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概要: 入れ子 | フィールド | コンストラクタ | メソッド | 詳細: フィールド | コンストラクタ | メソッド |
java.lang.Object org.simBio.core.Component org.simBio.core.Parameter org.simBio.core.Composite org.simBio.core.Reactor org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.OxidativePhosphorylation
public class OxidativePhosphorylation
Differential equation for reactions of oxidattive phosphorylation.
フィールドの概要 | |
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Node |
Cytc2
cytochrome c2+ (reduced) concentration |
Node |
Hmito
proton concentration in mitochondrial matrix |
double |
myu
u value |
Node |
NADH
mitochondrial NADH concentration |
Node |
Oxygen
oxygen concentration |
Node |
rbuffermito
buffering capacity for proton in mitochondrial matrix |
Node |
Rcm
ratio of cytosol volume and mitochondria volume |
Node |
UQH2
ubiquinol (UQH2) concentration |
Node |
vC1
rate of complex I |
Node |
vC3
rate of complex III |
Node |
vC4
rate of complex IV |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド |
---|
value |
コンストラクタの概要 | |
---|---|
OxidativePhosphorylation()
|
メソッドの概要 | |
---|---|
protected void |
calculate(double t)
write equations here, and calculate dy over dt. |
クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド |
---|
accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize |
クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド |
---|
addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField |
クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド |
---|
addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks |
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド |
---|
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait |
インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド |
---|
addDydt, addValue, getValue, setValue |
フィールドの詳細 |
---|
public Node vC1
public Node vC3
public Node vC4
public Node NADH
public Node Hmito
public Node UQH2
public Node Cytc2
public Node Oxygen
public Node Rcm
public Node rbuffermito
public double myu
コンストラクタの詳細 |
---|
public OxidativePhosphorylation()
メソッドの詳細 |
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protected void calculate(double t)
Reactor
の記述:
Reactor
内の calculate
t
- elapsed time (ms)
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