org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function
クラス ConcentrationPi

java.lang.Object
  org.simBio.core.Component
      org.simBio.core.Parameter
          org.simBio.core.Composite
              org.simBio.core.Reactor
                  org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MassConservation2
                      org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.ConcentrationPi

すべての実装されたインタフェース:

Node

public class ConcentrationPi
extends MassConservation2

calculation of iorganic phosphate concentration (conformed to mass conservation law)

  Pitotal = 3*[ATP]cell + 2*[ADP]cell + [AMP] + [PhosphoCreatine] + [Pi]cell + (3*[ATP]mito + 2*[ADP]mito + [Pi]mito) / Rcm
  [Pi]cell = Pitotal - (3*[ATP]cell + 2*[ADP]cell + [AMP] + [PhosphoCreatine] + (3*[ATP]mito + 2*[ADP]mito + [Pi]mito) / Rcm)
 

導入されたバージョン:

rc20

バージョン:

$Log: ConcentrationPi.java,v $ Revision 1.1 2005/11/01 06:32:39 mikaelwing First version of simBio hosted on sourceforge, version 0.3 Revision 1.1 2005/09/12 04:57:24 sarai rearrenge folder structure as a Maven style Revision 1.2 2005/08/04 08:43:04 sarai revise Javadoc to suppress Warnings
2005/02/01 08:51:20 Some comments were updated to make Javadoc.
2004/12/17 05:43:03 update
2004/09/16 10:32:07 Created

作成者:

SAITO Ryuta

関連項目:

Matsuoka et al. (2004) Korzeniewski & Zoladz (2001)
ConcentrationPi XML example explanation (Japanese, WORD doc)

フィールドの概要

Node	ADPtcell total ADP concentration in cytosol
Node	ADPtmit total ADP concentration in mitochondria
Node	AMP AMP concentration in cytosol
Node	ATPtcell total ATP concentration in cytosol
Node	ATPtmit total ATP concentration in mitochondria
Node	PCr phosphocreatine concentration in cytosol
Node	Pimit iorganic phosphate concentration in mitochondria
double	PiTotal total iorganic phosphate concentration in whole cell
Node	Rcm volume ratio between cytosol and mitochondrial matrix

クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MassConservation2 から継承されたフィールド

other1, other2, total

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたフィールド

value

コンストラクタの概要

ConcentrationPi()

メソッドの概要

protected void

calculate(double t) write equations here, and calculate dy over dt.

クラス org.simBio.core.Composite から継承されたメソッド

accept, getLink, getNode, getNodesIterator, getNodesSize

クラス org.simBio.core.Parameter から継承されたメソッド

addValue, getValue, getValueString, prepare, setInitializer, setValue, setValueString, setValueToField

クラス org.simBio.core.Component から継承されたメソッド

addDydt, end, getIndent, getIndentedShortName, getName, getName, getParent, getRoot, getShortName, getUnits, isNamed, isPrefixed, logIndented, quit, setLinks

クラス java.lang.Object から継承されたメソッド

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

インタフェース org.simBio.core.Node から継承されたメソッド

addDydt, addValue, getValue, setValue

フィールドの詳細

ATPtcell

public Node ATPtcell

total ATP concentration in cytosol

ADPtcell

public Node ADPtcell

total ADP concentration in cytosol

AMP

public Node AMP

AMP concentration in cytosol

PCr

public Node PCr

phosphocreatine concentration in cytosol

ATPtmit

public Node ATPtmit

total ATP concentration in mitochondria

ADPtmit

public Node ADPtmit

total ADP concentration in mitochondria

Pimit

public Node Pimit

iorganic phosphate concentration in mitochondria

Rcm

public Node Rcm

volume ratio between cytosol and mitochondrial matrix

PiTotal

public double PiTotal

total iorganic phosphate concentration in whole cell

コンストラクタの詳細

ConcentrationPi

public ConcentrationPi()

メソッドの詳細

calculate

protected void calculate(double t)

クラス Reactor の記述:

write equations here, and calculate dy over dt.
計算中に呼び出される。 計算式を記載する。dy/dtをここで計算する。

オーバーライド:

クラス MassConservation2 内の calculate

パラメータ:

t - elapsed time (ms)