指向生体機能シミュレーション シミュレーション, vol. 23, No. 1, p. 4-13, 2004.
2. Nobuaki Sarai, Satoshi Matsuoka and Akinori Noma simBio: a Java package for the development of detailed cell models Progress in Biophysics and Molecular Biology, 2005, in press

Eclipse Javaパースペクティブで、ポップアップメニューからsimBioを実行します。 現在、RunGUI, Composer, ResultGenerator, XmlGeneratorに対応しています。

最新情報はhttp://jp.sim-bio.org/を参照してください。

使用条件

このプラグインはフリーソフトウェアです。 あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 劣等一般公衆利用許諾契約書(LGPL バージョン2.1)の定める条件の下で 再頒布または改変することができます。

このプラグインは有用であることを願って頒布されますが、*全くの無保証* です。 商業可能性の保証や特定の目的への適合性は、 言外に示されたものも含め全く存在しません。 詳しくはGNU 劣等一般公衆利用許諾契約書(LGPL_2-1.txt)をご覧ください。

LGPLの原文はhttp://www.gnu.org/copyleft/lesser.html、 LGPLの日本語参考訳はhttp://www.opensource.gr.jp/lesser/lgpl.ja.html にあります。

動作環境

• Eclipse 3.x (Eclipse 3.1を使って作成・動作確認しました。)
• simBio (simBio 0.2.1を使って作成・動作確認しました。)

インストール

UpdateSite: http://www.sim-bio.org/eclipse/update/からインストールしてください。 Eclipse 3.1での手順は以下の通りです。

1. Eclipseのメニューから"ヘルプ" - "ソフトウェア更新" - "検索とインストール"を選択します。
2. "インストールする新規フィーチャーを検索"をチェックし、"次へ"をクリックします。
3. "新規リモート・サイト"をクリックします。
4. "新規更新サイト"ダイアログの"名前:"欄に"simBio"等好きな名前を入力し、 "URL:"欄に"http://www.sim-bio.org/eclipse/update/"を入力し、"終了"をクリックします。
5. "インストール"ダイアログが現れるので、 "simBio"をチェックし、"次へ"をクリックします。
6. "I accept the terms in the license agreement"をチェックし、"次へ"をクリックします。
7. "終了"をクリックします。
8. "Verification"ダイアログが出現しますが、"全てインストール"をクリックします。
9. "Install/Update"ダイアログが出現するので、"Yes"もしくは"Apply Changes"をクリックします。

もしくはzipファイル(simBio_eclipse_x.x.x.zip等)を展開し、出来たフォルダorg.simBio.eclipse_*をEclipse/pluginsフォルダに入れてください。

使用法

RunGUIで実行

1つ以上のsimBio用モデルxmlを選択・右クリックし、[simBio] - [Run on GUI]をクリックすると、RunGUIで実行します。

1度実行すると、起動構成を保存しますので、2回目からはクールバーから

もしくはメニューから前回の構成で起動出来ます。

Composerで実行

Composer用モデル構築xmlを選択・右クリックし、[simBio] - [Compose and Run]をクリックすると、モデルxmlを構築し、GUIで実行します。 実行後はcomposed.xmlが作成されていますので、フォルダーを更新してください。

ResultGeneratorで実行

モデルxmlとプロトコルxmlを選択・右クリックし、[simBio] - [Run Protocol]をクリックすると、ResultGeneratorで実行します。

xmlを生成

1つ以上のReactorもしくはAnalyzerを選択・右クリックし、[simBio] - [generate XML]をクリックすると、XMLファイルを生成します。

著作権

Copyright (C) 2002-2005年 皿井伸明、及び貢献者。個別名については各ファイルに記載しています。

バグ、要望はsarai@card.med.kyoto-u.ac.jpまでご連絡下さい。