simBio-ja

心筋細胞モデル、上皮、膵臓ベータ細胞モデルなどのシミュレーションツール、simBioを公開しました。simBioはJavaとXMLで書かれている常微分方程式計算ツールです。

前のバージョンからの更新点は、

1. ライセンスにLGPLを適用しました。
2. GUIが新しくなりました。
3. 心筋細胞容積調節モデル(Terashima et al, 2006, in press)をシミュレーションできます。
4. XMLファイルの英語コメントを、計算終了後に保存したときに保持するようになりました。

このパッケージで実行可能なモデルの一覧: http://www.sim-bio.org/model/

download: http://sourceforge.net/projects/simbio/

メーリングリスト: http://sourceforge.net/projects/simbio/

参考文献

1. 皿井 伸明、天野 晃、松岡 達、松田 哲也、野間 昭典 生物学的視点に基づくオブジェクト指向生体機能シミュレーション シミュレーション, vol. 23, No. 1, p. 4-13, 2004.
2. Nobuaki Sarai, Satoshi Matsuoka and Akinori Noma simBio: a Java package for the development of detailed cell models Progress in Biophysics and Molecular Biology, 2005, in press