org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics
クラス RateConstantCaGate

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.function.Function
                      org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics.RateConstantCaGate

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class RateConstantCaGate
extends Function

Calculate the forward and backward rate constans of two-state model by using time constant, pKd and Hill coefficient

バージョン:

$Revision: 1.1 $

作成者:

Chiaki Oka

関連項目:

RateConstantCaGate.ja.doc (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	k_backward backward rate constant
Node	k_forward forward rate constant
double	Kx half-maximum concentration (mM)
double	nHill hill coefficient (dimensionless)
Node	pX p[X].
double	timeconstant time constant at a given pX (ms)

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

RateConstantCaGate()

メソッドの概要

protected void	calculate(double t) Nothing performed
protected void	prepare() Calculate forward and backward rate constants

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

k_forward

public Node k_forward

forward rate constant

k_backward

public Node k_backward

backward rate constant

pX

public Node pX

p[X]. [X] represents the ligand concentration.

timeconstant

public double timeconstant

time constant at a given pX (ms)

Kx

public double Kx

half-maximum concentration (mM)

nHill

public double nHill

hill coefficient (dimensionless)

コンストラクタの詳細

RateConstantCaGate

public RateConstantCaGate()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

Nothing performed

定義:

クラス Reactor 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)

関連項目:

Reactor.calculate(double)

prepare

protected void prepare()

Calculate forward and backward rate constants

オーバーライド:

クラス Parameter 内の prepare

関連項目:

Component.prepare()