org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca
クラス ODE

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Buffer
                      org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.ODE

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class ODE
extends Buffer

Ca buffer, using ordinary differential equation (ODE).

バージョン:

$Id: ODE.java,v 1.3 2007/09/10 06:33:04 nsarai Exp $

作成者:

Nobuaki Sarai

フィールドの概要

double	alpha association constant (/ms)
Node	Ca free Ca2+ concentration (mM)
double	Km Michaelis constant (mM)

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Buffer から継承されたフィールド

free, total

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ODE()

メソッドの概要

protected void	calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.
protected void	prepare() 親が自分と同じ名前のpublic doubleを持っていれば、自分の値を設定する。

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

Ca

public Node Ca

free Ca²⁺ concentration (mM)

Km

public double Km

Michaelis constant (mM)

alpha

public double alpha

association constant (/ms)

コンストラクタの詳細

ODE

public ODE()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)

prepare

protected void prepare()

クラス Parameter の記述:

親が自分と同じ名前のpublic doubleを持っていれば、自分の値を設定する。

オーバーライド:

クラス Parameter 内の prepare

関連項目:

Component.prepare()