org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer.Ca
クラス TroponinNL_RK

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Buffer
                      org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL
                          org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL_RK
                              org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.buffer.Ca.TroponinNL_RK

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class TroponinNL_RK
extends TroponinNL_RK

Troponin of Negroni and Lascano contraction model. Differential equation of ADP production and ATP- and Pi-dependency are incorporated.

バージョン:

$Log: TroponinNL_RK.java,v $ Revision 1.1 2005/11/01 06:32:41 mikaelwing First version of simBio hosted on sourceforge, version 0.3 Revision 1.1 2005/09/12 04:57:40 sarai rearrenge folder structure as a Maven style Revision 1.2 2005/08/04 08:43:05 sarai revise Javadoc to suppress Warnings
2004/12/17 05:43:03 update
2004/09/16 10:32:07 Created
2004/09/17 05:22:05 ATP and Pi dependencies are ectracted.
2004/09/15 The Hill coefficient of ATP factor is corrected to 3 according to Matsuoka et al, 2004

作成者:

Nobuaki Sarai

関連項目:

Matsuoka et al, PBMB 85: 279-299, 2004 Negroni JA and Lascano EC, J Mol Cell Cardiol 28: 915-929, 1996.
XML example explanation

フィールドの概要

Node	ADP
double	Km_ATP
double	KmPi
Node	Pi

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL_RK から継承されたフィールド

CaTotal

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL から継承されたフィールド

alfa1, alfa2, alfa3, alfa4, alfa5, ATP, ATPconsumingRate, ATPconsumption, beta1, beta2, beta3, bias, Ca, Cai, crossBridge, dATP, pCa, pCaCB, pCB, Q1, Q2, Q3, Q4, Q5, t0, TCa, TCaCB, TCB

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Buffer から継承されたフィールド

free, total

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

TroponinNL_RK()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.molecule.buffer.Ca.TroponinNL から継承されたメソッド

getCBbound, prepare

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

Km_ATP

public double Km_ATP

KmPi

public double KmPi

Pi

public Node Pi

ADP

public Node ADP

コンストラクタの詳細

TroponinNL_RK

public TroponinNL_RK()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

オーバーライド:

クラス TroponinNL_RK 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)