使用法
simBioを使って、京都モデル(モルモット心筋細胞数理モデル)を使い始めるまでの手順を説明するムービーをhttp://jp.sim-bio.org/Movies/GettingStarted/で公開しています。
動作環境
Java 1.4以降が動作するコンピューターを用意してください。 simBioは主にJava2 SDK 1.4.2_01をインストールしたWindows XP上で開発しています。
Mac OS X
Mac OS Xは予めJavaがインストールされていますので、そのまま使えます。
Linux
Linuxはそれぞれの方法でJava (Java Development Kit, JDK)をインストールしてください。
Windows
Windowsならば、'コマンドプロンプト'を開き、
java -version
と入力し、[Enter]キーを押してください。Javaが既に利用可能であれば、
java version "1.4.2" Java(TM) 2 Runtime Environment, Standard Edition (build 1.4.2) Classic VM (build 1.4.2, J2RE 1.4.2 IBM Windows 32 build cn1420-20040626 (JIT enabled: jitc))
などとインストールされているバージョンが示されます。
Java 1.4以降がインストールされていない場合、 Java ソフトウェアの無料ダウンロードから 最新版(現時点ではVersion 6 Update 3)をインストールしてください。
simBioの入手
http://sourceforge.net/projects/simbio/ のdownloadページ から最新版のzipパッケージを入手してください。
simBio-*.bin.zipが実行ファイル、simBio-*-docs_ja.zipは日本語ドキュメント、simBio-*.src.zipはソースコードです。 プログラムをすぐ実行するには、simBio-*.bin.zipをダウンロードし、すべて展開します。
実行
展開した中のlibフォルダーに実行ファイルであるsimBio-*.jar (*はバージョン番号)が含まれていますので、それをダブルクリックすると、起動してGUIが表示されます。 GUIメニューの[File] - [Open]から適当なxmlファイル(xml/matsuoka_et_al_2003/model.xmlなど)を選択して開きます。
もしくは'コマンドプロンプト'を開き、下記のコマンドを実行すると、モデルのxmlを読み込んで起動します。
cd simBio-*.bin (zipファイルを展開したフォルダー) java -jar lib/simBio-*.jar xml/matsuoka_et_al_2003/model.xml
GUIメニューの[Model] - [Start]をクリックすると計算を開始します。
GUIの使い方は[Help]を参照してください。
