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概要: 入れ子 | フィールド | コンストラクタ | メソッド | 詳細: フィールド | コンストラクタ | メソッド |
java.lang.Object org.simBio.core.Component org.simBio.core.Parameter org.simBio.core.Composite org.simBio.core.Reactor org.simBio.core.Conductor
public class Conductor
root instance to conduct integration.
At this moment, ODE is calculated by Euler method.
モデルツリーのルートになり、積分計算を行います。
Runnableをimplementsしており、Threadを1つ使います。
フィールドの概要 | |
---|---|
double |
adjustDyOverY
for variable time step, empirical method |
double |
dtMax
maximum time step of integration |
double |
dtMin
minimum time step of integration |
Node |
duration
duration of integration |
Node |
elapsedTime
elapsed time |
Node |
timeStep
time step of integration |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド |
---|
value |
コンストラクタの概要 | |
---|---|
Conductor()
|
メソッドの概要 | |
---|---|
void |
addCalculationObserver(CalculationObserver obs)
計算を開始・終了した時に、通知が行われる監視オブジェクトを追加します。 |
void |
calculate(double t)
call calculate(double t) of the every Reactor. |
void |
checkException()
Check if this thread has thrown an exception. |
protected void |
end()
end of integration |
void |
exit()
exit run() of this Thread. set active flag = false |
protected void |
integrate()
integrate ODEs. |
void |
prepare()
initialization for calculation. |
protected void |
quit()
call before exit thread. |
void |
removeCalculationObserver(CalculationObserver obs)
計算を開始・終了した時に、通知が行われる監視オブジェクトを削除します。 |
void |
run()
main entry of this thread. |
protected void |
setLinks()
call after instance tree has constructed. |
void |
start()
start calculation. set calculate flag = true |
void |
stop()
stop calculation. set calculate flag = false |
void |
visit(Component component)
Add Variables to the list. |
void |
visit(Composite composite)
add Reactors to ReactorList, and Analyzers to AnalyzerList. |
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド |
---|
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド |
---|
addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField |
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド |
---|
addDydt, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented |
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド |
---|
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait |
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド |
---|
addDydt, addValue, getValue, setValue |
フィールドの詳細 |
---|
public Node elapsedTime
public Node duration
public Node timeStep
public double dtMin
public double dtMax
public double adjustDyOverY
コンストラクタの詳細 |
---|
public Conductor()
メソッドの詳細 |
---|
public void visit(Component component)
Visitor
内の visit
Visitor.visit(org.simBio.core.Component)
public void visit(Composite composite)
Visitor
内の visit
Visitor.visit(org.simBio.core.Composite)
public void run()
java.lang.Runnable
内の run
Runnable.run()
protected void setLinks()
external cell Vm Na K NaChannel 4sGate 2sGate /NaChannel K1Channel /cell /external次の順序で全てのNodeのsetLinks()を呼び出します。
Vm Na K 4sGate 2sGate NaChannel K1Channel cell external
Component
内の setLinks
Component.setLinks()
protected void quit()
Component
内の quit
Component.quit()
public void prepare()
Parameter
内の prepare
Component.prepare()
protected void end()
Component
内の end
Component.end()
protected void integrate()
First prepare() is called, then for every time step:
最初にprepare()を呼び出します。各time step毎に、
calculate(double)
public void calculate(double t)
4sGate 2sGate NaChannel K1Channel cell external
Reactor
内の calculate
t
- elapsed time (ms)Reactor.calculate(double)
public void checkException() throws java.lang.Exception
java.lang.Exception
public void start()
public void stop()
public void exit()
public void addCalculationObserver(CalculationObserver obs)
obs
- 監視オブジェクトpublic void removeCalculationObserver(CalculationObserver obs)
obs
- 監視オブジェクト
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