org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics
クラス MultiStateModel

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics.MultiStateModel

すべての実装されたインタフェース:

IResetBeforeCalc, Node

public class MultiStateModel
extends Reactor
implements IResetBeforeCalc

Ligand-operated multi transition model.

バージョン:

$Revision: 1.1 $

作成者:

Chiaki Oka

関連項目:

MultiStateModel.ja.doc (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

double	a forward rate constant
double	b backward rate constant
Node	close closed state probability
Node	ligand ligand concentration
Node	open open state probability
double	step the number of reaction steps

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

MultiStateModel()

メソッドの概要

protected void	calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.
protected void	prepare() 親が自分と同じ名前のpublic doubleを持っていれば、自分の値を設定する。

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

open

public Node open

open state probability

close

public Node close

closed state probability

ligand

public Node ligand

ligand concentration

a

public double a

forward rate constant

b

public double b

backward rate constant

step

public double step

the number of reaction steps

コンストラクタの詳細

MultiStateModel

public MultiStateModel()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)

関連項目:

Reactor.calculate(double)

prepare

protected void prepare()

クラス Parameter の記述:

親が自分と同じ名前のpublic doubleを持っていれば、自分の値を設定する。

オーバーライド:

クラス Parameter 内の prepare

関連項目:

Component.prepare()