org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier
クラス IPMCA

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter
                      org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.Carrier
                          org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.carrier.IPMCA

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class IPMCA
extends Carrier

Ca pump on cell membrane. 1 ATP extrudes 1 Ca²⁺ and imports 1 H⁺ The H⁺ movement is not included in calculation. ADP production is incorporated.

バージョン:

$Id: IPMCA.java,v 1.1 2007/12/15 07:21:54 nsarai Exp $

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Kuzumoto et al, 2007., IPMCA

フィールドの概要

Node	ADP
double	amplitude0
double	amplitudePKAf to modulate PKA effect
Node	ATP intracellular ATP concentration (mM)
Node	CaCaM
Node	Cai Ca2+ concentration in cytoplasm (mM)
Node	Cao Ca2+ concentration in external solution (mM)
Node	dATP instantaneous rate of the ATP consumption (M/s)
double	F Faradey constant
double	KmCaCp0 Dissociation constant for Ca binding within cytoplasm (mM)
Component	Phosphorylation
Node	Pi
Node	PKA PKA type I concentration (mM)
Node	Vi cell volume accessible for ion diffusion

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.carrier.Carrier から継承されたフィールド

amplitude, Cm, E1A, E1B, E2A, E2B, gate, k1, k2, k3, k4, stoichiometryCa, stoichiometryK, stoichiometryNa

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter から継承されたフィールド

cCa, CCa, cK, CK, cNa, CNa, current, currentCa, currentK, currentNa, total

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

IPMCA()

メソッドの概要

protected void	calculate(double t) calculate total charge movement using reduced 2 state model 2 state gateを用いて電流を計算する
void	prepare() construct null current

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

Cai

public Node Cai

Ca²⁺ concentration in cytoplasm (mM)

Cao

public Node Cao

Ca²⁺ concentration in external solution (mM)

KmCaCp0

public double KmCaCp0

Dissociation constant for Ca binding within cytoplasm (mM)

ATP

public Node ATP

intracellular ATP concentration (mM)

ADP

public Node ADP

Pi

public Node Pi

dATP

public Node dATP

instantaneous rate of the ATP consumption (M/s)

Vi

public Node Vi

cell volume accessible for ion diffusion

F

public double F

Faradey constant

Phosphorylation

public Component Phosphorylation

PKA

public Node PKA

PKA type I concentration (mM)

CaCaM

public Node CaCaM

amplitude0

public double amplitude0

amplitudePKAf

public double amplitudePKAf

to modulate PKA effect

コンストラクタの詳細

IPMCA

public IPMCA()

メソッドの詳細

prepare

public void prepare()

クラス MembraneTransporter の記述:

construct null current

オーバーライド:

クラス MembraneTransporter 内の prepare

関連項目:

Component.prepare()

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Carrier の記述:

calculate total charge movement using reduced 2 state model
2 state gateを用いて電流を計算する

オーバーライド:

クラス Carrier 内の calculate

パラメータ:

t - time