org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette
クラス VoltageClamp

java.lang.Object
  上位を拡張 org.simBio.core.Component
      上位を拡張 org.simBio.core.Parameter
          上位を拡張 org.simBio.core.Composite
              上位を拡張 org.simBio.core.Reactor
                  上位を拡張 org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter
                      上位を拡張 org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette.Pipette
                          上位を拡張 org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette.VoltageClamp
すべての実装されたインタフェース:
Node

public class VoltageClamp
extends Pipette

voltage clamp protocol.

バージョン:
$Revision: 1.1 $
作成者:
Nobuaki Sarai
関連項目:
XML example,
explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要
 double Cm
          membrane capacitance
 double holdingPotential
          basal potential for simulation
 Node observedCurrent
          current through the cell membrane
 double testPotential
          designated potential for simulation
 Node timeStep
          time step for integral calculation
 Node Vm
          membrane potential
 
クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.pipette.Pipette から継承されたフィールド
elapsedTime, interval, offset, onset
 
クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter から継承されたフィールド
cCa, CCa, cK, CK, cNa, CNa, current, currentCa, currentK, currentNa, total
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド
value
 
コンストラクタの概要
VoltageClamp()
           
 
メソッドの概要
protected  void calculate(double t)
          to keep Vm constant, Iext is applied.
protected  void prepare()
          construct null current
 
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize
 
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド
addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField
 
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks
 
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド
addDydt, addValue, getValue, setValue
 

フィールドの詳細

observedCurrent

public Node observedCurrent
current through the cell membrane


timeStep

public Node timeStep
time step for integral calculation


Vm

public Node Vm
membrane potential


Cm

public double Cm
membrane capacitance


testPotential

public double testPotential
designated potential for simulation


holdingPotential

public double holdingPotential
basal potential for simulation

コンストラクタの詳細

VoltageClamp

public VoltageClamp()
メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)
to keep Vm constant, Iext is applied. Iext = -Itoal - (apply - Vm.getValue()) * Cm / (dt * 4) Ideal voltage clamp condition is assumed.

オーバーライド:
クラス MembraneTransporter 内の calculate
パラメータ:
t - time
関連項目:
MembraneTransporter.calculate(double)

prepare

protected void prepare()
クラス MembraneTransporter の記述:
construct null current

オーバーライド:
クラス Pipette 内の prepare
関連項目:
Component.prepare()


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