org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex
クラス ATPsynthesis

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex.ATPsynthesis

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class ATPsynthesis
extends Reactor

The lumped model of ATP synthesis.

  [ADP] = totalAdenosine - [ATP]
  d[ATP] / dt = maxProducingRate * [ADP]
 

バージョン:

$Id: ATPsynthesis.java,v 1.2 2006/06/17 05:36:51 nsarai Exp $

作成者:

Nobuaki Sarai

関連項目:

Equation (11) and (12) of Table 3 in Matsuoka et al, 2003
XML example
explanation (Japanese)
explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	ATP ATP concentration ([ATP]).
double	maxProducingRate max rate of ATP production (/msec).
double	totalAdenosine total adenosine concentration (= [ATP] + [ADP]) (mM).

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ATPsynthesis()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

ATP

public Node ATP

ATP concentration ([ATP]). usually linked to the intracellular [ATP] (mM).

maxProducingRate

public double maxProducingRate

max rate of ATP production (/msec).

totalAdenosine

public double totalAdenosine

total adenosine concentration (= [ATP] + [ADP]) (mM).

コンストラクタの詳細

ATPsynthesis

public ATPsynthesis()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)

関連項目:

Reactor.calculate(double)