org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain
クラス ComplexIV

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexIV

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class ComplexIV
extends Reactor

Cytochrome c Oxidase (complex IV).

 vC4 = kC4 * [a2+] * [c2+] * 1/(1 + KmO/[Oxygen])
 

バージョン:

$Id: ComplexIV.java,v 1.2 2007/11/22 06:48:21 nsarai Exp $

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Matsuoka et al. (2004) Korzeniewski & Zoladz (2001) Korzeniewski & Zoladz (2003)
XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	a2 cytochrome a2+ (reduced) concentration
double	Amp amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.
Node	c2 cytochrome c2+ (reduced) concentration
Node	kC4 rate constant of complex IV
double	KmO oxygen affinity of complex IV
Node	O2 oxygen concentration

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ComplexIV()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

a2

public Node a2

cytochrome a2+ (reduced) concentration

c2

public Node c2

cytochrome c2+ (reduced) concentration

O2

public Node O2

oxygen concentration

KmO

public double KmO

oxygen affinity of complex IV

kC4

public Node kC4

rate constant of complex IV

Amp

public double Amp

amplifying factor described in Kuzumoto et al, 2007.

コンストラクタの詳細

ComplexIV

public ComplexIV()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)